共優性多型マーカー「複合マイクロサテライトアンカーマーカー」作製法の確立

共显性多态性标记“复合微卫星锚定标记”生产方法的建立

• 批准号: 18658063
• 负责人: 練 春蘭
• 金额: $ 1.86万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18658063/
• 关键词: マイクロサテライトマーカー; 複合SSRアンカーマーカー; 作製法; 共優性多型マーカー; 複合SSRプライマー; 育種学; 分子生態学; 集団遺伝学

平成19年度は主に以下のような結果が得られた。1)引き続き、以下の生物種を用いて作製法の汎用性を検討した。樹木:カワクルミ動物:クワノザイセイチュウ、カシノナガキクイムシ草本:レンゲショウマ、フジアザミクワノザイセイチュウを除き、他の全ての種から共優性で多型性の高い複合SSRマーカーが得られた。このことから、考案した共優性SSRマーカー作製法は極めて汎用性が高いことが示された。現在、他の研究グループにもこの方法を利用して短時間で多型性の高い複合SSRマーカー作製に成功した。2)複合SSRマーカーが得るために、更に簡便な作製方法:inter-compound-SSR(ICSSR)法を考案した。この方法では、ゲノムDNAからICSSR領域を1回PCRで増幅し、sub-cloning後塩基配列を1回決定するだけて共優性多型マーカーを作製できる。この方法を用いて、アジアザミ、マテバシイ、ヌルデから多型性のあるSSRマーカをそれぞれ10、7、9座作製した。

In 2019, the following results were obtained: 1)The following biological species are discussed in terms of their general utility in production. Trees: The method of making SSR is very popular. Now, his research on this method has been successful in making use of the high polymorphism of SSR in a short time. 2)A simple method of making compound SSR:inter-compound-SSR(ICSSR) method This method is based on DNA amplification, subcloning and gene alignment in ICSSR domain. This method is based on 10, 7, and 9 SSR sequences.

项目成果

Development of microsatellite markers in a mangrove tree species Aegiceras corniculatum (Myrsinaceae)

• DOI: 10.1111/j.1471-8286.2006.01499.x
• 发表时间: 2006-12-01
• 期刊: MOLECULAR ECOLOGY NOTES
• 作者: Geng, Q. F.;Lian, C. L.;Hogetsu, T.
• 通讯作者: Hogetsu, T.

Development of compound microsatellite markers in the harmful red tide species Chattonella ovata (Raphidophyceae)

有害赤潮物种卵形Chattonella ovata（Raphidophyceae）复合微卫星标记的开发

• 发表时间: 2007
• 期刊: Molecularl Ecology Notes 7
• 作者: Nishitani G;Nagai S;Lian CL;et. al.
• 通讯作者: et. al.

Isolation and characterization of ten new compound microsatellite markers for a mangrove tree species, Avicennia marina (Forsk.) Vierh.(Avicenniaceae)

红树林树种白骨壤 (Avicennia marina (Forsk.) Vierh.)（白骨壤科）十个新复合微卫星标记的分离和表征

• 发表时间: 2007
• 期刊: Mol. Ecol. Notes 7
• 作者: Geng QF;Lian CL;Tao JM;Li SQ;Hogetsu T
• 通讯作者: Hogetsu T

Isolation of compound microsatellite loci in the herbaceous perennial Cirsium purpuratum (Maxim.) Matsum.

多年生草本植物紫蓟 (Cirsium purpuratum (Maxim.) Matsum) 中复合微卫星位点的分离。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Molecular Ecology Resources (印刷中)
• 作者: Wu B;Shiokawa A;Matsushita N;Hogetsu T
• 通讯作者: Hogetsu T

Development of microsatellite markers in a clonal perennial herb, Convallaria keiskei

• DOI: 10.1111/j.1471-8286.2006.01465.x
• 发表时间: 2006-12
• 期刊: Molecular Ecology Notes
• 作者: Kiwako S. Araki;C. Lian;K. Shimatani;M. Ohara