胃癌におけるクロマチン構造異常による癌化機構の解明

阐明胃癌染色质结构异常的致癌机制

• 批准号: 19KK0415
• 负责人: 岡部 篤史
• 金额: $ 9.73万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (A))
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020 至 2023
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0415/
• 关键词: クロマチン構造; 胃癌; エピゲノム

本国際共同研究では、胃癌におけるクロマチン構造解析により、胃癌分子サブタイプとクロマチン構造異常との関連を明らかにし、癌化・癌悪性化メカニズムを解明する。新型コロナにより渡航が叶わなかったが、新たにEBV陰性胃癌臨床検体、EBV陽性胃癌臨床検体を用いたHi-C解析を進めた。また、胃癌Patient-derived xenograft（PDX）を用いて全エクソン解析、RNA-seq解析、InfiniumによるDNAメチル化解析を進め、データを取得した。同じ胃癌PDXサンプルを用いたHi-C解析を進め、クロマチン構造データの取得を進めている。更に国際共同研究としてARID1A欠失細胞、MSH2変異細胞でのHi-C法によるクロマチン構造解析を進め、それぞれ国際共著論文としてGut誌、Cancer Research誌に報告した。

This international joint research で は, stomach に お け る ク ロ マ チ ン structure に よ り, gastric cancer molecular サ ブ タ イ プ と ク ロ マ チ ン tectonic anomaly と の masato even を Ming ら か に し, cancer, cancer 悪 sex メ カ ニ ズ ム を interpret す る. New コ ロ ナ に よ り tayouan が leaf わ な か っ た が, new た に EBV negative gastric cancer clinical 検, EBV positive gastric cancer clinical 検 を with い た Hi - C parsing を into め た. ま た, stomach cancer Patient - derived xenograft (symbol) を い て full エ ク ソ ン, RNA - seq parse, Infinium に よ る DNA メ チ ル を into め for resolve analysis, デ ー タ を obtain し た. With じ gastric cancer symbol サ ン プ ル を with い た Hi - C analytical を into め, ク ロ マ チ ン tectonic デ ー タ の obtain を into め て い る. More に international joint Research と し て ARID1A owe cell loss, MSH2 - idioblasts で の Hi - C method に よ る ク ロ マ チ ン structure を め, そ れ ぞ れ international altogether the paper と し て Gut flora and Cancer Research volunteers に report し た.

项目成果

Tissue-wide analysis of chromatin structural aberrations induced by oncovirus infection.

肿瘤病毒感染引起的染色质结构畸变的组织范围分析。

• 发表时间: 2021
• 作者: Atsushi Okabe;Takahiro Fujii;Harue Mizokami;Keisuke Matsusaka;Masaki Fukuyo;Bahityar Rahmutulla;Patrick Tan;Atsushi Kaneda
• 通讯作者: Atsushi Kaneda

Oncovirus infection induces 3D chromatin structural aberrations

肿瘤病毒感染诱导 3D 染色质结构畸变

• 发表时间: 2022
• 作者: Takuya Hayakawa;Asashi Yamamoto;Taiki Yoneda;Sakino Hori;Nanami Okochi;Kazuhiro Kagotani;Katsuzumi Okumura;and Shin-ichiro Takebayashi;Atsushi Okabe
• 通讯作者: Atsushi Okabe

Analysis of chromatin structural aberrations in Epstein-Barr virus (+) Burkitt lymphoma

EB 病毒 ( ) 伯基特淋巴瘤染色质结构畸变分析

• 发表时间: 2022
• 作者: Atsushi Okabe;Takahiro Fujii;Masaki Fukuyo;Bahityar Rahmutulla;Hironori Yoshiyama;Patrick Tan;Atsushi Kaneda
• 通讯作者: Atsushi Kaneda

Heterochromatin rewiring by oncovirus infection through the novel mechanism ”enhancer infestation” in gastric adenocarcinoma

胃腺癌中肿瘤病毒感染通过“增强感染”新机制实现异染色质重新布线

• 发表时间: 2021
• 作者: Atsushi Okabe;Kie Kyon Huang;Keisuke Matsusaka;Masaki Fukuyo;Takayuki Hoshii;Genki Usui;Motoaki Seki;Yasunobu Mano;Bahityar Rahmutulla; Teru Kanda;Takayoshi Suzuki;Tetsuo Ushiku;Masashi Fukayama;Patrick Tan;Atsushi Kaneda
• 通讯作者: Atsushi Kaneda

Comprehensive molecular phenotyping of<i>ARID1A</i>-deficient gastric cancer reveals pervasive epigenomic reprogramming and therapeutic opportunities

ARID1A 缺陷型胃癌的全面分子表型分析揭示了普遍的表观基因组重编程和治疗机会

• DOI: 10.1136/gutjnl-2022-328332
• 发表时间: 2023
• 期刊: Gut
• 影响因子: 24.5
• 作者: Xu Chang;Huang Kie Kyon;Law Jia Hao;Chua Joy Shijia;Sheng Taotao;Flores Natasha M;Pizzi Melissa Pool;Okabe Atsushi;Kaneda Atsushi;Prabhakar Shyam;Mazur Pawel Karol;Ajani Jaffer A;Yeoh Khay Guan;So Jimmy Bok-Yan;Tan Patrick
• 通讯作者: Tan Patrick