Study of biodiversity of rust fungi on tropical useful plants in Vietnam

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ベトナム北部、中部、南部のコーヒープランテーションで収集されたコーヒーさび病菌を供試し、コーヒーノキとその近縁植物を宿主とするHemileia属サビキンの種の特定と、遺伝子解析による本菌の種内変異について調査を行った結果、ベトナムの主要コーヒー栽培地域では本病が広く発生しており、原因サビキンはHemileia vastatrixであることが形態および分子情報により確認された（昨年度報告）。以上を踏まえ、昨年より引き続いて核リボゾームDNA ITS領域の塩基配列の違いに基づいたハプロタイプを識別し、タイおよび南米各国で発生したサビキンのデータも加えて分子系統学・集団遺伝学的調査を進めた。その結果、ベトナムのH. vastatrix集団に36のハプロタイプを見出し、祖先ハプロタイプとそこから派生したハプロタイプの分布状況から、ベトナムでの本病の発生が主要生産地である北西部を起源として南部へ広がったと推定した。また、現在ベトナムでのコーヒーの主要生産地の1つである南部の中央高原を起源としたサビキン集団が、ベトナム南部でさらに拡大している可能性についても認めた。そして、これらの成果を論文化し公表に至った。さらに、ベトナムのH. vastatrix集団について、集団内での系統関係、遺伝子流動等に基づいた集団遺伝学的特徴を明らかにするため、MIG-Seq法を用いてゲノム中のマクロサテライトに挟まれた領域（Inter Simple Sequence Repeat：ISSR）の一塩基多型（SNP）を検出し、ゲノムワイド一塩基多型の遺伝子型決定を行った。その結果、118の分離株で合計1075のSNPが同定された。