菌類のゲノムワイドな分子情報に基づく系統復元と研究領域拡大への基盤構築

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筑波大学菌類標本庫（TSH）および茨城大学菌類標本庫（IBA；一部はTSHに移管済み）に収蔵されている植物絶対寄生菌であるさび病菌（サビキン）の乾燥標本合計約36,000点のうち、分類群を考慮して選抜した約650標本のDNAサンプルの一部、ならびにそれ以外の収集標本から得られたDNAサンプル計249サンプルについて、MIG-seq法（Suyama & Matsuki, 2015）用にゲノム中のマイクロサテライト領域を標的として設計された16種のプライマー（フォワードおよびリバーズプライマー各8プライマー）で第1次ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施した。その結果、良好な増幅が確認されたサンプルは24サンプルのみであった。供試材料には比較的新鮮なサンプルも加えて供試したが、MIG-seq用に設計されたユニバーサルプライマーのサビキンへの適用については今後の検討が必要であると判断された。一方、インドネシアおよび日本に生育する多様な植物の生葉から内生菌として分離・培養された汎存的で宿主広範性の子嚢菌であるPhyllosticta capitalensis（Phyllostictaceae, Botryosphaeriales）の309株についてMIG-seq法を適用し第1次PCRを実施したところ、306株において良好なPCR産物の増幅が確認された。本菌については、今後MIG-seq法によるゲノムワイドなDNAシーケンス情報を取得することで、種内の系統関係および集団遺伝学的解析が可能と判断された。