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菌類のゲノムワイドな分子情報に基づく系統復元と研究領域拡大への基盤構築

基于真菌全基因组分子信息的系统发育重建，为拓展研究领域奠定基础

基本信息

批准号：
21K19286
负责人：
岡根泉
金额：
$ 3.99万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-07-09 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

筑波大学菌類標本庫（TSH）および茨城大学菌類標本庫（IBA；一部はTSHに移管済み）に収蔵されている植物絶対寄生菌であるさび病菌（サビキン）の乾燥標本合計約36,000点のうち、分類群を考慮して選抜した約650標本のDNAサンプルの一部、ならびにそれ以外の収集標本から得られたDNAサンプル計249サンプルについて、MIG-seq法（Suyama & Matsuki, 2015）用にゲノム中のマイクロサテライト領域を標的として設計された16種のプライマー（フォワードおよびリバーズプライマー各8プライマー）で第1次ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施した。その結果、良好な増幅が確認されたサンプルは24サンプルのみであった。供試材料には比較的新鮮なサンプルも加えて供試したが、MIG-seq用に設計されたユニバーサルプライマーのサビキンへの適用については今後の検討が必要であると判断された。一方、インドネシアおよび日本に生育する多様な植物の生葉から内生菌として分離・培養された汎存的で宿主広範性の子嚢菌であるPhyllosticta capitalensis（Phyllostictaceae, Botryosphaeriales）の309株についてMIG-seq法を適用し第1次PCRを実施したところ、306株において良好なPCR産物の増幅が確認された。本菌については、今後MIG-seq法によるゲノムワイドなDNAシーケンス情報を取得することで、種内の系統関係および集団遺伝学的解析が可能と判断された。

The University of Tsukuba's Fungal Specimen Bank (TSH) and Ibaraki University's Fungal Specimen Bank (IBA; Part 1 of TSH's Transplantation System) A total of about 36,000 points of dried specimens of the plant-killing parasitic fungus Sugataうち, Taxon を Consideration して Selection 抜したAbout 650 specimens のDNAサンプルのPart, ならびにそれ other than collection Collection of specimens, DNA samples, 249 samples, MIG-seq method (Suyama & Matsuki, 2015) 16 kinds of のプライマー (フォワ) designed with the standard として in the にゲノム中のマイクロサテライト fieldードおよびリバーズプライマーEach 8プライマー)でThe first PCR chain reaction (PCR)を実した.その results, good な increase width がconfirmation されたサンプルは24サンプルのみであった. The test materials are relatively fresh and the test materials are fresh and the test materials are fresh, and the MIG-seq design is used.ニバーサルプライマーのササビキンへのapplicableについてはThe future discussionの検がであるとJudgmentされた. One party, Japan's インドネシアおよびJapan's に生する多様なplant's leafy からendophyte としてisolation and cultivation されたubiquitous でhost's normal nature の子袢 bacteria であるPhylloticta capitalensis (Phyllostictaceae, Botryosphaeriales), the MIG-seq method was applied to 309 strains, and the first PCR was applied, and the PCR product of 306 strains was good, and the PCR product was increased and confirmed. This bacterium is used in the future, and the MIG-seq method is used in the future. It is possible and possible to analyze and judge the systematic relationship within the species.