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菌類のゲノムワイドな分子情報に基づく系統復元と研究領域拡大への基盤構築

基于真菌全基因组分子信息的系统发育重建，为拓展研究领域奠定基础

基本信息

批准号：
21K19286
负责人：
岡根泉
金额：
$ 3.99万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-07-09 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

筑波大学菌類標本庫（TSH）および茨城大学菌類標本庫（IBA；一部はTSHに移管済み）に収蔵されている植物絶対寄生菌であるさび病菌（サビキン）の乾燥標本合計約36,000点のうち、分類群を考慮して選抜した約650標本のDNAサンプルの一部、ならびにそれ以外の収集標本から得られたDNAサンプル計249サンプルについて、MIG-seq法（Suyama & Matsuki, 2015）用にゲノム中のマイクロサテライト領域を標的として設計された16種のプライマー（フォワードおよびリバーズプライマー各8プライマー）で第1次ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を実施した。その結果、良好な増幅が確認されたサンプルは24サンプルのみであった。供試材料には比較的新鮮なサンプルも加えて供試したが、MIG-seq用に設計されたユニバーサルプライマーのサビキンへの適用については今後の検討が必要であると判断された。一方、インドネシアおよび日本に生育する多様な植物の生葉から内生菌として分離・培養された汎存的で宿主広範性の子嚢菌であるPhyllosticta capitalensis（Phyllostictaceae, Botryosphaeriales）の309株についてMIG-seq法を適用し第1次PCRを実施したところ、306株において良好なPCR産物の増幅が確認された。本菌については、今後MIG-seq法によるゲノムワイドなDNAシーケンス情報を取得することで、種内の系統関係および集団遺伝学的解析が可能と判断された。

University of Tsukuba Fungi Lee ku (TSH) University of Ibaraki Fungi Lee ku （IBA; A part of TSH was collected from the dried plums, and the total number of samples was about 36,000 points. The taxa were considered. About 650 samples were collected from the dried plums. The total number of samples was 249 points. MIG-seq method (Suyama & Matsuki, 2015) 16 types of primers were designed with 8 pairs of primers in each domain, and the first PCR was implemented. The results were good and confirmed. The test material is fresh, the test material is fresh, the MIG-seq is used, the test material is fresh, the MIG-seq is used, and the test material is used. The MIG-seq method was applied to 309 strains of Phyllosticta capitalis (Phyllostictaceae, Botryosaeriales) from a wide variety of plants in Japan. The amplification of PCR products was confirmed in 306 strains. In the future, the MIG-seq method will be used to obtain information on the genetic relationship of the species and to analyze the genetic relationship of the species.