Tackling the global regulation of Hox clusters with molecular evolutionary and epigenomic approaches
利用分子进化和表观基因组方法解决 Hox 簇的全局调控
基本信息
- 批准号:20H03269
- 负责人:
- 金额:$ 11.32万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2020
- 资助国家:日本
- 起止时间:2020-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
これまで扱ってきた軟骨魚類イヌザメと同じテンジクザメ目に属するトラフザメのHoxC遺伝子クラスターの配列を解析し、いくつかの構成遺伝子は二次的に欠落していながらも、HoxC6, C8, C11, C12が保持されていることを明らかにした。さらに、これらのHoxC遺伝子群がゲノム上で連続したクラスターを形成していることが判明した。ただし、通常約100Kbという長さに納まっているクラスター長は著しく伸長していた。HoxC遺伝子クラスターは、前年まで既にイヌザメで見出していた通り、X染色体の端に位置しており、さらに、この領域がいわゆる偽常染色体領域(pseudoautosomal region)であることを見出した。この領域は、GC含量が高いうえ、ゲノムDNAを用いたqPCR実験によって、常染色体と同じ増幅コピー数を示すというデータを得た。いっぽうで、X染色体のそれ以外の領域では、XYヘテロであるため、qPCRにおける増幅コピー数は、オスでメスの約半分となることが観測できた。進めていたトラフザメの全ゲノム配列情報の解析を行い、上記のHoxC遺伝子群の配置やHox遺伝子群の発現プロファイルについて収録した原稿を投稿し、現在、2度目のピアレビュー査読中である(Yamaguchi et al.2022としてbioRxivにてプレプリント掲載)。今年度中にゲノム学の国際誌に出版が実現すると期待している。さらに、これまでイヌザメで進めてきた研究の成果も併せ、複数の国内での研究会などでの講演を行うとともに、2022年6月には、対面開催された国際学会である欧州進化発生学(Euro Evo-Devo)会議において、自らオーガナイズしたシンポジウムにて、軟骨魚類のHoxC遺伝子群に関し特に種間の遺伝子レパートリおよび遺伝子発現プロファイルとその進化的変遷について発表した。
This is the first time that the HoxC gene has been analyzed, and the constituent genes have been analyzed, and the second time that the HoxC6, C8, C11, C12 have been maintained. The HoxC group is formed on the top of the list. Usually about 100Kb long. The HoxC gene was identified in the pseudoautosomal region in the previous year. This domain has a high GC content and a high DNA content. In addition to the X chromosome, the number of chromosomes in the qPCR is increased by about half. The analysis of the complete set of information in the file, the development of the set of HoxC gene groups in the file, and the review of the original manuscript (Yamaguchi et al.2022 and bioRxiv). This year's International Journal of Science and Technology is expected to be published. In June 2022, the International Society for European Evolutionary Science was opened.(Euro Evo-Devo) Conference on HoxC Gene Subgroup of Cartilaginous Fish: Special Interspecific Gene Transfer and Gene Development.
项目成果
期刊论文数量(23)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
'Structural Constraints in Hox Clusters: Lessons from Sharks and Rays' in the book 'Hox Modules in Evolution and Development'
“Hox 集群中的结构约束:鲨鱼和鳐鱼的教训”,收录在《进化和发展中的 Hox 模块》一书中
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:竹川 宜宏;錦野 達郎;山下 俊貴;堀 清志郎;尾上 靖宏;井原 邦夫;小嶋 誠司;今田 勝巳;本間 道夫;石黒啓一郎 - 分担執筆;S. Kuraku (ed. David Ferrier)
- 通讯作者:S. Kuraku (ed. David Ferrier)
Shark and ray genomics for disentangling their morphological diversity and vertebrate evolution
- DOI:10.1016/j.ydbio.2021.06.001
- 发表时间:2021-06-14
- 期刊:
- 影响因子:2.7
- 作者:Kuraku, Shigehiro
- 通讯作者:Kuraku, Shigehiro
The Earth BioGenome Project 2020: Starting the clock.
- DOI:10.1073/pnas.2115635118
- 发表时间:2022-01-25
- 期刊:
- 影响因子:11.1
- 作者:Lewin HA;Richards S;Lieberman Aiden E;Allende ML;Archibald JM;Bálint M;Barker KB;Baumgartner B;Belov K;Bertorelle G;Blaxter ML;Cai J;Caperello ND;Carlson K;Castilla-Rubio JC;Chaw SM;Chen L;Childers AK;Coddington JA;Conde DA;Corominas M;Crandall KA;Crawford AJ;DiPalma F;Durbin R;Ebenezer TE;Edwards SV;Fedrigo O;Flicek P;Formenti G;Gibbs RA;Gilbert MTP;Goldstein MM;Graves JM;Greely HT;Grigoriev IV;Hackett KJ;Hall N;Haussler D;Helgen KM;Hogg CJ;Isobe S;Jakobsen KS;Janke A;Jarvis ED;Johnson WE;Jones SJM;Karlsson EK;Kersey PJ;Kim JH;Kress WJ;Kuraku S;Lawniczak MKN;Leebens-Mack JH;Li X;Lindblad-Toh K;Liu X;Lopez JV;Marques-Bonet T;Mazard S;Mazet JAK;Mazzoni CJ;Myers EW;O'Neill RJ;Paez S;Park H;Robinson GE;Roquet C;Ryder OA;Sabir JSM;Shaffer HB;Shank TM;Sherkow JS;Soltis PS;Tang B;Tedersoo L;Uliano-Silva M;Wang K;Wei X;Wetzer R;Wilson JL;Xu X;Yang H;Yoder AD;Zhang G
- 通讯作者:Zhang G
理解と発見のための基礎情報にとどまらないゲノム情報の意義
基因组信息超越基本信息对于理解和发现的重要性
- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:野口友理佳;阿知波ひとみ;隈元拓馬;丸山千秋;工樂樹洋
- 通讯作者:工樂樹洋
軟骨魚類の全ゲノム配列情報の集積と性染色体の同定
软骨鱼类全基因组序列信息收集及性染色体鉴定
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:工樂樹洋;山口和晃;西村理;門田満隆;宇野好宣
- 通讯作者:宇野好宣
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工樂 樹洋其他文献
Asymmetric evolution of paralogs in vertebrate genomes
脊椎动物基因组中旁系同源物的不对称进化
- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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工樂 樹洋
フェーズドアレイ気象レーダーで観測された孤立積乱雲内の降水コアと雷放電との時空間比較
相控阵天气雷达观测孤立积雨云降水核心和闪电放电时空对比
- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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ゲノム情報と分子進化学のアプローチを利用して遺伝子レパートリの広がりと進化距離を測る
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- DOI:
- 发表时间:
2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
小川湧也;寺尾美穂;原聡史;玉野萌恵;岡安春佳;加藤朋子;高田修治;Shigehiro Kuraku;Shuji Takada;工樂樹洋;高田修治;工樂樹洋;工樂樹洋;工樂 樹洋;工樂 樹洋;工樂 樹洋 - 通讯作者:
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
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NGS 开启并由分子系统学阐明的“反模型”生物学邀请
- DOI:
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2017 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
小川湧也;寺尾美穂;原聡史;玉野萌恵;岡安春佳;加藤朋子;高田修治;Shigehiro Kuraku;Shuji Takada;工樂樹洋;高田修治;工樂樹洋;工樂樹洋;工樂 樹洋;工樂 樹洋;工樂 樹洋;工樂 樹洋 - 通讯作者:
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Exploratory tRNA biology oriented towards biodiversity and omics
面向生物多样性和组学的探索性 tRNA 生物学
- 批准号:
23K18101 - 财政年份:2023
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$ 11.32万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
哺乳類ゲノムを導いた遺伝子欠失
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- 资助金额:
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Grant-in-Aid for Young Scientists (B)