計算化学・遺伝子工学・分子生物学を基盤とした植物二次代謝酵素の解析と設計
計算化学・遺伝子工学・分子生物学を基盤とした植物二次代謝酵素の解析と設計
批准号:
20J01256
负责人:
佐藤 玄
金额:
$3.08万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2020
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2020-04-24 至 2023-03-31
中文摘要
採用からわずか9ヶ月間の研究期間ではあったが、当初の計画よりも研究が進展したと考えている。ホソバルピナス由来のリジン・オルニチン脱炭酸脱炭酸酵素 (L/ODC)については、共同研究者の取得した X 線結晶構造解析に基づき、約 30 種類の変異体酵素の作成とその活性評価を行うことができ、各アミノ酸側鎖がどのように酵素活性に寄与しているかを明らかにすることが出来た。また、研究計画に従い、L/ODC の近縁酵素であるアルギニン脱炭酸脱炭酸酵素 (ADC)、ジアミノピメリン酸脱炭酸脱炭酸酵素 (DapDC)との比較も進めた。ホソバルピナス(Tanjil品種)から La-DapDC と La-ADC をそれぞれクローニングしてくることに成功し、このうち、La-DapDC については、in vitro で酵素活性を確認することが出来た。また、La-L/ODC と La-DapDC の構造を計算化学により比較することにより、重要なアミノ酸残基を予測した。その結果、La- L/ODC F344H と La- L/ODC F344Y という2種の点変異体酵素が DapDC 活性を示すことを見出した。このことは、酵素の基質特異性や反応機構に新たな知見を与えるに留まらず、L/ODC 近縁種の酵素の進化の議論にもつながる大きな成果であると考える。また、40 年以上にわたり謎とされてきたブラシラン型骨格の生合成反応機構を計算化学を駆使することによって明らかにし、アメリカ化学会誌(J. Am. Chem. Soc.)に掲載され、表紙にも選出された。さらに、多様な天然物骨格の構築を目的とし、酸化酵素の反応機構解析にも取り組み、インドールジテルペン化合物 Lolitrem 生合成研究におけるラジカル閉環反応の詳細を明らかにすることに成功し、Angew. Chem. Int. Ed. 誌に掲載された。
英文摘要
採用からわずか9ヶ月間の研究期間ではあったが、当初の計画よりも研究が進展したと考えている。ホソバルピナス由来のリジン・オルニチン脱炭酸脱炭酸酵素 (L/ODC)については、共同研究者の取得した X 線結晶構造解析に基づき、約 30 種類の変異体酵素の作成とその活性評価を行うことができ、各アミノ酸側鎖がどのように酵素活性に寄与しているかを明らかにすることが出来た。また、研究計画に従い、L/ODC の近縁酵素であるアルギニン脱炭酸脱炭酸酵素 (ADC)、ジアミノピメリン酸脱炭酸脱炭酸酵素 (DapDC)との比較も進めた。ホソバルピナス(Tanjil品種)から La-DapDC と La-ADC をそれぞれクローニングしてくることに成功し、このうち、La-DapDC については、in vitro で酵素活性を確認することが出来た。また、La-L/ODC と La-DapDC の構造を計算化学により比較することにより、重要なアミノ酸残基を予測した。その結果、La- L/ODC F344H と La- L/ODC F344Y という2種の点変異体酵素が DapDC 活性を示すことを見出した。このことは、酵素の基質特異性や反応機構に新たな知見を与えるに留まらず、L/ODC 近縁種の酵素の進化の議論にもつながる大きな成果であると考える。また、40 年以上にわたり謎とされてきたブラシラン型骨格の生合成反応機構を計算化学を駆使することによって明らかにし、アメリカ化学会誌(J. Am. Chem. Soc.)に掲載され、表紙にも選出された。さらに、多様な天然物骨格の構築を目的とし、酸化酵素の反応機構解析にも取り組み、インドールジテルペン化合物 Lolitrem 生合成研究におけるラジカル閉環反応の詳細を明らかにすることに成功し、Angew. Chem. Int. Ed. 誌に掲載された。
期刊论文(3)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DFT Study on the Biosynthesis of Preasperterpenoid A: Role of Secondary Carbocations in the Carbocation Cascade
前黑萜 A 生物合成的 DFT 研究:次级碳阳离子在碳阳离子级联中的作用
DOI:
10.1248/cpb.c20-00037
发表时间:
2020
期刊:
Chemical and Pharmaceutical Bulletin
影响因子:
1.7
作者:
[Sato Hajime, Yamazaki Mami, Uchiyama Masanobu]
通讯作者:
Uchiyama Masanobu
DOI:
10.1002/anie.202007280
发表时间:
2020-10-05
期刊:
ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION
影响因子:
16.6
作者:
[Jiang, Yulu, Ozaki, Taro, Oikawa, Hideaki]
通讯作者:
Oikawa, Hideaki
計算化学を利活用したVariexenol生合成の反応制御機構の解析と合理的改変
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批准号:24K01626
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$11.81万
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财政年份:2024
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负责人:佐藤 玄
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依托单位:
Analysis of terpene cyclization reactions based on computational chemistry, synthetic organic chemistry, and biochemistry
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批准号:22K14791
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2022
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负责人:佐藤 玄
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依托单位:
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基于DFT计算的单/双原子锚定二维C2N催化剂的设计合成及NOx降解性能研究
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批准号:2026JJ60417
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项目类别:省市级项目
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批准年份:2026
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负责人:柳鑫淼
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依托单位:
数字产业生态下芯片产权保护与安全DFT协同设计关键技术研究
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批准号:2026JJ30111
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项目类别:省市级项目
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资助金额:--
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批准年份:2026
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负责人:王伟征
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依托单位:
基于DFT理论的光/过渡金属双催化氮杂环化合物C-H键区域选择性官能团化反应:机理研究与实验验证
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批准号:22663013
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项目类别:地区科学基金项目
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资助金额:--
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批准年份:2026
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负责人:李金凤
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依托单位:
辐照缺陷与LBE协同作用对FeCrSi基合金表界面元素扩散影响的DFT研究
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批准号:12505307
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项目类别:青年科学基金项目(C类)
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资助金额:30.00万元
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批准年份:2025
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负责人:李小静
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依托单位:
基于DFT+DMFT方法的强自旋劈裂和高转变温度交错磁材料的计算与设计
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批准号:12504287
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项目类别:青年科学基金项目(C类)
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资助金额:30.00万元
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批准年份:2025
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负责人:于天野
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依托单位:
基于DFT与机器学习的钴催化烯烃不对称自由基氢胺化反应研究
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批准号:22501041
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项目类别:青年科学基金项目(C类)
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资助金额:30.00万元
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批准年份:2025
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负责人:祝丽涵
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依托单位:
“DFT+ML”协同探索原子精确金纳米团簇的类酶催化性质
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批准号:
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项目类别:省市级项目
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批准年份:2025
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负责人:孙芳
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依托单位:
基于CFD模拟和DFT计算的高熵合金三通管道冲刷腐蚀机理研究
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批准号:52401070
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:30.00万元
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批准年份:2024
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负责人:张青华
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依托单位:
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批准号:52463025
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项目类别:地区科学基金项目
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资助金额:32.00万元
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批准年份:2024
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负责人:周耐根
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依托单位:
自适应配体促进的钯催化三组分偶联反应制备手性偕二芳基次甲基胺的理论研究:DFT+机器学习
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批准号:22403067
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:30.00万元
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批准年份:2024
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负责人:孙天宇
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依托单位: