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大規模データを用いた日本のブナ科広葉樹林の外生菌根菌多様性の決定要因探索と予測

利用大规模数据探索和预测日本壳斗科阔叶林外生菌根真菌多样性的决定因素

基本信息

批准号：
20J01732
负责人：
松岡俊将
金额：
$ 3.08万
依托单位：
University of Hyogo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-24 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20J01732/
关键词：
菌類菌根菌生物多様性生物地理

项目摘要

当該年度は、私がこれまでに取得してきた外生菌根菌群集データを用いての群集・多様性解析結果の論文化と、これらのデータを基にした菌類の出現予測モデルの構築と予備解析、そして野外調査を進めた。まず、従来から用いたれていた調査地単位での群集解析手法を用いて、日本の森林における外生菌根菌群集構造の解析とその論文化を行なった。これらの結果から、外生菌根菌群集の空間パターンは、樹種ごとに異なる要因により駆動されていることが明らかになった。これらの結果をベースに、個別の種ごとの出現予測を行うため、スパース回帰、joint species distribution model、機械学習(ランダムフォレスト)を用いたモデルの構築を進めた。文献情報や情報学分野の研究者からのアドバイスを基に、解析用のRスクリプトの作成と改良を行なった。そして実際の群集データの一部を用いて予備解析を進めることで、パラメーターや計算時間の推定行った。モデルから得られた結果の拡張やモデルの外挿性の確認のため、野外調査による追加データの収集も行なった。前年度同様に新型コロナウイルスの感染拡大による緊急事態宣言の発出とそれに伴う所属・協力機関の活動方針により野外調査は制限されたものの、関西を中心にブナ科広葉樹林においてサンプリングを行なった。採集した樹木細根は、実験室に持ち帰り、実体顕微鏡下で菌根の選択と洗浄を行い菌根からDNAを抽出抽出した。MiSeqによるアンプリコンシーケンスとバイオインフォマティクス解析により、上記の外生菌根菌出現予測モデルの外挿データを得た。

In the current year, we have obtained the results of ectomycorrhizal community analysis and the results of community diversity analysis. We have also obtained the results of field survey. Analysis of ectomycorrhizal community structure and culture in Japanese forests The results of ectomycorrhizal fungi are different from those of tree species. The results of this study include the following: individual species, occurrence prediction, joint species distribution model, mechanical learning, etc. Literature information and informatics research on the basis of analysis and improvement A part of the cluster is used to analyze the estimated time. The results of the field survey were analyzed and the results of the field survey were analyzed. In the past year, the same type of infection was reported in the emergency declaration, and the activities of the affiliated agencies were reported in the field investigation. Arbuscular mycorrhizal DNA was extracted from the fine roots of trees collected under microscope. Miseq is the first time that ectomycorrhizal fungi have appeared in the world.

项目成果

期刊论文数量（18）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

近縁なイネ科植物の葉における老衰段階に伴う菌類群集組成の比較

近缘草类叶片衰老阶段真菌群落组成比较

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
秦野悠貴;松岡俊将;長谷川元洋;大園享司
通讯作者：
大園享司

環境DNAから探る菌類多様性の空間・時間パターン

从环境 DNA 探索真菌多样性的时空模式

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Genta Toya;Kazuhiro Goto;Kazuo Okanoya;Shoko Yuki;松岡俊将
通讯作者：
松岡俊将

Integrative assessment of the effects of shrub coverage on soil respiration in a tundra ecosystem

苔原生态系统中灌木覆盖对土壤呼吸影响的综合评估

DOI：
10.1016/j.polar.2020.100562
发表时间：
2021
期刊：
Polar Science
影响因子：
1.8
作者：
Masumoto Shota;Kitagawa Ryo;Nishizawa Keita;Osono Takashi;Hasegawa Motohiro;Iimura Yasuo;Matsuoka Shunsuke;Kaneko Ryo;Uchida Masaki;Mori Akira S.
通讯作者：
Mori Akira S.

八ヶ岳亜高山帯林におけるコケの分解に伴う菌類遷移

八岳亚高山森林中与苔藓分解相关的真菌演替