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日本紅斑熱リケッチア研究への挑戦：新規ゲノム疫学手法の確立と増殖必須遺伝子の同定

日本斑点热立克次体研究面临的挑战：建立新的基因组流行病学方法并鉴定增殖必需基因

基本信息

批准号：
20J21471
负责人：
笠間健太郎
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-24 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

【課題１】qPCRでリケッチアゲノムが検出できた32サンプルを、リケッチアのコピー数を基準にサンプルのライブラリDNAをプールした後、キャプチャー反応によりリケッチアDNAの濃縮を行い、NovaSeqによるシーケンス解析を行なった。得られたリードは、アダプター配列および低クオリティリードの除去を行い、R. japonica YH_M株のゲノム配列にマッピングをした。マップされなかったリードおよび、PCR duplicationと考えられるリードを除去した後、x3以上のdepthでYH_M株のゲノム配列の何％をカバーできているかを調べた。その結果、9サンプルについては94.6%-99.95%をカバーしており、系統解析に利用可能なデータの取得ができたが、７サンプルについてはデータの取得効率が非常に悪いため解析を中止した。残りの16サンプルについてはデータ量を追加するために再度キャプチャーを行い、再シーケンスを行なった。得られたリードを加えて再解析を行ったが、全てのサンプルでデータ量を大量に追加したにもかかわらず、カバー率は期待したようには大きくならなかった。結果的に16サンプル中8サンプルについては、追加シーケンス後のカバー率が低かったため、解析対象から除外することとしたが、残りの8サンプルについては、YH_M株のゲノム配列の87.2-95.3%をカバーする配列データが得られた。1回目のシーケンスで十分なデータが得られた9サンプルと合わせて、計17の臨床検体に含まれる日本紅斑熱リケッチアのゲノム情報に基づいた高精度系統解析を行う予定である。【課題２】昨年度までに取得したRlonのゲノム情報の精査と論文作成を進めるとともに、エレクトロポレーション法による形質転換系の確立に向けて培養条件等の再検討を行なった。リケッチアの培養には時間を要することや啓示的な変化等の確認が必要であることから、この検討には継続的な実験を行う必要がある。

[Question 1] qPCR is the first to detect the presence of 32 sites, the presence of 33 sites, the presence of 32 sites, the presence of 32 sites, the Get rid of it, get rid of it, get rid of it. Japonica YH_M strain When the PCR duplication is removed, the YH_M strain is removed at a depth greater than x3. The results are as follows: 94.6%-99.95%; 94.9%-99.95%; 94.95%-9.95%; 94.95%-95%; 94.95%-9.95%; 9 The remaining 16 points of the list are added to the list. We need to increase the amount of data we can get from the database, and we need to increase the amount of data we can get from the database. The results of the 16-cell cluster analysis showed that the rate of cell growth was low after the addition of the cell cluster analysis, except for the analysis of the cell cluster analysis, and the rate of cell growth was 87.2-95.3% after the YH_M cell cluster analysis. 1. High precision system analysis in the basic information of Japanese red spot fever [Topic 2] Re-examination of quality information and paper preparation in order to obtain quality information and establish culture conditions It is necessary to confirm the time of cultivation and enlightenment.