深海性魚類のDNAバーコーディングと集団構造解析～種多様性の実態と要因に迫る～

深海鱼类DNA条形码和种群结构分析 - 接近物种多样性的现实和原因 -

• 批准号: 20J22659
• 负责人: 手良村 知功
• 金额: $ 1.98万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-24 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20J22659/
• 关键词: 種多様性; 深海魚; DNAバーコーディング; ゲノムワイドSNP解析; 全ゲノム解析; 遺伝的多様性; 深海性魚類; ギンザメ科; 隠蔽種

申請研究は日本近海の深海性魚類の種多様性解明に向けた2つの研究を行った．まず，一つは日本近海の深海性魚類における種多様性を，従来の形態学的解析とミトコンドリアDNAのCOI領域によるDNAバーコーディングとMIG-seq法によるゲノムワイドSNP解析によって再評価した．その結果，48科115種のCOI領域を用いたミトコンドリアDNA（mtDNA）のDNAバーコーディングによって各種の種内変異を調査し，4種について隠蔽種が含まれることを示した．そして，MIG-seq法を用いたゲノムワイドSNP解析によって，4隠蔽種の核DNAにおける遺伝的な分化の有無と形態的な特徴について調査した．その結果，いずれの種もmtDNA，核DNA，形態のそれぞれに違いが見られたため，これらが未記載種であることを明らかにした．もう一つは，日本各地から得られた代表的な深海性魚種を対象とした集団構造解析やゲノム解析を行なうことで，日本の深海域における魚種多様性の特徴を記載した．まず，11科11種のMIG-seq法による種内のゲノムワイドSNP解析を行った．その結果，5種について台湾―日本間における遺伝的な分化が生じていることが明らかになった．この5種のうち，日本近海における種レベルの固有性が高いギンザメに注目し，近縁種8種とともに全ゲノム配列を読み取った．これら合計9種のゲノム配列とDNAデータベースに登録されている国外産種の配列から系統解析を実施した結果，既存の分類で知られている2つの属（ギンザメ属とアカギンザメ属）はそれぞれ単系統群を形成せず，それらとは異なる4つの系統に分けられる可能性が示された．そして，この4系統全てが分布する海域は世界的にも日本近海だけであることも示された．このことから，日本近海はギンザメ科魚類の種多様性・系統的多様性の高いホットスポットであることが明らかになった．

Application for research on species diversity of deep-sea fish in Japan's offshore waters The diversity of species in deep-sea fish off the coast of Japan was investigated by morphological analysis and SNP analysis using MIG-seq method. The results showed that 115 species in 48 families were used in COI domain, and 4 species were used in COI domain. In addition, MIG-seq method was used to analyze SNP in the middle of the study. The result is mtDNA, nuclear DNA, morphology, species, species. The characteristics of diversity of deep-sea species in Japan are recorded. The SNP analysis of 11 species in 11 families was carried out by MIG-seq method. As a result, 5 species of 5 species of these species are found in the coastal waters of Japan, and 8 species are found in the coastal waters of Japan. The results of systematic analysis of the 9 species in total showed that the existing taxa were known to be composed of 2 genera and 4 taxa. All four systems are distributed in the sea area of Japan. The diversity of species and systems of fish species in the Japanese coastal waters is high.

项目成果

DNA barcoding of mesopelagic and demersal fish species on the continental shelf and upper slope in Japanese and Taiwanese waters

日本和台湾水域大陆架和上坡中层和底层鱼类的 DNA 条形码

• 发表时间: 2020
• 作者: Keiichiro Sato;Kiyoshiro Fukui;Shunsaku Murakawa;Masabumi Minami;Taiju Amano;手良村知功
• 通讯作者: 手良村知功

Assessing the effectiveness of DNA barcoding for exploring hidden genetic diversity in deep-sea fishes

评估 DNA 条形码对于探索深海鱼类隐藏遗传多样性的有效性

• DOI: 10.3354/meps14193
• 发表时间: 2022
• 期刊: Marine Ecology Progress Series
• 影响因子: 2.5
• 作者: Teramura A;Koeda K;Matsuo A;Sato MP;Senou H;Ho HC;Suyama Y;Kikuchi K;Hirase S
• 通讯作者: Hirase S

日本産ギンザメ科魚類の全ゲノム系統解析

日本长鳍真鲨的全基因组系统发育分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 髙橋雄太;仲村怜;間淵洋子;小木曽智信;手良村知功・瀬能 宏・菊池 潔・平瀬祥太朗
• 通讯作者: 手良村知功・瀬能 宏・菊池 潔・平瀬祥太朗

静岡県沖から得られたホウボウ科魚類バケソコホウボウの形態変異

静冈县海岸的鲂鱼 Bakesoko gurnard 的形态变异

• 发表时间: 2021
• 期刊: 神奈川県立博物館研究報告
• 作者: Sato Keiichiro;Okuno Hiroyuki;Kitamura Kazune;Bito Haruhiko;Suzuki Yutaka;Minami Masabumi;Amano Taiju;矢頭卓児・手良村知功・江藤 曉・瀬能 宏
• 通讯作者: 矢頭卓児・手良村知功・江藤 曉・瀬能 宏

"ギンザメ"(ギンザメ目ギンザメ科)に見られる遺伝的 2 型は隠蔽種か?

“花园鲨”（科：隼科）中发现的 2 型基因是否是一种神秘物种？

• 发表时间: 2021
• 作者: 許哲;八木下孝雄;遠藤佳那子;仲村怜;髙橋雄太;手良村 知功・瀬能 宏・菊池 潔・平瀬祥太朗
• 通讯作者: 手良村 知功・瀬能 宏・菊池 潔・平瀬祥太朗