農作物特異的新規マルチコピーDNAマーカーのバイオインフォマティクス的探索と応用

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本研究では、食品表示偽装や加工食品からの異物混入検知を目的とした農作物の高感度かつ特異的DNA検出法を開発するために、マルチコピーのDNAマーカーを探索する。昨年度までに検討していたトウモロコシのリボソームDNAのマルチコピー領域を標的としたリアルタイムPCR（プローブ法）による検出法では、ダイズでわずかに交差反応を示した件で、同様に加工品で混入しうる作物についても検証を行ったところ、ブルーベリー及びカカオでも40未満のCq値で検出されることがわかった。リボソームDNA領域を対象とした場合豆類で交差反応を示す傾向があり、今後特異性の改善の際に考慮が必要なことが確認された。さらに日本人の主食でかつDNA解析データが比較的多いコメをモデル作物としてマルチコピーDNAマーカーを探索するために、NCBIのデータバンクに登録されているコメに関するデータを用いて検討を行った。マルチコピーでかつBLASTプログラムによる相同性による特異性のフィルターをかけた配列をピックアップし、それぞれ100bp以上のアンプリコンを生成するようなPCRプライマーペアを複数設計した。設計プライマーを用いてリアルタイムPCR（インターカレータ法）による特異性確認を行ったところ、従来のシングルコピー遺伝子を標的とした場合より、感度は改良されるが、大豆にも交差反応を示した。現在、特異性改善に向けて、ダイズと交差反応する原因を解析している。また、今後は塩基配列以外のデータ利用の検討も模索していく予定である。