農作物特異的新規マルチコピーDNAマーカーのバイオインフォマティクス的探索と応用

新型作物特异性多拷贝DNA标记的生物信息学探索与应用

• 批准号: 20K05901
• 负责人: 曽我 慶介
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: National Institute of Health Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K05901/
• 关键词: 遺伝子検査; マルチコピーDNA; 遺伝子マーカー; リアルタイムPCR; コメ; トウモロコシ; 加工食品; バイオインフォマティクス; とうもろこし; セントロメア; マルチコピー; リピート配列; リボソームDNA; ITS; 検出法; ゲノムワイド

本研究では、食品表示偽装や加工食品からの異物混入検知を目的とした農作物の高感度かつ特異的DNA検出法を開発するために、マルチコピーのDNAマーカーを探索する。昨年度までに検討していたトウモロコシのリボソームDNAのマルチコピー領域を標的としたリアルタイムPCR（プローブ法）による検出法では、ダイズでわずかに交差反応を示した件で、同様に加工品で混入しうる作物についても検証を行ったところ、ブルーベリー及びカカオでも40未満のCq値で検出されることがわかった。リボソームDNA領域を対象とした場合豆類で交差反応を示す傾向があり、今後特異性の改善の際に考慮が必要なことが確認された。さらに日本人の主食でかつDNA解析データが比較的多いコメをモデル作物としてマルチコピーDNAマーカーを探索するために、NCBIのデータバンクに登録されているコメに関するデータを用いて検討を行った。マルチコピーでかつBLASTプログラムによる相同性による特異性のフィルターをかけた配列をピックアップし、それぞれ100bp以上のアンプリコンを生成するようなPCRプライマーペアを複数設計した。設計プライマーを用いてリアルタイムPCR（インターカレータ法）による特異性確認を行ったところ、従来のシングルコピー遺伝子を標的とした場合より、感度は改良されるが、大豆にも交差反応を示した。現在、特異性改善に向けて、ダイズと交差反応する原因を解析している。また、今後は塩基配列以外のデータ利用の検討も模索していく予定である。

This study aims to explore the development of high sensitivity and specific DNA detection methods for food presentation and processed food. In the past year, the detection method of DNA in the field of DNA in the field of DNA In the case of DNA domain, it is necessary to consider the possibility of cross-linking in the future. In Japan, the main food is DNA analysis, which is compared with the main food. The main food is DNA analysis, which is compared with the main food. The sequence of DNA sequences is identical, but the sequence of DNA sequences is different. The sequence of DNA sequences is more than 100 bp. Design and use of a variety of PCR methods to confirm specificity, sensitivity, and cross-fertilization Analysis of the reasons for the improvement of specificity In the future, we will discuss the use of models other than the basic arrangement.

项目成果

Development and Testing of an Individual Kernel Detection System for Genetically Modified Soybean Events in Non-identity-preserved Soybean Samples

开发和测试非身份保留大豆样品中转基因大豆事件的单个内核检测系统

• DOI: 10.1248/bpb.b20-00382
• 发表时间: 2020
• 期刊: Biological and Pharmaceutical Bulletin
• 影响因子: 2
• 作者: Soga Keisuke;Kimata Shinya;Narushima Jumpei;Sato Sakiko;Sato Emi;Mano Junichi;Takabatake Reona;Kitta Kazumi;Kawakami Hiroshi;Akiyama Hiroshi;Kondo Kazunari;Nakamura Kosuke
• 通讯作者: Nakamura Kosuke

Strategy for detecting off-target sites in genome-edited rice

• DOI: 10.1101/2021.05.28.446070
• 发表时间: 2021-05
• 期刊: bioRxiv
• 作者: Jumpei Narushima;Shinya Kimata;Yuh Shiwa;T. Gondo;Satoru Akimoto;K. Soga;Satoko Yoshiba;Kosuke Nakamura;N. Shibata;K. Kondo

改正食品表示基準に対応した遺伝子組換えダイズ混入の判定に係る定性PCR検査法の開発

开发定性 PCR 测试方法，用于根据修订后的食品标签标准确定转基因大豆的存在

• 发表时间: 2021
• 作者: 高畠令王奈;江木智宏;曽我慶介;峯岸恭孝;成島純平;吉場聡子;柴田識人;中村公亮;近藤一成;岸根雅宏;真野潤一;橘田和美
• 通讯作者: 橘田和美

ゲノム編集作物におけるオフターゲット予測法の検討

基因组编辑作物脱靶预测方法的检验

• 发表时间: 2021
• 作者: 成島純平;木俣真弥;志波優;権藤崇裕;秋元智;曽我慶介;吉場聡子;中村公亮;柴田識人;近藤一成
• 通讯作者: 近藤一成

Evaluation of Conversion Factors for Genetically Modified Maize Quantification

转基因玉米定量转换因子的评估

• DOI: 10.3358/shokueishi.61.235
• 发表时间: 2020
• 期刊: Food Hygiene and Safety Science (Shokuhin Eiseigaku Zasshi)
• 作者: Takabatake Reona;Onishi Mari;Mano Junichi;Kishine Masahiro;Soga Keisuke;Nakamura Kosuke;Kondo Kazunari;Kitta Kazumi
• 通讯作者: Kitta Kazumi