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樹木少数集団の探索手法の開発

小树群搜索方法的开发

基本信息

批准号：
20K06122
负责人：
齊藤陽子
金额：
$ 2.83万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

千葉県全域を対象とし10mメッシュ数値地図より標高・方位・傾斜・地表面の曲率を算出し、MaxEntを用いてアサダの生育適地を推定した。その結果、標高300m以上、北西斜面、傾斜35度以上、曲率-1.0×1011以下の立地条件が適していることが示唆された。これらの条件を満たす地点は千葉県内の主に南部の山地域に広く存在していた。次にSentinel 2の早春のデータよりNDVIを算出し、早春に植生の少ない地域、すなわち市街地や作付け前の田畑および落葉樹林、裸地を抽出した。上記MaxentとNDVIの結果を重ね合わせることにより、アサダの生育適地でありかつ落葉樹林であると考えられる場所が抽出された。その結果、これまで地域内で詳細にアサダの生育個体調査が行われている東京大学千葉演習林およびその周囲を除いて10地区がアサダの生育する可能性がある箇所として推定された。環境DNAからのアサダDNAの検出については、アサダおよび対照としている常緑樹イチイガシ、落葉樹イロハモミジについて、リアルタイムPCRで検出できる核DNAおよび葉緑体DNAの種特異的マーカーとプローブの開発を試みた。アサダについては、核ITSマーカー１つ、葉緑体マーカー１つの計２つ、イロハモミジについては葉緑体マーカー１つ作成することができた。これらのマーカーは他2樹種のDNAを混合しているときにも正確に反応し、他2樹種のみのDNAに対しては反応しないことが確認できた。また、デジタルPCRを用いてDNA抽出液の1/10,000希釈溶液でも検出が可能であり、アサダおよびイロハモミジの2種を同時に検出することもできた。このことから、環境DNAから樹木種の存在を検出するのに開発したプライマーが有効であると考えられる。

Chiba Prefecture's 10m long-distance terrestrial map is used to calculate the altitude, orientation, inclination, and curvature of the ground surface, and to estimate the appropriate site for growth using MaxEnt. The result is that the site conditions are suitable for an elevation of more than 300m, a northwest slope, an inclination of more than 35 degrees, and a curvature of -1.0×1011 or less. The condition of the place is the mountain area in the southern part of Chiba Prefecture. Sentinel 2. The area of early spring, the area of early spring, the area of early spring, the area of early spring, the area of the urban area, the front of the field, the deciduous forest, and the bare ground, the extraction area. The result of Maxent's NDVI mentioned above is the same as the heavy one. The best place for childbearing is the deciduous forest, which is the best place to be born.そのRESULTS, これまでDetailed にアサダの生 Individual Surveyが行われている Tokyo University Chiba Exercise林およびそのweek囲をexcludeいて10areaがアサダの生するpossibilityがある箇所としてESTIMATIONされた. Environmental DNAからのアサダDNAの検出については、アサダおEvergreen trees, deciduous trees, and deciduous trees.について, リアルタイムPCRで検出できるnuclear DNAおよびchloroplast DNAのspecies-specificマーカーとプローブの开発をtestみた.アサダについては, nuclear ITSマーカー1つ, chloroplastマーカー1つの记2つ、イロハモミジについてはchlorophyllマーカー１つ成することができた.これらのマーカーはhis 2 tree speciesのDNAをmixしているときにもcorrect and reverse応し、His 2 tree species のみのDNAに対しては Reflection 応しないことがconfirmationできた.また、デジタルPCRをいてDNA extraction solution の1/10,000 でも検出がpossibleであり、アサダおよびイロハモミジの2 kinds of を simultaneously に検出することもできた.このことから、Environmental DNAからThe existence of tree speciesの検出するのに开発したプライマーがeffectiveであると考えられる.