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対形成部位の空間的乖離により天然塩基対との相互作用直交性を有する人工塩基対の開発

由于配对位点的空间解离，开发与天然碱基对具有相互作用正交性的人工碱基对

基本信息

批准号：
19J15265
负责人：
小田裕太朗
金额：
$ 1.09万
依托单位：
University of Toyama
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-25 至 2021-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19J15265/
关键词：
人工核酸非天然核酸核酸医薬核酸アプタマー SELEX ポリメラーゼ

项目摘要

アプタマーの相互作用様式の多様化を目指し、その探索手法である SELEX 法に適用できる核酸ユニットの開発に取り組んだ。この手法は PCR での核酸増幅を要するため、適用する核酸ユニットはポリメラーゼによって対応して複製される必要がある。本研究室で開発してきたアルキニルヌクレオチドは、核酸塩基間の対応付けを担う塩基対形成部位が天然ヌクレオチドとは空間的に異なるため、天然とは独立した人工どうしの塩基対を形成できる。この骨格的な特徴から、ポリメラーゼによる核酸複製においても、人工ヌクレオチドどうしは相補的に機能し、かつ水素結合部位の合致しない天然ヌクレオチドとは直交的に振舞うことで、両者が共存したSELEX 法を確立できると計画した。まず、ポリメラーゼによる核酸複製機構において、人工ヌクレオチドがそれぞれの持つ人工核酸塩基の水素結合パターンを反映した相補性を示すかを確認することとした。テンプレート鎖の鋳型となる部位に人工ヌクレオチドを配置し、各種人工ヌクレオチド三リン酸を基質として用いた一塩基伸長反応を評価した。その結果、水素結合パターンの相補性を反映した選択性を示す一対の人工ヌクレオチドのペアを見出した。この人工ヌクレオチドのペアに対して、天然核酸塩基との直交性を評価する目的で、鋳型に人工ヌクレオチドを配置したテンプレート鎖に対する各種天然ヌクレオチド三リン酸の組み込みを評価した。その結果、鋳型の人工ヌクレオチド残基に対して、特定の天然ヌクレオチド三リン酸が組み込まれてしまうことを確認した。そこで、人工核酸塩基の構造を再設計することで、天然ヌクレオチドとの競合の解消を狙った。今後は、新たに合成した改良型人工ヌクレオチド三リン酸を用いて、人工/人工間の相補性ならびに、天然ヌクレオチドとの競合を調査し、SELEX 法に適用できる核酸ユニットへの展開を目指す。

The diversity of interaction patterns in the field of molecular biology indicates that the SELEX method is applicable to the development of molecular biology. This method is necessary for PCR amplification and for DNA replication. In our laboratory, we have developed a new method for the formation of nucleotide pairs, which is based on the difference between natural and artificial nucleotide pairs. The characteristics of the bone structure are different, and the nucleic acid replication is different. The artificial replication is different from the complementary function. The natural replication is different from the orthogonal vibration. The blue shift is selected. The project is established. The nucleic acid replication mechanism was established by artificial hybridization. The structure of the lock is determined by the position of the lock, and the position of the lock. The results of this study show that the complementary properties of water elements are reflected in the selection of artificial water elements. For the purpose of evaluating the directness of the natural nucleic acid base, the artificial nucleic acid base is configured to evaluate the composition of the natural nucleic acid base As a result, the presence of certain artificial residues in the protein and the presence of certain natural residues in the protein were confirmed. The structure of artificial nucleic acid base is redesigned, and the natural nucleic acid base is eliminated. In the future, new synthetic and improved artificial nucleic acid applications, artificial/artificial complementarity, natural nucleic acid applications and competition investigations, SELEX method applications and development of nucleic acid applications will be discussed.