Comprehensive omics analysis and genome editing for early stage of secondary endosymbiosis

二次内共生早期阶段的综合组学分析和基因组编辑

• 批准号: 19J15617
• 负责人: 嶺井 隆平
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Nagahama Institute of Bio-Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-25 至 2021-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19J15617/
• 关键词: 藻類; 細胞内共生; クロレラ; ミドリゾウリムシ; 次世代シーケンサー; ゲノム; トランスクリプトーム; 植物化現象; 共生クロレラ; 次世代シーケンサー(NGS)

生態的・経済的に重要な多種多様な藻類を生み出してきた進化の原動力は植物化現象である。本研究は、植物化現象のきっかけとなった、原生生物と藻類の細胞内共生（二次共生）の初期ステージにおける遺伝子レベルでのメカニズム解明を目的とする。本年度は、昨年度において共生藻Chlorella variabilisのゲノムとトランスクリプトームを合わせた解析から示唆された、植物化現象のきっかけとなった細胞内共生に関与する各遺伝子について、RNA-seqを用いたトランスクリプトーム解析などから、より詳細な機能についての解析を実施した。本研究では、実験室環境下において非共生状態で、つまり宿主と共生体それぞれ単独での培養方法が確立されており、宿主と共生体の共生関係についての多くは生理学的な知見であるが先行研究が豊富な、宿主ミドリゾウリムシParamecium bursariaとその共生体、共生クロレラC. variabilisの共生系をモデルとして採用している。また、昨年度までは共生体側からのアプローチが中心であったが、P. bursariaのトランスクリプトームを取得することにより、宿主側から共生関係にアプローチできることが可能になった。その結果、パスウェイ・ネットワーク単位でP. bursariaからC. variabilisへの窒素源の供給・同化、C. variabilisのクロロフィルおよびアンテナ色素タンパク質複合体の合成促進、炭素固定の亢進、そしてC. variabilisからP. bursariaへのマルトースの大量供給へといたるメカニズムが明らかになってきた。

Ecological importance of a wide variety of algae growth and evolution of the dynamic and phytogenic phenomenon. This study aims to clarify the early stages of phytogenesis and the intracellular symbiosis (secondary symbiosis) between protozoa and algae. This year and last year, the symbiotic algae Chlorella variabilis was analyzed in detail, including the analysis of intracellular symbiosis, phytochemical phenomena, and RNA-seq. In this study, the culture methods of host and symbionts were established under non-symbiotic conditions. The symbiotic relationship between host and symbionts was studied in advance. The symbiotic system of variabilis Also, last year, with the establishment of a platform at the center of the symbiosis side and the availability of P. bursaria's desktop, it was possible to establish a platform for the symbiosis relationship at the host side. The results of the survey are as follows: bursariaからC. variabilis, C. variabilis and C. variabilis. Variabilis is the synthesis of pigment complexes, carbon fixation, hyperactivity, and C. variabilisからP. Bursaria is a large number of products that are available to the public.

项目成果

A novel circular ssDNA virus of the phylum Cressdnaviricota discovered in metagenomic data from otter clams (Lutraria rhynchaena)

在水獭蛤（Lutraria rhynchaena）的宏基因组数据中发现了 Cressdnaviricota 门的一种新型环状 ssDNA 病毒

• DOI: 10.1007/s00705-020-04819-9
• 发表时间: 2020
• 期刊: Archives of Virology
• 影响因子: 2.7
• 作者: Kim Oanh T. P.;Kagaya Yuki;Tran Hoang S.;Minei Ryuhei;Tran Trang T. H.;Duong Ha T. T.;Le Binh T. N.;Dang Lua T.;Kinoshita Kengo;Ogura Atsushi;Yura Kei
• 通讯作者: Yura Kei

ロングリードシーケンサーを用いたToxoplasma gondii日本分離株の病原性遺伝子解析

使用长读长测序仪分析日本弓形虫分离株的致病性基因

• 发表时间: 2020
• 作者: 2.谷口裕二;小倉淳;嶺井隆平;永宗喜三郎;松崎素道;福本隼平;鬼頭克也;高島康弘
• 通讯作者: 高島康弘

The Draft Genome Dataset of the Asian Cricket Teleogryllus occipitalis for Molecular Research Toward Entomophagy

• DOI: 10.3389/fgene.2020.00470
• 发表时间: 2020-05-08
• 期刊: FRONTIERS IN GENETICS
• 影响因子: 3.7
• 作者: Kataoka, Kosuke;Minei, Ryuhei;Asahi, Toru
• 通讯作者: Asahi, Toru