Statistical mechanics of nonlinear evolutionary dynamics with a large degree of freedom
Statistical mechanics of nonlinear evolutionary dynamics with a large degree of freedom
批准号:
19K03650
负责人:
時田 恵一郎
金额:
$2.41万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份:
2019
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2019-04-01 至 2024-03-31
中文摘要
本研究の目的は、物理学、生物学、情報科学、社会科学、経済学などの様々な分野で研究されている巨大システムに注目し、多種多数の主体が複雑な相互作用を介して影響し合いながらその個体数などを変動させ時間発展する大自由度非線形進化力学系の巨視的性質を、統計力学的手法や計算物理学的手法を用いて解明することである。具体的には、生態系、免疫系、経済システムなどの様々な現実の進化力学系に共通に見出されてきた多様性のパターン、種個体数分布、種数面積関係などの巨視的なパターンが生み出されるメカニズム、特に環境や種などの性質を表すパラメータに対する依存性を明らかにしつつある。2022年度においては、進化・適応を繰り返す膨大な種類の腸内細菌叢モデルを解析した。特に、マウス腸内細菌叢のOTU存在量データを用いて、対応する多種Lotka-Volterra方程式のパラメーター推定を行った先行研究のパラメータ値を解析した。その結果、マウス腸内細菌叢は相利的な相互作用が全くない競争群集であること、推定した種間相互作用行列がランダム行列になっていることを発見した。さらに、そのパラメータ値を用いてレプリケーター・ミューテ-ター方程式のシミュレーションを行い、変異率(死亡個体が資源として他のOTUに再分配される割合)が高いときには平衡点に収束する安定なダイナミクスが観測され、また、変異率が低い場合には検出限界以下への存在量減少や復活を含むカオティックな動態を示すことを見出した。さらに種の豊富さのパターンが1930年に元村勲が世界に先駆けて発見した幾何級数型になっていること、すなわち腸内細菌叢が厳しい腸内環境で競争していることを示唆する結果を得た。その成果を国際会議AROB2023で口頭発表し、プロシーディングス論文が発行された。
英文摘要
本研究の目的は、物理学、生物学、情報科学、社会科学、経済学などの様々な分野で研究されている巨大システムに注目し、多種多数の主体が複雑な相互作用を介して影響し合いながらその個体数などを変動させ時間発展する大自由度非線形進化力学系の巨視的性質を、統計力学的手法や計算物理学的手法を用いて解明することである。具体的には、生態系、免疫系、経済システムなどの様々な現実の進化力学系に共通に見出されてきた多様性のパターン、種個体数分布、種数面積関係などの巨視的なパターンが生み出されるメカニズム、特に環境や種などの性質を表すパラメータに対する依存性を明らかにしつつある。2022年度においては、進化・適応を繰り返す膨大な種類の腸内細菌叢モデルを解析した。特に、マウス腸内細菌叢のOTU存在量データを用いて、対応する多種Lotka-Volterra方程式のパラメーター推定を行った先行研究のパラメータ値を解析した。その結果、マウス腸内細菌叢は相利的な相互作用が全くない競争群集であること、推定した種間相互作用行列がランダム行列になっていることを発見した。さらに、そのパラメータ値を用いてレプリケーター・ミューテ-ター方程式のシミュレーションを行い、変異率(死亡個体が資源として他のOTUに再分配される割合)が高いときには平衡点に収束する安定なダイナミクスが観測され、また、変異率が低い場合には検出限界以下への存在量減少や復活を含むカオティックな動態を示すことを見出した。さらに種の豊富さのパターンが1930年に元村勲が世界に先駆けて発見した幾何級数型になっていること、すなわち腸内細菌叢が厳しい腸内環境で競争していることを示唆する結果を得た。その成果を国際会議AROB2023で口頭発表し、プロシーディングス論文が発行された。
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大自由度非線形進化力学系への統計力学的手法の応用
统计力学方法在大自由度非线性演化动力系统中的应用
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Takuma Ito, Naoyuki Shinohara, Shigenori Uchiyama, 中川尚子, 池田浩輔,渡会航平,皆本晃弥, 吉見 一慶, 田口優真,時田恵一郎]
通讯作者:
田口優真,時田恵一郎
Creative Complex Systems
创意复杂系统
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Takuma Kunieda, Kazuo Nishimura, Masatoshi Murase, Kazuyoshi Yoshimura, Kohei Shiota, Atsushi Yamauchi, Kei Tokita, Toshiyuki Namba, Tae-Soo Chon, Terufumi Ohno, Takashi Kumagai, Ichiroh Daitoh, Goro C. Kato, Paul G. Mezey, Ken Umeno, Tomonori Okuno, Shun]
通讯作者:
Shun
進化の大規模モデルに対する統計力学的解析II
大规模进化模型的统计力学分析II
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[田口優真, 時田恵一郎]
通讯作者:
時田恵一郎
大規模群集モデルに対応したパラメータ推定手法
兼容大规模人群模型的参数估计方法
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Arata Ide, Ryuji Ohura, Teruya Minamoto, 田口優真,時田恵一郎]
通讯作者:
田口優真,時田恵一郎
生物ネットワークの相互作用はランダムか?
生物网络中的相互作用是随机的吗?
DOI:
--
发表时间:
2023
期刊:
2023年電子情報通信学会総合大会 NBT-1 次世代ネットワークを支える数理モデルの展開
影响因子:
--
作者:
[Yoshimura Kazuyuki, Hirata Yudai, 時田恵一郎]
通讯作者:
時田恵一郎
共 19 条
生物多様性の維持機構に関する統計力学的・計算物理学的研究
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批准号:14740232
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$1.98万
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财政年份:2002
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负责人:時田 恵一郎
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依托单位:
蛋白質等のヘテロ高分子の設計問題に関する理論的研究
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批准号:12740235
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.6万
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财政年份:2000
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负责人:時田 恵一郎
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依托单位:
蛋白質の天然構造の創発的進化についての計算物理学的研究
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批准号:10740190
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.54万
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财政年份:1998
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负责人:時田 恵一郎
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依托单位:
メタダイナミクスを取り入れた自律的発展系における創発的進化の研究
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批准号:08233215
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1996
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负责人:時田 恵一郎
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依托单位:
メタダイナミクスを取り入れた自律的発展系における創発的進化の研究
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批准号:07243212
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.41万
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财政年份:1995
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负责人:時田 恵一郎
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依托单位: