权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

蛋白質等のヘテロ高分子の設計問題に関する理論的研究

蛋白质等杂聚物设计问题的理论研究

基本信息

批准号：
12740235
负责人：
時田恵一郎
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2001
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-12740235/
关键词：
蛋白質進化大自由度非線形力学系デザイン大自由度力学系

项目摘要

タンパク質などのヘテロ高分子モデルにおける、折り畳み問題と、それとは逆に、ある蛋白質の機能に対応する立体構造へと安定に折り畳むアミノ酸配列を探す設計問題(=逆折り畳み問題)に関する研究を行った。ヘテロ高分子の設計問題は、新薬開発、分子機械開発、機能性材料開発など巨大な応用分野に関わる重要な問題であるが、これまでは、経験論的な方法でしか扱われて来なかった。蛋白質における相同配列の存在からも明らかなように、ある立体構造へと折り畳む配列は一つとは限らず、一般に逆折り畳み問題は複数の解を持つ(解がない場合もある)。解の個数は、設計の容易さに関係するので、デザイナビリティと呼ばれている。それは、ランダムな配列から正しい配列への進化的な到達のし易さでもあり、蛋白質の進化的安定性にも関係する。折り畳み問題と同様に、逆折り畳み問題も、モノマー数が増大すると可能な配列の数が爆発してしまい、単純なしらみづぶしで解を得ることは不可能になる。これがこれまで設計問題を原理的に扱う方法の研究がほとんど行われて来なかった理由である。本課題においては、逆折り畳み問題を効率的に解く全く新しいアルゴリズムを開発し、これが従来のシミュレーテッドアニーリングと同等かそれ以上の効率を示すことを検証した。蛋白質の天然構造の進化に関しては、遺伝アルゴリズムのような進化アルゴリズムの効率が解の多様性の維持に関係していることから、一般的な進化ダイナミクスを表現する方程式(Replicator方程式系)における種の多様性維持のメカニズムについて新しい知見を得、理論生態学、集団遺伝学との関連を明らかにした。

Research on the design of polymer molecules, such as polymer molecules, polymer molecules, The design of polymers is an important issue in the development of new molecules, molecular machinery, functional materials, and large application areas. The existence of the same protein alignment is different from that of the three-dimensional structure. The alignment of proteins is different from that of the ordinary protein alignment. The solution of the problem of complex number is different from that of the ordinary protein alignment. The number of solutions is related to the ease of design. The relationship between protein stability and protein evolution is discussed. The number of possible configurations increases, the number of solutions increases, and the number of solutions increases. A study on the principle of design problems The problem is that the solution of the problem is completely new, and the problem of the problem of The evolution of protein natural structure is related to the relationship between genetic evolution and diversity maintenance, general evolution equations (Replicator equations), species diversity maintenance, new knowledge, theoretical ecology, group genetics, and the relationship between genetic evolution and diversity maintenance.