The role of fusion genes in multistep progression of cancer

融合基因在癌症多步进展中的作用

• 批准号: 19K07430
• 负责人: 細田 和貴
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Aichi Cancer Center Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K07430/
• 关键词: 膵癌; KRAS; RNAシーケンス; 融合遺伝子; DNAシーケンス; 遺伝子変異; 次世代シーケンサー; 多段階発癌; 次世代シーケンシング; 膵がん

令和4年度には、令和3年度に同定した分子異常のvalidation studyを実施した。集積した29例のvalidation caseに対し、次世代シーケンサーを用いたターゲットRNAシーケンス、ターゲットDNAシーケンスを行った。現在そのゲノムデーターの解析を行っているところである。またdiscovery cohortで検出された代表的な分子に対して免疫染色、FISHを行いvalidation cohortでの追加解析実験を行った。現時点での特筆すべき結果として、過去にKRAS遺伝子異常のない膵癌ではNRG1融合遺伝子が一定数みられる、という報告があるが（Heining, Cancer Discovery 2018、Jones, Clin Cancer Res 2019), 本研究ではこの融合遺伝子が一例も検出されなかったということである。欧米で報告されたこの遺伝子異常は膵癌における新規治療の可能性を期待させる報告であったことから、本邦においては稀な事象であることを学会に投げかけることになるだろう。次世代シーケンサーでDNAシーケンスを行うにあたり、核酸の品質の検定を行う必要があるが、その検定方法を改良する必要が生じた。この研究の枠内で、精度の高い新しい技術を検討した。一般的にNGSのライブラリを作成する前に、PCRを使用して核酸の品質を検定する方法が用いられているが、PCRを使用せず電気泳動法で行う方法で、核酸品質の良悪をいいあてる、精度の高い方法を開発した。この結果は令和4年度内にまとめAmerican Journal of Clinical Pathology誌に投稿し、アクセプトされた。

The validation study of molecular anomalies was carried out in the fourth year and the third year. The total number of validation cases is 29, and the next generation of validation cases is 29. Now, the analysis of the problem is in progress. The discovery cohort was identified by immunostaining, FISH validation cohort and additional analysis. In the past, KRAS gene abnormalities were reported in NRG1 fusion gene (Heining, Cancer Discovery 2018, Jones, Clin Cancer Res 2019). Omi de reported that this genetic abnormality is related to cancer, and we are looking forward to the possibility of new regulations for treatment. However, the report is full of rare events in the country. The next generation of DNA is necessary to determine the quality of DNA. This research is conducted with high precision and new technology. General NGS quality control methods, PCR quality control methods, PCR quality control methods, nucleic acid quality control methods, high precision methods were developed. The results were published in the American Journal of Clinical Pathology within 4 years.

项目成果

Diagnostic utility of DNA integrity number (DIN) as an indicator for sufficient DNA quality in next-generation sequencing-based genomic profiling tests

DNA 完整性数 (DIN) 作为下一代基于测序的基因组分析测试中足够 DNA 质量的指标的诊断效用

• 发表时间: 2023
• 期刊: American Journal of Clinical Pathology
• 影响因子: 3.5
• 作者: Kaho Hiramatsu;BSMT1);Chiaki Matsuda;BSMT1);Katsuhiro Masago;MD;PhD1);Kazuhiro Toriyama;MD1);Eiichi Sasaki;MD;PhD 1);Yasuko Fujita;MD;PhD 1);Masataka Haneda;MD;PhD 1);Hiromichi Ebi;MD;PhD 2);Noriko Shibata;BSMT1);and Waki Hosoda;MD
• 通讯作者: MD