The role of fusion genes in multistep progression of cancer

令和4年度には、令和3年度に同定した分子異常のvalidation studyを実施した。集積した29例のvalidation caseに対し、次世代シーケンサーを用いたターゲットRNAシーケンス、ターゲットDNAシーケンスを行った。現在そのゲノムデーターの解析を行っているところである。またdiscovery cohortで検出された代表的な分子に対して免疫染色、FISHを行いvalidation cohortでの追加解析実験を行った。現時点での特筆すべき結果として、過去にKRAS遺伝子異常のない膵癌ではNRG1融合遺伝子が一定数みられる、という報告があるが（Heining, Cancer Discovery 2018、Jones, Clin Cancer Res 2019), 本研究ではこの融合遺伝子が一例も検出されなかったということである。欧米で報告されたこの遺伝子異常は膵癌における新規治療の可能性を期待させる報告であったことから、本邦においては稀な事象であることを学会に投げかけることになるだろう。次世代シーケンサーでDNAシーケンスを行うにあたり、核酸の品質の検定を行う必要があるが、その検定方法を改良する必要が生じた。この研究の枠内で、精度の高い新しい技術を検討した。一般的にNGSのライブラリを作成する前に、PCRを使用して核酸の品質を検定する方法が用いられているが、PCRを使用せず電気泳動法で行う方法で、核酸品質の良悪をいいあてる、精度の高い方法を開発した。この結果は令和4年度内にまとめAmerican Journal of Clinical Pathology誌に投稿し、アクセプトされた。

令和4年度には、令和3年度に同定した分子異常のvalidation studyを実施した。集積した29例のvalidation caseに対し、次世代シーケンサーを用いたターゲットRNAシーケンス、ターゲットDNAシーケンスを行った。現在そのゲノムデーターの解析を行っているところである。またdiscovery cohortで検出された代表的な分子に対して免疫染色、FISHを行いvalidation cohortでの追加解析実験を行った。現時点での特筆すべき結果として、過去にKRAS遺伝子異常のない膵癌ではNRG1融合遺伝子が一定数みられる、という報告があるが（Heining, Cancer Discovery 2018、Jones, Clin Cancer Res 2019), 本研究ではこの融合遺伝子が一例も検出されなかったということである。欧米で報告されたこの遺伝子異常は膵癌における新規治療の可能性を期待させる報告であったことから、本邦においては稀な事象であることを学会に投げかけることになるだろう。次世代シーケンサーでDNAシーケンスを行うにあたり、核酸の品質の検定を行う必要があるが、その検定方法を改良する必要が生じた。この研究の枠内で、精度の高い新しい技術を検討した。一般的にNGSのライブラリを作成する前に、PCRを使用して核酸の品質を検定する方法が用いられているが、PCRを使用せず電気泳動法で行う方法で、核酸品質の良悪をいいあてる、精度の高い方法を開発した。この結果は令和4年度内にまとめAmerican Journal of Clinical Pathology誌に投稿し、アクセプトされた。