Diagnostic and identification of therapeutic target molecules based on functional RNA network search in colorectal cancer.

当科にて大腸癌臨床検体から作成したマイクロRNA発現プロファイルを用い、リスト内のmirRクラスターであるhsa-mir-143およびhsa-mir-145に注目した。それ ぞれのpassenger鎖とguide鎖を併せ、計4カテゴリーに共通する遺伝子の探索を検討するも、期間・資金の面からpassenger鎖のみ、すなわちhsa-mir-143-5pおよ びhsa-mir145-3pの二つに注目し、共通して制御する遺伝子の探索を行った。cell lineに上記mirを導入した検体をgene expression解析に提出し、mir導入に よって抑制された遺伝子群を同定。さらにそれぞれのマイクロRNAのtarget siteを持つ遺伝子群および、GEO databaseにおける大腸癌にてupregulateされている 遺伝子群との共通な遺伝子の存在の有無を検索した。結果5つの遺伝子候補の同定がなされたが、いずれの遺伝子も解析にて5年生存率に有意な影響を与えうる遺 伝子ではなかったことから、mir-143-5pおよびmir145-3pに共通な遺伝子ではなく、各々単独での遺伝子検索へと方針を転換した。同様の解析をmir-143-5pおよ びmir145-3pの各々で施行したところ、143-5pについては24の遺伝子を同定。また145-3pについては30の遺伝子を同定するに至った。さらに各遺伝子について5年 生存率による絞り込みを行い、機能解析を行っていった。しかしながら5年生存率にて有意差の出る遺伝子候補が少なく、145-3pについてはSTC2のみ、143-5pについてはC2orf48のみであった。これらについて臨床検体にてPCRを行ったところ、STC2については有意差がつかず、しかしながらC2orf48については有意差が見られた。これらのことよりC2orf48についての研究進行を検討するも、同遺伝子については抗体の販売などもされておらず、研究設備、残りの研究期間を鑑み、研究継続は困難と考えられた。

当科にて大腸癌臨床検体から作成したマイクロRNA発現プロファイルを用い、リスト内のmirRクラスターであるhsa-mir-143およびhsa-mir-145に注目した。それ ぞれのpassenger鎖とguide鎖を併せ、計4カテゴリーに共通する遺伝子の探索を検討するも、期間・資金の面からpassenger鎖のみ、すなわちhsa-mir-143-5pおよ びhsa-mir145-3pの二つに注目し、共通して制御する遺伝子の探索を行った。cell lineに上記mirを導入した検体をgene expression解析に提出し、mir導入に よって抑制された遺伝子群を同定。さらにそれぞれのマイクロRNAのtarget siteを持つ遺伝子群および、GEO databaseにおける大腸癌にてupregulateされている 遺伝子群との共通な遺伝子の存在の有無を検索した。結果5つの遺伝子候補の同定がなされたが、いずれの遺伝子も解析にて5年生存率に有意な影響を与えうる遺 伝子ではなかったことから、mir-143-5pおよびmir145-3pに共通な遺伝子ではなく、各々単独での遺伝子検索へと方針を転換した。同様の解析をmir-143-5pおよ びmir145-3pの各々で施行したところ、143-5pについては24の遺伝子を同定。また145-3pについては30の遺伝子を同定するに至った。さらに各遺伝子について5年 生存率による絞り込みを行い、機能解析を行っていった。しかしながら5年生存率にて有意差の出る遺伝子候補が少なく、145-3pについてはSTC2のみ、143-5pについてはC2orf48のみであった。これらについて臨床検体にてPCRを行ったところ、STC2については有意差がつかず、しかしながらC2orf48については有意差が見られた。これらのことよりC2orf48についての研究進行を検討するも、同遺伝子については抗体の販売などもされておらず、研究設備、残りの研究期間を鑑み、研究継続は困難と考えられた。