侵襲性肺炎球菌感染症のゲノムワイドな比較解析に基づく流行動態と病原性に関する研究

基于侵袭性肺炎球菌感染全基因组比较分析的流行动态和发病机制研究

• 批准号: 19K10594
• 负责人: 野本 竜平
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kobe Institute of Health
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K10594/
• 关键词: ゲノム分子疫学; 侵襲性肺炎球菌感染症; 多株比較解析; ゲノム解析; 肺炎球菌; 分子疫学; ゲノム

侵襲性肺炎球菌感染症（IPD）は、菌血症、髄膜炎など侵襲性を伴い肺炎球菌が無菌部位検体（血液・髄液）から検出される感染症で、抗菌薬が発達した現在においても、しばしば重篤な後遺症を残し、致命的となる場合がある。IPDの原因菌である肺炎球菌は健常人の鼻咽頭にも常在する菌であるが、ヒトに常在している肺炎球菌がIPDを引き起こす際の菌側のリスク因子は何なのか？という点に関しては不明な点が多い。そこで本研究では臨床株や健康保菌株とのゲノム情報を利用しIPD原因菌が保有する新規のリスク因子を特定することを目的とする。本年度は肺炎球菌のMLST法について、増幅産物を網羅的に次世代シーケンサ―で解析し、多検体の遺伝型を同時に決定する方法について検討した。この方法により、全ゲノム配列を決定するよりも大量の検体を低コストで遺伝型の決定が可能となった。

Invasive pneumococcal infections (IPD) include bacteremia, meningitis, invasiveness, pneumococcus, sterile site specimens (blood and fluid), infection, antimicrobial agents, residual, fatal sequelae, and other conditions. The cause of IPD is pneumococcus, which is often present in the nasopharynx of healthy people. What is the cause of IPD? There are many unknown points. This study aims to utilize the information of clinical strains and health preserving strains, and to identify new factors for IPD. This year, the MLST method of pneumococcus was used to analyze the next generation, increase the amplitude of products, and determine the genetic type of multiple species simultaneously. This method allows you to determine the full range of options available.

项目成果

臨床細菌のゲノム情報を利用したSNP系統解析

利用临床细菌基因组信息进行SNP系统发育分析

• 发表时间: 2020
• 作者: Nakanishi Noriko;Yonezawa Takeshi;Tanaka Shinobu;Shirouzu Yuki;Naito Yuki;Ozaki Akemi;Hama Natsuki;Ijichi Akihiro;Iwamoto Tomotada;Nomoto Ryohei;野本竜平・中西典子・米澤武志・田中忍・濵夏樹・岩本朋忠
• 通讯作者: 野本竜平・中西典子・米澤武志・田中忍・濵夏樹・岩本朋忠

Assessment of the local clonal spread of Streptococcus pneumoniae serotype 12F caused invasive pneumococcal diseases among children and adults

• DOI: 10.1016/j.jiph.2019.05.019
• 发表时间: 2019-11-01
• 期刊: JOURNAL OF INFECTION AND PUBLIC HEALTH
• 影响因子: 6.7
• 作者: Nakanishi, Noriko;Yonezawa, Takeshi;Nomoto, Ryohei
• 通讯作者: Nomoto, Ryohei