权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

タンパク質立体構造の進化的保存部位の解析と機能予測への応用

蛋白质3D结构中进化保守位点的分析及其在功能预测中的应用

基本信息

批准号：
19K12228
负责人：
林田守広
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Matsue National College of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K12228/
关键词：
中心文字列整数線形計画法グラフ畳み込みニューラルネットワーク条件付き敵対的生成ネットワーク畳み込みオートエンコーダ情報圧縮中央文字列整数線形計画問題レーベンシュタイン距離文字列球面文法圧縮コルモゴロフ複雑性タンパク質相互作用データ圧縮機械学習タンパク質ドメインアルゴリズム

项目摘要

本研究課題の目的の一つであるタンパク質の進化的保存部位の探索のために多数のタンパク質アミノ酸配列からの特徴的な構造の抽出が有用となる．当該年度においては中心文字列と呼ばれる，入力文字列の集合のうち文字列間の距離の最大値が最小となる文字列を見つける問題について厳密解を探索する手法の高速化に取り組んだ．文字列間の距離として置換，挿入，削除の編集コストに基づくレーベンシュタイン距離を扱う．文字列間の距離の和を最小にする中央文字列を探索する手法については既存の手法よりも高速な手法を開発しており，同じ考え方を中心文字列探索にも適用した．厳密解法はともに整数線形計画問題として定式化し，高速化のために制約条件式を追加することで解候補を削減する方策を取った．文字列間の距離は編集される文字が少ない方が小さくなるので文字列の左端と右端の文字が対応するような極端な解は実現しない可能性が高い．そのような中心文字列とはなり得ない解を除いた．入力文字列2本のときの計算機実験による実行時間の結果は，長さ2,3のときは既存手法とほぼ同等であるが分散が有意に小さく，長さ4では実行時間が短くなった．さらに前年度に引き続き開発しているグラフ畳み込みニューラルネットワークを用いた遺伝子発現データからの肺がん予測手法について，条件付き敵対的生成ネットワークを用いた学習データの調整を検討した．計算機実験の結果は学習データをうまくモデル化するようなニューラルネットワークの構築には至らなかったことが示唆された．

One of the purposes of this study is to explore the preservation sites of the evolution of the species and to extract the characteristic structures of most species. When the central character string of the year is called out, the maximum distance between the character strings of the input character string set and the minimum distance between the character strings are detected. The distance between text columns is changed, inserted, deleted, and the distance between text columns is changed. The minimum distance between text columns and the minimum distance between text columns are used to explore existing methods. The solution to the integer linear programming problem is formalized, and the constraint expression is added to the solution candidate. The distance between text columns is less than the distance between text columns. The probability of text columns appearing at the left and right ends is higher than the probability of text columns appearing at the right and left ends. In the middle of the column, the text is divided into two parts. The result of the running time of the input text string 2 is long, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 10, 11, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19, 10 In the past year, the development of new technologies has been introduced. In the middle of the development process, new technologies have been developed. In the middle of the development process, new technologies have been developed. In the middle of the development process, new technologies have been developed. In the middle of the development process, new technologies have been developed. The result of the computer is to learn how to make it work.