高分節型RNAウイルスにおけるパッケージング・シグナルの同定

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本研究は、分子進化学的・生命情報学的手法をもちいて、高分節型RNAウイルスであるオルソミクソウイルス科、レオウイルス科に属するウイルスの各ゲノム分節に存在するパッケージング・シグナルを同定することを目的としている。2022年度には、2021年度に国際塩基配列データベースから抽出した哺乳類ロタウイルス241株、鳥類ロタウイルス12株について、11本のゲノム分節それぞれを用いて系統樹解析を進めた。11本のゲノム分節はそれぞれ構造タンパク質VP1-VP4、VP6、VP7、非構造タンパク質NSP1-NSP4、NSP5/6をコードしているが、VP4をコードする遺伝子分節のみにおいて、哺乳類ロタウイルスであるRVA/Buffalo-wt/ZAF/1442/2007/G10P[11]_MT234354とRVA/Cow-wt/ARG/B383/1998/G15P[11]_FJ347114のクラスターが鳥類ロタウイルスクラスター側へ、鳥類ロタウイルスであるRVA/Pheasant-tc/GER/10V0112H5/2010/G23P[37]_JX204814とRVA/Pheasant-wt/HUN/216/2015/G23P[37]_KU587856のクラスターが哺乳類ロタウイルス側へ入ってしまっており、哺乳類ロタウイルスと鳥類ロタウイルスが分岐したあと、まもなく遺伝子再集合を起こしたと考えられた。VP4はロタウイルス粒子の表面でスパイクを構成しているタンパク質であり、受容体への結合に寄与し、また宿主の免疫の標的なので免疫逃避に寄与している。近年ではワクチン導入後にDS-1バックグラウンドWa株のような、VP4とVP7という表面タンパク質のみの遺伝子再集合も観察されており、ロタウイルスには表面タンパク質のみを遺伝子再集合できるような仕組みがあるのかもしれないと考えられた。哺乳類ロタウイルスを鳥類ロタウイルスの間でのVP4の遺伝子再集合が起こった年代を推定することは興味深い。