新しい正の自然選択圧検出法の開発と応用

一种新的正向自然选择压力检测方法的开发与应用

• 批准号: 17770007
• 负责人: 鈴木 善幸
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17770007/
• 关键词: 進化; 方法論; ソフトウェア; ウイルス; ワクチン; ウィルス

ワクチンの有効性の高い狂犬病ウイルスの外被糖蛋白質遺伝子を解析し、中和抗原領域に正の自然選択が働いておらず、おもに負の自然選択が働いていることを明らかにしてきており、このことがワクチンの有効性が高い理由と考えられる。蛋白質の特定のアミノ酸座位において、アミノ酸の性質を変える置換(非保存的置換)と、アミノ酸の性質を変えない置換(保存的置換)に働いている自然選択圧を区別して検出できる方法として、多くの相同な配列について系統樹を作成し、特定のコドン座位において、系統樹全体で起こった非保存的置換数と保存的置換数を推定し、それらの速度を同義置換速度と比較する方法を開発してきている。コンピューター・シミュレーションにより、この方法では非保存的置換と保存的置換に働いている自然選択圧を独立に検出できること、解析に用いられる系統樹の樹形は相当間違えていても信頼性の高い結果が得られること、さらに、コドン配列の解析においては終止コドン座位を考慮するべきであることなどが明らかになってきた。また、この方法を用いてヒト白血球抗原遺伝子を解析したところ、非保存的置換にも保存的置換にも正の自然選択が働いていること、あるコドン座位において非保存的置換速度が保存的置換速度よりも大きい場合には、必ずしも非保存的置換に正の自然選択が働いているとは限らず、保存的置換に負の自然選択が働いている場合があることなどが明らかになってきた。ダニ媒介性脳炎ウイルスの塩基配列を国際塩基配列データベースより抽出し、系統解析を行うことによって、このウイルスは日本とロシアの間で最低3回伝播が起こったことが明らかになった。また、伝播の年代は約数百年前と推定され、渡り鳥がウイルスを伝播した可能性が示唆された。

In the field of neutralization antigen, there is a natural selection of glycoprotein in the field of rabies, and there is a natural selection in the field of antigen. in the field of neutralization antigen, there is a natural selection of rabies in the field of rabies. Albumen, protein, acid, acid, In the whole system, the number of non-saved data sets is presumed to be the same as that of the system speed comparison method. This is not a good idea. I need to know that you are not saving anything. You are not saving it. You are not saving it. Please tell me what to do. I don't know. I don't know. In this paper, we use the method to analyze the white blood cell antigen, the non-saved setting, the natural selection, the seat, the non-saving, the speed, the speed. The saved settings will naturally be selected. Please do not know if you want to know what to do. On the basis of the media information system, the system is equipped with international equipment extraction equipment, system analysis, and data transmission in Japan. The minimum of 3 cycles is to broadcast the information on the system. About hundreds of years ago, the presumption and ferry dates suggested that the possibility of broadcasting would be abetted.

项目成果

Ancient positive selection on CD155 as a possible cause for susceptibility to poliovirus infection in simians.

古代对 CD155 的正选择可能是猿猴对脊髓灰质炎病毒感染易感性的原因。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Gene 373
• 作者: Tsutsui;Y.;Morishita;T.;Natsume;T.;Yamashita;K.;Iwasaki;H.;Yamao;F.;H.Shinagawa;Tsuyoshi Tamate;Tsuyoshi Tamate;Masashi Ohno;大野 雅史;Masashi Ohno;Yoshiyuki Suzuki;Masaki Hirahata;Naoki Osato;Yoshiyuki Suzuki;Yoshiyuki Suzuki
• 通讯作者: Yoshiyuki Suzuki

The origin and evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome viruses

• DOI: 10.1093/molbev/msi089
• 发表时间: 2005-04-01
• 期刊: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
• 影响因子: 10.7
• 作者: Hanada, K;Suzuki, Y;Gojobori, T
• 通讯作者: Gojobori, T

DDBJの利用法

如何使用DDBJ

• 发表时间: 2005
• 作者: Suzuki M;Okamatsu M;Hiono T;Matsuno K;Sakoda Y;五條堀 孝
• 通讯作者: 五條堀 孝

Natural selection on the influenza virus and hepatitis virus genomes.

流感病毒和肝炎病毒基因组的自然选择。

• 发表时间: 2007
• 作者: Tsutsui;Y.;Morishita;T.;Natsume;T.;Yamashita;K.;Iwasaki;H.;Yamao;F.;H.Shinagawa;Tsuyoshi Tamate;Tsuyoshi Tamate;Masashi Ohno;大野 雅史;Masashi Ohno;Yoshiyuki Suzuki;Masaki Hirahata;Naoki Osato;Yoshiyuki Suzuki;Yoshiyuki Suzuki;Yoshiyuki Suzuki;Takashi Makino;Kousuke Hanada;鈴木 善幸;鈴木 善幸;鈴木 善幸;鈴木 善幸
• 通讯作者: 鈴木 善幸

Statistical properties of the methods for detecting positively selected amino acid sites.

检测正选氨基酸位点方法的统计特性。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Gene 365
• 作者: Tsutsui;Y.;Morishita;T.;Natsume;T.;Yamashita;K.;Iwasaki;H.;Yamao;F.;H.Shinagawa;Tsuyoshi Tamate;Tsuyoshi Tamate;Masashi Ohno;大野 雅史;Masashi Ohno;Yoshiyuki Suzuki;Masaki Hirahata;Naoki Osato;Yoshiyuki Suzuki
• 通讯作者: Yoshiyuki Suzuki