Museomics-based Study of The Evolutionary Dynamics of Gastropods
Museomics-based Study of The Evolutionary Dynamics of Gastropods
批准号:
19K12424
负责人:
スティアマルガ デフィン
金额:
$2.83万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份:
2019
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2019-04-01 至 2024-03-31
中文摘要
本研究の最大目標は、大量なDNA情報や化石・地質学的情報を含むビッグデータセットで腹足類の大系統の解析を行い、腹足類の多様性変動のパターンと地史に起きた環境変動との関連を解明する。コロナ禍に対応するために一部の研究を変更する必要があったが、R3-R4においては貝殻からDNAを抽出するための実験を行った。その結果、いくつかの手法を検討する必要があることまでは突き止めたが、本研究の最大目標を達成するための手法としては効率が悪いことがわかった。しかし、軟体動物貝殻からどのようなタンパク質が含まれているかを検討するための実験を博物館標本の頭足類のオウムガイやアオイガイで行い、その結果を論文として報告している(1本出版済み、1本査読中)。これが、今後の研究に使える情報と確信している。また、地元の博物館の協力を得て無脊椎動物の古い標本を使った実験を行った結果、古い博物館標本によるDNAバーコーディング実験のためのプロトコルの検討を行った。これは、3本の論文として成果報告をした。このプロトコルを用いて、ベトナムやインドネシア、日本から採取されて日本の博物館に収蔵されている腹足類の標本を用いる。他方、多様性調査を報告した論文(ベトナムのサンプル)及び、腹足類のスガイの多様性変動と日本における地質年代の過去に起きた環境変化との関連性の解明についてを行った。その結果、1000以上の博物館標本から、4000配列以上のDNAの部分配列の新規決定ができた。その一部は、今までや上記したところで報告している。その一部の結果は学会で報告しただけではなく、現在査読中2本の論文としても報告している。このようにしてコロナ禍の影響で研究がやや遅れて、手法を調整して、希望も多少縮小する必要があったため今後に解決すべき課題は残っているが、成果は出せている。
英文摘要
本研究の最大目標は、大量なDNA情報や化石・地質学的情報を含むビッグデータセットで腹足類の大系統の解析を行い、腹足類の多様性変動のパターンと地史に起きた環境変動との関連を解明する。コロナ禍に対応するために一部の研究を変更する必要があったが、R3-R4においては貝殻からDNAを抽出するための実験を行った。その結果、いくつかの手法を検討する必要があることまでは突き止めたが、本研究の最大目標を達成するための手法としては効率が悪いことがわかった。しかし、軟体動物貝殻からどのようなタンパク質が含まれているかを検討するための実験を博物館標本の頭足類のオウムガイやアオイガイで行い、その結果を論文として報告している(1本出版済み、1本査読中)。これが、今後の研究に使える情報と確信している。また、地元の博物館の協力を得て無脊椎動物の古い標本を使った実験を行った結果、古い博物館標本によるDNAバーコーディング実験のためのプロトコルの検討を行った。これは、3本の論文として成果報告をした。このプロトコルを用いて、ベトナムやインドネシア、日本から採取されて日本の博物館に収蔵されている腹足類の標本を用いる。他方、多様性調査を報告した論文(ベトナムのサンプル)及び、腹足類のスガイの多様性変動と日本における地質年代の過去に起きた環境変化との関連性の解明についてを行った。その結果、1000以上の博物館標本から、4000配列以上のDNAの部分配列の新規決定ができた。その一部は、今までや上記したところで報告している。その一部の結果は学会で報告しただけではなく、現在査読中2本の論文としても報告している。このようにしてコロナ禍の影響で研究がやや遅れて、手法を調整して、希望も多少縮小する必要があったため今後に解決すべき課題は残っているが、成果は出せている。
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スタアンズギセルとシコクギセルのミトコンドリアゲノム全長から見るキセルガイ科の系統的実態
从斯坦恩水烟和 Shikokukah 的全长线粒体基因组中可以看出 Aceridae 科的系统发育状况。
DOI:
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发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[石川彰人, スティアマルガ・デフィン, 豊田敦, 鈴木穣, 上島励, 廣田主樹,吉田真明,佐々木猛智,スティアマルガ・デフィン, 瀬戸麻綾,廣田主樹,吉田真明,スティアマルガ・デフィン, 吉田祭,清水萌,石川彰人,上島励, スティアマルガ・デフィン]
通讯作者:
吉田祭,清水萌,石川彰人,上島励, スティアマルガ・デフィン
カイダコ類(アオイガイ科)の卵鞘でみられる貝殻微細構造の特質
章鱼(锦葵科)卵囊壳微观结构特征
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[石川彰人, スティアマルガ・デフィン, 豊田敦, 鈴木穣, 上島励, 廣田主樹,吉田真明,佐々木猛智,スティアマルガ・デフィン, 瀬戸麻綾,廣田主樹,吉田真明,スティアマルガ・デフィン, 吉田祭,清水萌,石川彰人,上島励, スティアマルガ・デフィン, スティアマルガ デフィン, 吉田真明,廣田主樹,佐々木猛智, 廣田 主樹,吉田 真明,佐々木 猛智,スティアマルガ デフィン]
通讯作者:
廣田 主樹,吉田 真明,佐々木 猛智,スティアマルガ デフィン
DNA-based Studies in Natural History Research of Marine Biodiversity
海洋生物多样性自然历史研究中基于 DNA 的研究
DOI:
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发表时间:
2020
期刊:
影响因子:
--
作者:
[西本真琴, 大原珠海+, 山本真生+, 佐々木猛智, Setiamarga DHE, Setiamarga DHE]
通讯作者:
Setiamarga DHE
OMICS in Marine Sciences (Aplikasi OMICS untuk Kelautan) : The Evolution of Conchifera shell matrix proteins as suggested by comparative proteomics and transcriptomics
海洋科学中的组学 (Aplikasi OMICS untuk Kelautan):比较蛋白质组学和转录组学表明的贝壳基质蛋白的进化
DOI:
--
发表时间:
2020
期刊:
影响因子:
--
作者:
[西本真琴, 大原珠海+, 山本真生+, 佐々木猛智, Setiamarga DHE, Setiamarga DHE, Setiamarga DHE, Setiamarga DHE]
通讯作者:
Setiamarga DHE
DNA Barcoding study on intertidal shelled Gastropods from Nada Coast in Wakayama Prefecture, Japan, using the nuclear 28S-rRNA gene and the mitochondrial COI gene
利用核 28S-rRNA 基因和线粒体 COI 基因对日本和歌山县滩海岸潮间带壳腹足动物进行 DNA 条形码研究
DOI:
--
发表时间:
2019
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Nakaji N, Iwamoto S, Teruya S, Teramoto S, Sasaki T, Setiamarga DHE]
通讯作者:
Setiamarga DHE
共 31 条
指標分類群ヒトデ類のビッグデータ構築・解析及び多様性変遷の解明
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批准号:23K11511
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2023
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负责人:スティアマルガ デフィン
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依托单位:
海外基金