シングルセル解析技術を用いた腸内ファージの生態系解明

利用单细胞分析技术阐明肠道噬菌体生态系统

• 批准号: 18K14682
• 负责人: 西嶋 傑
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18K14682/
• 关键词: ファージ; 腸内細菌叢; メタゲノム解析; バイローム; シングルセル解析

ヒト腸内に存在するファージの網羅的なリファレンスゲノムセットを作成するため、下記1-3)パイプラインを構築しゲノム配列の収集を行った。1) Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)、IMG/VR (https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/vr/main.cgi)データベースから全ファージゲノムデータの収集。2) NCBIのSRAからダウンロードした先行研究のヒト腸内viromeデータ（Norman JM et al 2015, Shkoporov AN et al 2018）をアセンブリすることで、完全ファージゲノムと考えられる環状コンティグを取得。3) ヒト腸内細菌叢のメタゲノムデータをアセンブリし、得られた環状コンティグの中からDeepVirFinder、VirSorter、ファージに特異的な遺伝子 (terminase, capsid and tail protein)の情報等を用いてファージゲノムを取得。1-3)のパイプラインから得られた全ゲノム配列を>95% identity, >85% alignment coverageでクラスタリングすることで、vOTUs (Viral operational units)を得た。これらのvOTUsにヒト腸内細菌叢のメタゲノムデータをマッピングすることで、1被験者当たりから検出されるvOTU数や、ヒト腸内に豊富に存在する今まで知られていなかった未知の系統を明らかにした。今後各被験者のメタデータとの関連解析を行うことで、ヒトの生理状態や疾患と関連するヒト腸内ファージが明らかになると期待される。

Created by the naruto that exists in the intestinesするため、Next 1-3) パイプラインを CONSTRUCTION しゲノム arrangement のCollect を行った. 1) Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)、IMG/VR (https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/vr/main.cgi)データベースから全ファージゲノムデータのCollection. 2) NCBI's SRA pilot study on intestinal virome testing (Norman JM et al 2015, Shkoporov AN et al 2018) をアセンブリすることで, completely ファージゲノムと开えられるcyclic コンティグを. 3) Intestinal bacteria in the intestineからDeepVirFinder, VirSorter, ファージにSpecial Najiko Information on (terminase, capsid and tail protein) etc. can be obtained using いてファージゲノムを. 1-3) のパイプラインから得られた全ゲノムalignmentを>95% identity, >85% alignment coverageでクラスタリングすることで, vOTUs (Viral operational units)をgetた.これらのvOTUsにヒトIntestinal bacterial floraのメタゲノムデータをマッピングすることで, 1 person who is cheated should be treated as たりから検出されるvOTU number や, ヒト intestines に豊富にexisting するNow までknow られていなかったUnknown のsystem を明らかにした. From now on, the physiological status of each victim will be analyzed in relation to each other. The condition is related to the disease and is related to the intestinal tract.