網羅的ＳＮＰｓ解析を利用した実践的血縁鑑定法の確立

利用综合SNP分析建立实用的亲属关系鉴定方法

• 批准号: 17J07871
• 负责人: 森本 千恵
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-26 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17J07871/
• 关键词: DNA多型; 血縁鑑定; 一塩基多型; マイクロアレイ

本年度は、少量かつ断片化したDNAからどの程度のSNPsタイピングが可能かについて実験的検討を行い、本血縁鑑定法の実務利用における精度評価を行った。まず、口腔内細胞から抽出したDNAを使用し、超音波処理によりDNAを人工的に変性させた試料を作成した。次に、京都大学法医学講座において解剖を行った事例に関して、試料を採取し、DNAを抽出した。以上の試料に対してDNAマイクロアレイによるSNPsタイピングを行い、変性試料でも精度の高いタイピング結果が得られるか検討した。人工的に作成した変性試料を用いた場合、断片化が進行するほどコール率（SNPsタイピングの成功率）は低下した。また、法医解剖検体に関しては、血液由来の試料では高いコール率が得られたが、硬組織由来の試料ではコール率が低下し、検出されるSNPsの数は減少した。以上の結果より、死後経過時間が比較的短く、血液が採取可能な事例では問題なくSNPsタイピングが可能であるが、硬組織しか採取できない場合は、得られたDNAの量や変性程度に応じて利用できるSNPsの数が決まると示唆された。そこで、ゲノムワイド関連解析などの研究分野で主に用いられているgenotype imputationという解析方法に着目した。Genotype imputationとは、実験データ内の欠損データを、リファレンスとなるSNPsデータベースに基づき、SNPs間の関連（連鎖不平衡）を利用して推定する方法である。予備検討として、ソフトウェアimpute2を用いて、上記変性試料における欠損データの補完を試みた結果、変性試料のコール率は大きく向上し、推定されたSNPs型もほぼ正確であった。従って、genotype imputationをデータ解析に組み入れることで、微量かつ変性したDNA試料であっても、網羅的SNPs解析が行える可能性があることが示唆された。

は this year, a small amount of か つ fragment the し た DNA か ら ど の degree の SNPs タ イ ピ ン グ が may か に つ い て be 験 beg を 検 い, try this blood assay method の be services using に お け る precision evaluation 価 を line っ た. ま ず, oral cells か ら spare し た を DNA using し, ultrasound 処 に よ り を artificial DNA に - sex さ せ た sample を made し た. Time に forensic medicine, Kyoto university lecture に お い て anatomical を line っ た examples に masato し て, try を take し, DNA を spare し た. Above の sample に し seaborne て DNA マ イ ク ロ ア レ イ に よ る SNPs タ イ ピ ン グ を line い, - sample で も high precision の い タ イ ピ ン グ results ら が れ る か beg し 検 た. Artificial に made し た - sex with material を い た occasions, fragment to す が る ほ ど コ ー ル rate (SNPs タ イ ピ ン グ の success rate) low は し た. ま た, forensic autopsy 検 に masato し て は, blood origin の sample で は high い コ ー が ル rate to ら れ た が, try hard tissue origin の で は コ ー ル rate low が し, 検 さ れ る SNPs の reduced は し た. の above results よ り, short time が 経 compare after death く, blood が may take な examples で は problem な く SNPs タ イ ピ ン グ が may で あ る が, hard tissue し か take で き な は い occasions, and ら れ た amount DNA の や - degree of sexual に 応 じ て using で き る SNPs の number が definitely ま る と in stopping さ れ た. そ こ で, ゲ ノ ム ワ イ ド masato even parsing な ど の research eset で main に with い ら れ て い る genotype imputation と い に う analytic method with mesh し た. Genotype imputation と は, be 験 デ ー タ の owe loss within デ ー タ を, リ フ ァ レ ン ス と な る SNPs デ ー タ ベ ー ス に base づ き, SNPs の masato even (linkage disequilibrium) を using し て presumption す る method で あ る. Beg と reserve 検 し て, ソ フ ト ウ ェ ア impute2 を with い て, remember - on sample に お け る owe loss デ ー タ の try to fill the を み た results, - sample の コ ー ル rate は big き く し upward, presumption さ れ た type SNPs も ほ ぼ right で あ っ た. 従 っ て, genotype imputation を デ ー タ parsing み に group into れ る こ と で, trace か つ - sex し た DNA sample で あ っ て も line, net of SNPs analytic が え る possibility が あ る こ と が in stopping さ れ た.

项目成果

Discrimination of relationships with the same degree of kinship using chromosomal sharing patterns estimated from high-density SNPs

• DOI: 10.1016/j.fsigen.2017.11.010
• 发表时间: 2018-03-01
• 期刊: FORENSIC SCIENCE INTERNATIONAL-GENETICS
• 影响因子: 3.1
• 作者: Morimoto，Chie;Manabe，Sho;Tamaki，Keiji
• 通讯作者: Tamaki，Keiji

Discriminating between uncle-nephew and grandfather-grandson kinships by analyzing chromosomal sharing patterns

通过分析染色体共享模式区分叔侄和祖孙亲属关系

• DOI: 10.1016/j.fsigss.2017.09.143
• 发表时间: 2017
• 期刊: Forensic Science International: Genetics Supplement Series
• 作者: Morimoto Chie;Manabe Sho;Fujimoto Shuntaro;Hamano Yuya;Tamaki Keiji
• 通讯作者: Tamaki Keiji

網羅的SNPs解析を利用した血縁鑑定法におけるSNPsマーカー数の影響

使用综合 SNP 分析研究 SNP 标记数量对亲属关系测试的影响

• 发表时间: 2018
• 期刊: DNA多型
• 作者: 森本千恵;真鍋翔;藤本駿太朗;ジェマイル・レイラ;小谷泰一;玉木敬二
• 通讯作者: 玉木敬二

Development of a novel method for pairwise kinship analysis by using high-density single nucleotide polymorphisms

利用高密度单核苷酸多态性开发成对亲缘关系分析的新方法

• 发表时间: 2018
• 作者: Morimoto C;Manabe S;Fujimoto S;Hamano Y;Tamaki K
• 通讯作者: Tamaki K

Evaluation of utility of high-density DNA microarrays in forensic DNA samples

高密度 DNA 微阵列在法医 DNA 样本中的实用性评估

• 发表时间: 2018
• 作者: Morimoto C;Manabe S;Fujimoto S;Hirai E;Hamano Y;Tamaki K
• 通讯作者: Tamaki K