網羅的ＳＮＰｓ解析を利用した実践的血縁鑑定法の確立

本年度は、少量かつ断片化したDNAからどの程度のSNPsタイピングが可能かについて実験的検討を行い、本血縁鑑定法の実務利用における精度評価を行った。まず、口腔内細胞から抽出したDNAを使用し、超音波処理によりDNAを人工的に変性させた試料を作成した。次に、京都大学法医学講座において解剖を行った事例に関して、試料を採取し、DNAを抽出した。以上の試料に対してDNAマイクロアレイによるSNPsタイピングを行い、変性試料でも精度の高いタイピング結果が得られるか検討した。人工的に作成した変性試料を用いた場合、断片化が進行するほどコール率（SNPsタイピングの成功率）は低下した。また、法医解剖検体に関しては、血液由来の試料では高いコール率が得られたが、硬組織由来の試料ではコール率が低下し、検出されるSNPsの数は減少した。以上の結果より、死後経過時間が比較的短く、血液が採取可能な事例では問題なくSNPsタイピングが可能であるが、硬組織しか採取できない場合は、得られたDNAの量や変性程度に応じて利用できるSNPsの数が決まると示唆された。そこで、ゲノムワイド関連解析などの研究分野で主に用いられているgenotype imputationという解析方法に着目した。Genotype imputationとは、実験データ内の欠損データを、リファレンスとなるSNPsデータベースに基づき、SNPs間の関連（連鎖不平衡）を利用して推定する方法である。予備検討として、ソフトウェアimpute2を用いて、上記変性試料における欠損データの補完を試みた結果、変性試料のコール率は大きく向上し、推定されたSNPs型もほぼ正確であった。従って、genotype imputationをデータ解析に組み入れることで、微量かつ変性したDNA試料であっても、網羅的SNPs解析が行える可能性があることが示唆された。

本年度は、少量かつ断片化したDNAからどの程度のSNPsタイピングが可能かについて実験的検討を行い、本血縁鑑定法の実務利用における精度評価を行った。まず、口腔内細胞から抽出したDNAを使用し、超音波処理によりDNAを人工的に変性させた試料を作成した。次に、京都大学法医学講座において解剖を行った事例に関して、試料を採取し、DNAを抽出した。以上の試料に対してDNAマイクロアレイによるSNPsタイピングを行い、変性試料でも精度の高いタイピング結果が得られるか検討した。人工的に作成した変性試料を用いた場合、断片化が進行するほどコール率（SNPsタイピングの成功率）は低下した。また、法医解剖検体に関しては、血液由来の試料では高いコール率が得られたが、硬組織由来の試料ではコール率が低下し、検出されるSNPsの数は減少した。以上の結果より、死後経過時間が比較的短く、血液が採取可能な事例では問題なくSNPsタイピングが可能であるが、硬組織しか採取できない場合は、得られたDNAの量や変性程度に応じて利用できるSNPsの数が決まると示唆された。そこで、ゲノムワイド関連解析などの研究分野で主に用いられているgenotype imputationという解析方法に着目した。Genotype imputationとは、実験データ内の欠損データを、リファレンスとなるSNPsデータベースに基づき、SNPs間の関連（連鎖不平衡）を利用して推定する方法である。予備検討として、ソフトウェアimpute2を用いて、上記変性試料における欠損データの補完を試みた結果、変性試料のコール率は大きく向上し、推定されたSNPs型もほぼ正確であった。従って、genotype imputationをデータ解析に組み入れることで、微量かつ変性したDNA試料であっても、網羅的SNPs解析が行える可能性があることが示唆された。