網羅的ＳＮＰｓ解析を利用した実践的血縁鑑定法の確立

利用综合SNP分析建立实用的亲属关系鉴定方法

基本信息

批准号：
17J07871
负责人：
森本千恵
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2017
资助国家：
日本
起止时间：
2017-04-26 至 2019-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17J07871/
关键词：
DNA多型血縁鑑定一塩基多型マイクロアレイ

项目摘要

本年度は、少量かつ断片化したDNAからどの程度のSNPsタイピングが可能かについて実験的検討を行い、本血縁鑑定法の実務利用における精度評価を行った。まず、口腔内細胞から抽出したDNAを使用し、超音波処理によりDNAを人工的に変性させた試料を作成した。次に、京都大学法医学講座において解剖を行った事例に関して、試料を採取し、DNAを抽出した。以上の試料に対してDNAマイクロアレイによるSNPsタイピングを行い、変性試料でも精度の高いタイピング結果が得られるか検討した。人工的に作成した変性試料を用いた場合、断片化が進行するほどコール率（SNPsタイピングの成功率）は低下した。また、法医解剖検体に関しては、血液由来の試料では高いコール率が得られたが、硬組織由来の試料ではコール率が低下し、検出されるSNPsの数は減少した。以上の結果より、死後経過時間が比較的短く、血液が採取可能な事例では問題なくSNPsタイピングが可能であるが、硬組織しか採取できない場合は、得られたDNAの量や変性程度に応じて利用できるSNPsの数が決まると示唆された。そこで、ゲノムワイド関連解析などの研究分野で主に用いられているgenotype imputationという解析方法に着目した。Genotype imputationとは、実験データ内の欠損データを、リファレンスとなるSNPsデータベースに基づき、SNPs間の関連（連鎖不平衡）を利用して推定する方法である。予備検討として、ソフトウェアimpute2を用いて、上記変性試料における欠損データの補完を試みた結果、変性試料のコール率は大きく向上し、推定されたSNPs型もほぼ正確であった。従って、genotype imputationをデータ解析に組み入れることで、微量かつ変性したDNA試料であっても、網羅的SNPs解析が行える可能性があることが示唆された。

今年，我们对少量和碎片DNA的SNP键入的程度进行了实验检查，并评估了这种激酶评估方法在实际使用中的准确性。首先，制备了一个样品，其中使用从口内细胞提取的DNA通过超声处理对DNA进行了人工变性。接下来，收集样品并针对京都大学法医学系进行尸检的病例提取DNA。上面的样品使用DNA微阵列进行键入，以确定即使在变性样品中，是否也可以获得高精度键入结果。当使用人为制备的变性样品时，随着片段化的进行，呼叫率（成功的SNP键入率）降低。此外，对于法医尸检标本，获得了血液来源样品的高呼叫率，但是对于源自硬组织的样品，呼叫速率降低，并且检测到的SNP数量减少。上述结果表明，如果可以在死后相对较短的时间收集血液的情况下，可以在没有任何问题的情况下进行SNP，但是如果只能收集硬组织，则可以根据获得的DNA量和变性程度确定可以使用的SNP数量。因此，我们专注于一种称为基因型推出的分析方法，该方法主要用于研究领域，例如全基因组关联分析。基因型插补是一种基于参考SNP数据库的SNP之间的关联（链接的不平衡）估算实验数据中缺少数据的方法。作为一项初步研究，我们试图使用软件Impute2来补充变性样品中缺少的数据，结果，变性样品的呼叫率得到了极大的提高，并且估计的SNP类型几乎准确。因此，有人建议，通过将基因型归纳纳入数据分析中，即使在少量的变性DNA样品中也可以进行全面的SNP分析。