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網羅的ＳＮＰｓ解析を利用した実践的血縁鑑定法の確立

利用综合SNP分析建立实用的亲属关系鉴定方法

基本信息

批准号：
17J07871
负责人：
森本千恵
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2017
资助国家：
日本
起止时间：
2017-04-26 至 2019-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17J07871/
关键词：
DNA多型血縁鑑定一塩基多型マイクロアレイ

项目摘要

本年度は、少量かつ断片化したDNAからどの程度のSNPsタイピングが可能かについて実験的検討を行い、本血縁鑑定法の実務利用における精度評価を行った。まず、口腔内細胞から抽出したDNAを使用し、超音波処理によりDNAを人工的に変性させた試料を作成した。次に、京都大学法医学講座において解剖を行った事例に関して、試料を採取し、DNAを抽出した。以上の試料に対してDNAマイクロアレイによるSNPsタイピングを行い、変性試料でも精度の高いタイピング結果が得られるか検討した。人工的に作成した変性試料を用いた場合、断片化が進行するほどコール率（SNPsタイピングの成功率）は低下した。また、法医解剖検体に関しては、血液由来の試料では高いコール率が得られたが、硬組織由来の試料ではコール率が低下し、検出されるSNPsの数は減少した。以上の結果より、死後経過時間が比較的短く、血液が採取可能な事例では問題なくSNPsタイピングが可能であるが、硬組織しか採取できない場合は、得られたDNAの量や変性程度に応じて利用できるSNPsの数が決まると示唆された。そこで、ゲノムワイド関連解析などの研究分野で主に用いられているgenotype imputationという解析方法に着目した。Genotype imputationとは、実験データ内の欠損データを、リファレンスとなるSNPsデータベースに基づき、SNPs間の関連（連鎖不平衡）を利用して推定する方法である。予備検討として、ソフトウェアimpute2を用いて、上記変性試料における欠損データの補完を試みた結果、変性試料のコール率は大きく向上し、推定されたSNPs型もほぼ正確であった。従って、genotype imputationをデータ解析に組み入れることで、微量かつ変性したDNA試料であっても、網羅的SNPs解析が行える可能性があることが示唆された。

This year, a small number of SNPs have been identified, and the accuracy of the actual use of this blood test method has been evaluated. DNA extraction from cells in the oral cavity, ultrasonic treatment, artificial DNA preparation Next, Kyoto University Forensic Medicine Lecture, Anatomy, Sample Collection, DNA Extraction The results of the above test samples were analyzed with high precision. The success rate of SNPs is low when artificial samples are used. The number of SNPs detected in forensic anatomy samples was lower than that in blood samples. The above results show that the number of SNPs used in the study is significantly different from that in the study. The main purpose of this study is to analyze the relationship between genetic imputation and genetic analysis. Genotype imputation and estimation methods for SNPs based on genetic imputation and linkage disequilibrium In preparation for the test, the software is not used for impute2, and the test results are recorded. The test rate of the test sample is greatly increased. It is estimated that the SNPs are correct. The analysis of DNA samples and SNPs in the genome is very likely.