ウイルスによる湖沼環境の制御～難分解性有機物とウイルス種組成に着目して～

病毒对湖泊环境的控制 - 关注持久性有机物和病毒物种组成 -

• 批准号: 22KJ3109
• 负责人: 沈 尚
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Ritsumeikan University (2023)National Institute for Environmental Studies (2022)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ3109/
• 关键词: 琵琶湖; 細菌; ウイルス

琵琶湖北湖の４水深（5, 水温躍層, 60, 85 m）において、毎月採水を実施した。分析項目は細菌生産量、細菌群集およびウイルス群集である。孔径1.2 umのフィルターを通過する細菌を浮遊細菌、捕集される細菌を付着細菌と定義した。採水した試料に15N-dAを添加し、その取り込み量から細菌生産量を推定した。このとき未ろ過試料と孔径1.2マイクロメートルのフィルターでろ過した試料を用意することで、浮遊細菌および付着細菌の細菌生産量を推定する。これらの細菌細菌群集解析も細菌生産量の推定と同様に浮遊細菌と付着細菌を定義し、それぞれの画分の細菌細胞を濃縮し、DNA抽出まで行った。ウイルス群集解析については、孔径1.2マイクロメートルのフィルターでろ過した試料中に含まれるウイルスを対象として、鉄共沈法および塩化セシウム超遠心密度勾配法を用いて濃縮・精製した。ウイルス群集解析についてもDNA抽出まで完了した。Sphingomonadaceae科(Alphaproteobacteria)の細菌を3種単離した。またこれに感染するウイルスも2種単離することが出来た。 これらのウイルスには感染中に宿主の代謝を促進させる遺伝子がコードされていた。溶菌由来有機物の調製:大腸菌および大腸菌ファージをモデルとして、ウイルスによる溶菌由来有機物の調製を試みた。大腸菌の培養では、培地由来の有機物を極力除去するために、無機塩培地を用いた。有機基質としてグルコースを採用した。また大腸菌バイオマスを得るための培養条件を初期グルコース濃度や温度、 培養時間などを変えて検討した。

Lake Biwa North Lake 4 Water depth (5, thermocline, 60, 85 m) Analysis items include bacterial production, bacterial clustering, and so on. The pore size is 1.2 um, and the bacteria are trapped. 15N-dA is added to the sample and the bacterial production is estimated. The pore size of the sample is 1.2, and the bacterial production of plankton and bacteria is estimated. The analysis of bacterial population, estimation of bacterial production, definition of phytoplankton, concentration of bacterial cells, and DNA extraction It is concentrated and refined by iron coprecipitation method and ultra-telecentric density matching method. The cluster analysis was completed. Three species of bacteria belonging to the family Sphingomonadaceae (Alphaproteobacteria) are isolated. There are two kinds of infection. The host metabolism is promoted in the infection. The host metabolism is promoted in the infection. Modulation of bacteria-derived organic matter: Escherichia coli and Escherichia coli Coliform culture, culture of organic matter, try to remove, inorganic culture of medium. Organic matrix The initial culture conditions of Escherichia coli were determined by temperature and culture time.

项目成果

Identification of key virus?prokaryote infection pairs that contribute to viral shunt in a freshwater lake

鉴定导致淡水湖中病毒分流的关键病毒？原核生物感染对

• DOI: 10.1101/2023.02.05.527221
• 发表时间: 2023
• 期刊: bioRxiv
• 作者: Shen Shang;Tominaga Kento;Tsuchiya Kenji;Matsuda Tomonari;Yoshida Takashi;Shimizu Yoshihisa
• 通讯作者: Shimizu Yoshihisa