Statistical theory and the evaluation of Cox's proportional hazards model regularized by various penalties for survival DNA microarray expression data

统计理论和对存活 DNA 微阵列表达数据的各种惩罚进行正则化的 Cox 比例风险模型的评估

基本信息

  • 批准号:
    24650149
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
  • 财政年份:
    2012
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2012-04-01 至 2014-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

In this study, we created programs using the R language to calculate statistical properties of Cox's proportional hazards model regularized by various penalties, including the statistical power based on the prognostic index, and conducted simulation experiments under various conditions of DNA microarray expression data with survival time. The results showed that when the number of candidate genes is larger than the sample size, the power of a validation set for penalized methods is greater than for stepwise methods in many cases. This tendency is most remarkable for the penalized methods including both the L1-norm and the L2-norm. Furthermore, we verified our programs to actual microarray gene expression data with survival time data to confirm their validity. Our simulation programs for Cox's proportional hazards model regularized by various penalties are very useful for planning DNA microarray studies or for evaluating the results of such studies.
在本研究中,我们使用R语言编制程序,计算不同惩罚条件下的Cox比例风险模型的统计性质,包括基于预后指数的统计功率,并在不同条件下进行DNA微阵列表达数据与生存时间的模拟实验。结果表明,当候选基因的数目大于样本量时,惩罚方法的验证集在许多情况下比逐步方法的验证集的能力大。这一趋势在包括L1范数和L2范数在内的惩罚方法中最为显著。此外,我们用实际的微阵列基因表达数据和生存时间数据验证了我们的程序的有效性。我们的COX比例风险模型的模拟程序按不同的惩罚进行规则化,对于计划DNA微阵列研究或评估这类研究的结果非常有用。

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
疾患感受性遺伝子同定のためのマイクロアレイデータ解析法に関する研究-elastic net罰則化項により最適化されたCox比例ハザードモデルの特性について-
疾病易感基因识别的微阵列数据分析方法研究-弹性净罚项优化的Cox比例风险模型特征-
  • DOI:
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    北村信隆;赤澤宏平;北村 信隆
  • 通讯作者:
    北村 信隆
High-Risk Ovarian Cancer Based on 126-Gene Expression Signature Is Uniquely Characterized by Downregulation of Antigen Presentation Pathway
  • DOI:
    10.1158/1078-0432.ccr-11-2725
  • 发表时间:
    2012-03-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    11.5
  • 作者:
    Yoshihara, Kosuke;Tsunoda, Tatsuhiko;Tanaka, Kenichi
  • 通讯作者:
    Tanaka, Kenichi
疾患感受性遺伝子同定のためのマイクロアレイデータ解析法に関する研究―elastic net罰則化項により最適化されたCoxの比例ハザードモデルの特性について
疾病易感基因鉴定的微阵列数据分析方法研究——弹性净罚项优化Cox比例风险模型的特征
  • DOI:
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    北村信隆;赤澤宏平
  • 通讯作者:
    赤澤宏平
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