Identification of novel siRNA pathways involved in plant environmental stress responses
鉴定参与植物环境胁迫反应的新型 siRNA 途径
基本信息
- 批准号:24657041
- 负责人:
- 金额:$ 2.58万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
- 财政年份:2012
- 资助国家:日本
- 起止时间:2012-04-01 至 2013-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Arabidopsis transcriptome analysis under drought, cold, high-salinity stress and ABA treatment conditions, using tiling array, showed that approximately 6,000 novel transcripts existed in the antisense strand of the AGI code genes and they were induced under abiotic stress. To study the biogenesis mechanism of the antisense RNAs, accumulation of RD29A antisense RNA was analyzed, using RNA-dependent RNA polymerase (RDR) mutant series. Finally, we found that rdr1/2/6 mutation decreased accumulation of RD29A antisense RNA. RNase protection and RNA decay analyses showed that RD29A antisense RNA formed double stranded RNA and promoted degradation of RD29A mRNA. However, RNA-seq analysis did not detect siRNA accumulation in this locus. These results show that antisense RNAs are produced by RNA-dependent RNA polymerase (RDR) 1/2/6 without involving siRNA generation.
在干旱、寒冷、高盐胁迫和阿坝处理条件下,使用平铺阵列对拟南芥转录组进行分析,结果表明,AGI编码基因的反义链中存在大约6,000个新的转录物,并且它们在非生物胁迫下被诱导。为了研究反义RNA的生物发生机制,使用RNA依赖性RNA聚合酶(RDR)突变体系列分析RD 29 A反义RNA的积累。最后,我们发现rdr 1/2/6突变减少了RD 29 A反义RNA的积累。RNA酶保护和RNA降解分析表明,RD 29 A反义RNA形成双链RNA,并促进RD 29 A mRNA的降解。然而,RNA-seq分析未检测到该基因座中的siRNA积累。这些结果表明,反义RNA由RNA依赖性RNA聚合酶(RDR)1/2/6产生,而不涉及siRNA的产生。
项目成果
期刊论文数量(29)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
独立行政法人理化学研究所環境資源科学研究センター、植物ゲノム発現研究チーム(日本語ホームページ)
RIKEN环境资源科学研究中心植物基因组表达研究组(日本主页)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Novel posttranscriptional and epigenetic regulation in plant abiotic stress responses
植物非生物胁迫反应中的新型转录后和表观遗传调控
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Seki;M.
- 通讯作者:M.
Novel Antisense RNA Regulation Functions in Plant Abiotic Stress Responses
新型反义RNA在植物非生物胁迫反应中的调节功能
- DOI:
- 发表时间:2013
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Matsui;A.;Iida;K.;Tanaka;M.;Ishida;J.;Morosawa;T.;Takahashi;S.;Toyoda;T. and Seki;M.
- 通讯作者:M.
Novel RNA and epigenetic regulation in plant abiotic stress responses, and Establishiment of cassava functional genomics platform and its application to molecular breeding
植物非生物胁迫反应中的新型RNA和表观遗传调控、木薯功能基因组平台的建立及其在分子育种中的应用
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Seki;M.
- 通讯作者:M.
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SEKI Motoaki
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