Analysis of stress-responsive non-coding antisense RNAs that are co-expressed with sense RNAs

与有义 RNA 共表达的应激反应性非编码反义 RNA 的分析

• 批准号: 21570056
• 负责人: SEKI Motoaki
• 金额: $ 3万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21570056/
• 关键词: 植物; ゲノム; ストレス; 発現制御; 非翻訳型RNA; アンチセンスRNA; RNA-dependent RNA polymerase; RNA制御; 環境ストレス応答; small RNA; シロイヌナズナ; タイリングアレイ解析; 非翻訳性RNA

Our previous study identified about 7, 000 stress-inducible antisense RNAs in Arabidopsis and showed that RD29A locus that has typical drought-inducible gene, has a type of stress-inducible antisense RNA which is complementary to sequence of the sense mRNA. Real time RT-PCR analysis showed that accumulation of RD29A antisense RNA was decreased in rdr1/2/6 triple mutants. Our data indicates a novel RNA regulation mechanism that RDR-mediated synthesis of antisense RNAs functions in the turnover of sense mRNAs under the stress conditions in plants.

本研究在拟南芥中鉴定了约7000个逆境诱导反义RNA，并发现RD 29 A位点具有典型的干旱诱导基因，该位点具有一类与正义mRNA序列互补的逆境诱导反义RNA。真实的RT-PCR分析表明，RD 29 A反义RNA的积累在rdr 1/2/6三突变体中减少。我们的数据表明，RDR介导的反义RNA的合成在植物逆境条件下的正义mRNA的周转中起作用，这是一种新的RNA调节机制。

项目成果

RNA-dependent RNA polymeraseにより、環境ストレス下でアンチセンスRNAが生成する

RNA依赖性RNA聚合酶在环境压力下产生反义RNA

• 发表时间: 2012
• 作者: 松井章浩;ら
• 通讯作者: ら

A survey and analysis of regulated alternative splicing events in Arabidopsis thaliana using genome tiling array and mRNA-seq

使用基因组平铺阵列和 mRNA-seq 对拟南芥中受调控的选择性剪接事件进行调查和分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Iida;K.;Kawaguchi;S.;Harada;E.;Matsui;A.;Seki;M. and Toyoda;T.
• 通讯作者: T.

ARTADE2DB: Improved Statistical Inferences for Arabidopsis Gene Functions and Structure Predictions by Dynamic Structure-Based Dynamic Expression (DSDE) Analyses

• DOI: 10.1093/pcp/pcq202
• 发表时间: 2011-02-01
• 期刊: PLANT AND CELL PHYSIOLOGY
• 影响因子: 4.9
• 作者: Iida, Kei;Kawaguchi, Shuji;Toyoda, Tetsuro
• 通讯作者: Toyoda, Tetsuro

Functional genomics using RIKEN Arabidopsis thaliana Full-Length(RAFL)cDNAs

使用 RIKEN 拟南芥全长 (RAFL)cDNA 进行功能基因组学

• 发表时间: 2009
• 期刊: J.Plant Res. 122
• 作者: Seki;M.
• 通讯作者: M.

A computational elucidation of the transcriptional dynamics in Arabidopsis thaliana from comprehensive use of tiling array experiments

通过综合使用平铺阵列实验对拟南芥转录动力学进行计算阐明

• 发表时间: 2009
• 作者: Seki;M.;Matsui A.;Ishida J.;Morosawa T.;Iida K.;Endo T.;Okamoto M.;Tanaka M.;Kawaguchi S.;Shinozaki K. and Toyoda T.;松島美喜子,松田勝;川口修治
• 通讯作者: 川口修治