Development and optimization of novel phylogenomic methods to elucidate diversity and evolution in the tribe Cichorieae (Compositae/sunflower family), providing key contributions to the Compositae family tree of life.

开发和优化新的系统发育学方法,以阐明菊苣族(菊科/向日葵科)的多样性和进化,为菊科生命树做出关键贡献。

基本信息

项目摘要

The proposed project represents a novel and innovative part of our ongoing research on the systematics of the Cichorieae tribe in the mega-diverse flowering plant family Compositae (or Asteraceae, sunflower family). It represents our contribution to the international collaboration network working towards an improved understand of the Compositae tree of life (see Mandel & al. 2017).We plan to further develop a next generation sequencing (NGS) approach called target enrichment and hybrid capture that targets conserved loci of the nuclear genome for phylogenomic analyses. The method has already successfully been tested by the PI of the proposed project in the molecular lab and the proposed project is designed as a pilot study that will enable us to develop and increase the efficiency of the lab steps and data analyses. The proposed pilot project will focus on and conduct the deepest taxonomic sampling of the large subtribe Scorzonerinae (black salsify, cichory; tribe Cichorieae) to date that remains poorly understood. A major characteristic of the project is the collaboration with a student from Iran whose PhD focusses on the systematics of Scorzonera. The PhD student has already received financial support from Iran to come to Berlin to learn and apply the target enrichment and hybrid capture method to her systematic work on Scorzonera. The present proposal would support the molecular lab work. Moreover, the PhD student will provide deep taxonomic sampling of the genus from Iran that is a hotspot for Scorzonera diversity hosting many endemic species.The methods for analyses of target enrichment and hybrid capture data is continuously being developed; therefore, this project will also provide a robust dataset of Cichorieae to allow indepth assessment of the performance of the different types of bioinformatics analyses. We aim to develop a more stream lined approach for analyses of such datasets to facilitate our future work. This will also be relevant to the Asteraceae research community and plant systematists in general who are working on similar methods and datasets.
拟议的项目代表了我们正在进行的系统学研究的菊苣族在巨大的多样性开花植物科菊科(或菊科,向日葵科)的一个新颖和创新的一部分。它代表了我们对国际合作网络的贡献,该网络致力于提高对菊科生命树的理解(参见Mandel & al. 2017)。我们计划进一步开发一种名为靶向富集和杂交捕获的下一代测序(NGS)方法,该方法针对核基因组的保守位点进行基因组分析。该方法已经在分子实验室中由拟议项目的PI成功测试,拟议项目被设计为试点研究,使我们能够开发和提高实验室步骤和数据分析的效率。拟议的试点项目将侧重于对迄今为止仍然知之甚少的大型亚族Scorzonerinae(黑柳柳,菊苣;菊苣族)进行最深入的分类学采样。该项目的一个主要特点是与一名来自伊朗的学生合作,该学生的博士学位专注于鸦葱属的系统学。这位博士生已经得到了伊朗的财政支持,来到柏林学习目标浓缩和混合捕获方法,并将其应用于她对鸦葱属植物的系统研究中。本提案将支持分子实验室工作。此外,博士生将提供伊朗属的深层分类学采样,伊朗是鸦葱属多样性的热点,拥有许多特有物种。目标富集和杂交捕获数据的分析方法正在不断发展;因此,该项目还将提供一个强大的菊苣族数据集,以深入评估不同类型生物信息学分析的性能。我们的目标是开发一个更流线型的方法来分析这些数据集,以方便我们未来的工作。这也将是相关的菊科研究社区和植物系统学家一般谁是工作在类似的方法和数据集。

项目成果

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Dr. Katy Jones, Ph.D.其他文献

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