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RNA-Seqを利用したイカ巨大軸索におけるRNA編集の解析とその生物学的意義

利用RNA-Seq分析鱿鱼巨轴突的RNA编辑及其生物学意义

基本信息

批准号：
26640118
负责人：
吉田真明
金额：
$ 2.5万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-01 至 2015-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

国内において実用化されている活イカの輸送・販売を利用して、生きた状態のケンサキイカを入手しRNA供与源とした。１個体のケンサキイカから以下の４つのRNA画分(細胞体・軸索内細胞質(左右)・周辺グリア細胞・筋肉)を抽出した。軸索内細胞質画分のRNA量が以下の解析に充分でなかったことから、既存の1細胞RNA-Seq法を参考にしてmRNAの増幅を行い、シーケンス解析に十分な量のcDNAを合成することができた。得られた３つのRNA画分および増幅cDNAから定法によってRNA-Seqライブラリーを作成し、Illumina HiSeqを用いて大量に配列決定した。得られた配列からCLC genomics work bench によってreference transcriptomeを作成し、BWA, GATK, snpEffを用いて、１個体のRNAに由来するにも関わらず多型的になる塩基サイト、およびその中でアミノ酸変異を伴うサイトを推定する方法を確立した。本解析により全53,109,631残基のうち、AtoGとして検出されるイノシン化RNA編集サイト候補150,108残基を推定した。そのうち3,271残基は軸索内画分およびに見られるが他の画分に見られず、軸索外におけるRNA編集サイトであることが示唆された。さらに遺伝子機能に着目して解析した結果、Synapsin, Synaptotagmin16,ADAR, Kv2などシナプスで働く遺伝子において、軸索内画分特異的に、かつアミノ酸置換を伴うRNA編集サイトを見出した。

China's domestic market is developing rapidly, and China's domestic market is developing rapidly. 1. The following 4 RNA fractions (cell body, cytoplasm in axon (left and right), circumference, cell and muscle) were extracted. The amount of RNA in the cytoplasm of the axon was analyzed sufficiently, and the existing one-cell RNA-Seq method was used to reference the increase in mRNA amplitude and the synthesis of cDNA. The RNA sequence was determined by using the RNA-Seq sequence analysis method. To establish a method for the estimation of the polymorphism of the CLC genomics work bench, reference transcriptome, BWA, GATK, snpEff, and RNA origin of an individual. In this analysis, residues 53, 109, 631 were identified and residues 150, 108 were identified. Residues 3,271 are included in the RNA compilation. In addition, the gene function is focused on the analysis of results, Synapsin, Synaptotagmin16,ADAR, Kv2, etc. The gene function is focused on the analysis of results, Synapsin, Synaptotagmin16,ADAR, Kv2, etc. The gene function is focused on the analysis of results, Synapsin, Synaptotagmin 16, ADAR, Kv2, etc.