ヒト集団におけるレトロトランスポジションの発生頻度とその発生機序の解明

点击翻译按钮获取中文摘要

本申請では新規遺伝子の獲得機構の一つと考えられているレトロトランスポジションを、ショートリードシーケンスデータおよび、iPS細胞を用いて今現在起きている現象として効率的に検出する手法の開発を行う。これにより、獲得してから間のないレトロコピーが、どのように集団に定着しているのか、 疾患や集団を規定する要因としてどの程度重要視すべき現象なのかという問いの解明を目指す。初年度は約1000検体のエクソームデータよりレトロコピー配列を検出し多型と頻度の算出方法を確立し、日本人集団に多いレトロコピー配列を特定することができた。前年度はレトロトランスポジションを高頻度で起こしていることがわかっているiPS細胞のエクソームデータ、全ゲノムデータの比較によりレトロトランスポジションによりレトロコピー配列が入ったゲノム領域の検出を行った。その結果、レトロコピー配列のリード断端を調べることにより、全ゲノム配列での解析では偽陽性のレトロコピーを排除できることがわかった。一方でマッピングデータから推定したレトロコピー挿入先ゲノム領域はG-rich配列などが多く見つかった。この特徴がマッピングプログラムによるエラーである可能性も完全に否定できていないので、引き続き詳細に解析を行い、レトロコピーの挿入先ゲノム領域の特徴抽出を進める。その上で挿入部位のエピゲノミックな特徴とともにレトロコピーの発現獲得可能性について推定する手法の開発に進む予定である。