ナメクジウオの種間交雑において発生の安定化をもたらす分子メカニズムの解明

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オナガナメクジウオ成体のサンプリングを沖縄県八重山郡竹富町黒島沿岸域において実施し、水深3~4メートルの砂礫地におけるドレッジにより成体を13匹得ることができた。生体のサンプリングには黒島研究所の協力を得た。そのうち2個体よりtotalRNAを抽出した(MN NucleoSpin RNAを使用)。TotalRNAはシーケンス外注にて次世代シーケンサー(Illumina NovaSeq6000)ライブラリー調整したサンプルの塩基配列を取得した。取得したシーケンスの結果はクオリティコントロール(fastp,Trimmomatic)にてアダプター配列の除去やクオリティの低いリードの除去後、Trinityにてアセンブルを行った。アセンブル結果の評価はBUSCOにて行い、metazoa core gene setの保有率はそれぞれ96.3％、98.0%となり、シーケンスの精度は十分高いと評価できる。フロリダナメクジウオゲノムに対するマッピングでは、初年度に行われたマッピングテスト同様にマッピング率は非常に低かった(サンプルそれぞれ1.6%, 2.0%)。マッピング率はリードのクオリティやアダプター配列の残存に大きく影響されることから、テストに用いたRNA-seqデータと今回のサンプルのRNA-seqデータのクオリティの差がマッピング率の差として現れることが懸念されていたものの、むしろクオリティの高いリードほどフロリダナメクジウオのゲノムにマップされないリードとして検出された。そのため、フロリダナメクジウオのゲノムを利用して雑種個体内で発現する2種のナメクジウオの遺伝子の区別を行うことは十分に可能であることが確かめられた。