ナメクジウオの種間交雑において発生の安定化をもたらす分子メカニズムの解明

阐明文昌鱼种间杂交稳定发育的分子机制

• 批准号: 21K15106
• 负责人: 小野 廣記
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Shimane University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15106/
• 关键词: オナガナメクジウオ; 種間比較; トランスクリプトーム; 遺伝子発現解析; フロリダナメクジウオ; 種間交雑; ナメクジウオ; 形態形成

オナガナメクジウオ成体のサンプリングを沖縄県八重山郡竹富町黒島沿岸域において実施し、水深3~4メートルの砂礫地におけるドレッジにより成体を13匹得ることができた。生体のサンプリングには黒島研究所の協力を得た。そのうち2個体よりtotalRNAを抽出した(MN NucleoSpin RNAを使用)。TotalRNAはシーケンス外注にて次世代シーケンサー(Illumina NovaSeq6000)ライブラリー調整したサンプルの塩基配列を取得した。取得したシーケンスの結果はクオリティコントロール(fastp,Trimmomatic)にてアダプター配列の除去やクオリティの低いリードの除去後、Trinityにてアセンブルを行った。アセンブル結果の評価はBUSCOにて行い、metazoa core gene setの保有率はそれぞれ96.3％、98.0%となり、シーケンスの精度は十分高いと評価できる。フロリダナメクジウオゲノムに対するマッピングでは、初年度に行われたマッピングテスト同様にマッピング率は非常に低かった(サンプルそれぞれ1.6%, 2.0%)。マッピング率はリードのクオリティやアダプター配列の残存に大きく影響されることから、テストに用いたRNA-seqデータと今回のサンプルのRNA-seqデータのクオリティの差がマッピング率の差として現れることが懸念されていたものの、むしろクオリティの高いリードほどフロリダナメクジウオのゲノムにマップされないリードとして検出された。そのため、フロリダナメクジウオのゲノムを利用して雑種個体内で発現する2種のナメクジウオの遺伝子の区別を行うことは十分に可能であることが確かめられた。

In Bachongshan Prefecture, Bazhong Prefecture, Bazhongshan Prefecture, Bachongshan Prefecture, Bazhongshan Prefecture, Bazhongshan Prefecture, Bachongshan Prefecture, Bazhongshan Prefecture, Bachongshan Prefecture, Bazhongshan Prefecture, Bazhongshan Prefecture, Bachongshan Prefecture, B There is a lot of cooperation in the research institute of black medicine. Please check 2 bodies to extract the totalRNA (used by the MN NucleoSpin RNA). The next generation (Illumina NovaSeq6000) will be remarked on the basis of TotalRNA. The results show that after the fastp,Trimmomatic has been removed from the queue, the line will be removed. After the low temperature has been removed, the Trinity will have to be removed. The results show that the BUSCO retention rate is 96.3%, the metazoa core gene set retention rate is 98.0%, and the precision is very high. In the first year, the rate is very low (1.6%, 2.0%). The rate is different, the rate is low, the rate is poor, the rate is poor, the rate is different, the rate is not good, the rate is not good. I don't know. I don't know. I don't know what to do. It is very possible to make sure that you can do so.