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ザゼンソウの発熱形質が遺伝的多様性に与える影響の解明

阐明 Zazenso 嗜热性状对遗传多样性的影响

基本信息

批准号：
21K15149
负责人：
佐藤光彦
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Kazusa DNA Research Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15149/
关键词：
進化生態学発熱植物生態ニッチモデリング

项目摘要

植物の発熱形質が寒冷適応に寄与した痕跡を現在の分布情報から検出するために、発熱するザゼンソウとほとんど発熱しないヒメザゼンソウを対象として、機械学習アルゴリズムに基づくMaxEntを用いた生態ニッチモデリングによって生育適地の推定を実施した。多重共線性が強く見られる変数を除いた5つの環境変数を用いることで高い精度で現在の生育適地を推定し、分布の決定に最も寄与する環境要因が両種とも冬期の降水量が重要であることを明らかにした。発熱するザゼンソウでは冬期の降水量が多いほど生育確率が上昇し、ほとんど発熱しないヒメザゼンソウでは一定の降水量以上では生育確率が上昇することなく、頭打ちとなった。さらに2種の間で見られた生育適地の分布の詳細な比較と統計的な差異の解析を行った。予測されたモデルから生育適地の広さを定量したところ、現在よりも寒い最終氷期から現在よりも温かい間氷期、現在と時代が進むにつれて、発熱するザゼンソウでは生育適地が狭くなる傾向、ほとんど発熱しないヒメザゼンソウはおおよそ生育適地が維持されていた。いっぽうで、最終氷期から間氷期にかけて、ヒメザゼンソウの方がより生育適地の重なりが少なかった。日本各地のザゼンソウ、ヒメザゼンソウに対して次世代シーケンサーを用いた葉緑体のrbcLとpsbA-trnH領域の配列決定と、核のSNP情報をゲノムワイドに得られるMIG-seq法を実施した。葉緑体、核ともに発熱するザゼンソウでより遺伝的多様性が高いことが示された。ザゼンソウの地点とサンプル数を追加してRAD-seqを実施した。これによってより多くのSNPを得ることができた。このゲノム上の位置を特定するためのリファレンスとして、ザゼンソウのゲノムシーケンスおよびアセンブルを実施し、ほぼ全長のゲノムを決定することができた。

The plant is distributed in the form of cold, cold and traces of the plant. Now, the distribution of the plant is due to the distribution of the plant, the plant, the cold, the cold. The number of multiple environmental impacts is determined by the high accuracy of the environmental statistics, which is now presumed in the fertility areas, and the distribution determines that the environment is the most important because of several kinds of winter precipitation. In the winter period, the precipitation is much higher than that in the winter, and the birth rate is higher than that in the winter. The distribution of child-bearing areas is much higher than that of statistics. In the current period of cold weather, it is now in the current period of cold weather, and it is now in the current period of cold weather, and now it is in the current period of cold weather. In the current period, it is now in the current period of cold weather, and in the current period, the child-bearing area is in the narrow direction of the child-bearing area, and the birth place of the child-bearing area is kept in the same place. In the first half of the year, in the first half of the year. All over Japan, all over Japan, all over the world, the next generation has made decisions in the field of rbcL and psbA-trnH, and in the field of SNP, the MIG-seq method has been applied. The multiplicity of the body, the nucleus, the body, the nucleus, the body, Please add the number of RAD-seq locations to the list of locations. I don't know what to do. I don't know if I have a problem with SNP. In the upper location, the specific information is required to determine the overall performance of the system.

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

タイヌビエの高精度ゲノム解読からわかる日本国内の遺伝的多様性

通过日本小米的高精度基因组测序揭示日本的遗传多样性

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kawakubo Ayaka;Gallois Jean-Luc;Nakahara Kenji S.;佐藤光彦・岩上哲史・福西詩奏・杉浦快・保田謙太郎・磯部祥子・白澤健太
通讯作者：
佐藤光彦・岩上哲史・福西詩奏・杉浦快・保田謙太郎・磯部祥子・白澤健太

Genetic consequences of habitat fragmentation in a perennial plant Trillium camschatcense are subjected to its slow‐paced life history

多年生植物延龄草栖息地破碎化的遗传后果受到其缓慢生活史的影响

DOI：
10.1002/1438-390x.12093
发表时间：
2021
期刊：
Population Ecology
影响因子：
1.7
作者：
Tsuzuki Yoichi;Sato Mitsuhiko P.;Matsuo Ayumi;Suyama Yoshihisa;Ohara Masashi
通讯作者：
Ohara Masashi

Establishing an efficient protoplast transient expression system for investigation of floral thermogenesis in aroids

DOI：
10.1007/s00299-021-02806-1
发表时间：
2021-10
期刊：
Plant Cell Reports
影响因子：
6.2
作者：
H. Maekawa;Miyabi Otsubo;Mitsuhiko P. Sato;Tomoko Takahashi;Koichiro Mizoguchi;Daiki Koyamatsu;
通讯作者：
H. Maekawa;Miyabi Otsubo;Mitsuhiko P. Sato;Tomoko Takahashi;Koichiro Mizoguchi;Daiki Koyamatsu;

Assessing the effectiveness of DNA barcoding for exploring hidden genetic diversity in deep-sea fishes

评估 DNA 条形码对于探索深海鱼类隐藏遗传多样性的有效性

DOI：
10.3354/meps14193
发表时间：
2022
期刊：
Marine Ecology Progress Series
影响因子：
2.5
作者：
Teramura A;Koeda K;Matsuo A;Sato MP;Senou H;Ho HC;Suyama Y;Kikuchi K;Hirase S
通讯作者：
Hirase S

ザゼンソウの発熱形質は寒冷適応に寄与するか？

Zazenso 的产热特性是否有助于寒冷适应？