权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

The analysis for virulence factors of the legionella pneumophila strains with highly pathogenicity

高致病力嗜肺军团菌毒力因子分析

基本信息

批准号：
21K15444
负责人：
高橋佑介
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Osaka Institute of Public Health
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は、レジオネラ症の起因菌Legionella pneumophila SG1の強毒株に保有されている高病原性遺伝子を探索し、その遺伝子の機能を明らかにすることを目的としている。2022年度の計画では、当初の計画から変更し、保有する86株中30株のL. pneumophila SG1の全ゲノム情報とハチノスツヅリガを用いた致死活性評価データから、高病原性遺伝子の候補を決定する予定だった。まず各株の毒力を調べるため、主にL. pneumophila SG1の臨床および環境分離株27株と標準株2株をハチノスツヅリガ(1群あたりn=10)に接種し、24時間ごとの生存個体数を接種後72時間まで計測し、致死活性を相対的に評価した。なお標準株2株は、致死活性がやや高い株(H株；ATCC33152)と低い株(L株；ATCC33156)であることが既報で示されている。そしてKaplan-Meier法を用いて、統計学的にH株より有意に致死活性が低い株(L株を含む12株)、H株と致死活性に有意差がない株(H株を含む11株)、H株より致死活性が有意に高い株(6株)の3つに分類(H株より高い=2、H株と同程度=1、H株より低い=0)した。一方で、次世代シーケンサーで取得したこれらの菌株の全遺伝子情報から「GenAPI」というコマンドツールを用いて、保有遺伝子の有無を網羅的に調べた。次に、特徴量を保有遺伝子名、説明変数を保有遺伝子の有無(0, 1)、目的変数を致死活性(0~2)とし、ランダムフォレストモデルを用いた機械学習モデルを構築した。全データの80%を学習データ、20%をテストデータとしたところ、テストデータのすべての菌株について致死活性を正確に分類することができた。最後に、「rfpimp」というパッケージを用いて、特徴重要度が高い上位10個の遺伝子を高病原性遺伝子の候補として選定した。

In this study, the pathogen of the disease, Legionella pneumophila SG1 virulent strain, remains highly pathogenic and has a high pathogenicity. In this study, the pathogen of the disease, the pathogen of the disease, the virulent strain, the virulent strain, the high pathogenicity, the high pathogenicity and the high pathogenicity of the pathogenic bacteria. In the year 2022, 30 of the 86 plants were planned and retained, L. pneumophila SG1 was used to determine the lethal activity, high pathogenicity and high pathogenicity. The virulence of each strain, the virulence test, the main strain, the standard strain, the standard strain, the standard The lethal activity of 2 standard strains (H strain; ATCC33152) and low strain (L strain; ATCC33156) showed that the lethal activity was low. According to the method of Kaplan-Meier, H strain had intentionally low lethal activity (L strain contained 12 strains), H strain had intentionally low lethal activity (H strain contained 11 strains), H strain had intentionally low lethal activity (H strain contained 11 strains), and H strain had intentionally high lethal activity (6 strains). The lethal activity of H strain was classified into three categories (H strain = 2, H strain = 1, H strain = 0). In the first generation, the next generation has obtained the full information of the strain of the virus, such as "GenAPI", and has a license to use it, and to maintain a license that has a network. In the second, special quantity, the child name, the specific number, the lethal activity (0,1), the lethal activity (0,2), the mechanical and mechanical properties of the child, the sub-name of the child, the number of the target, the lethal activity (0,1), the lethal activity (0,2) and the number of the target. 80%, 20%, 80%, 20%, 80%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20%, 20% At last, "rfpimp" was used to select the candidate for clinical use, special importance and high pathogenicity in 10 patients with high etiology.