末梢血トランスクリプトームの外れ値解析：エクソーム解析の限界を超えるアプローチ

外周血转录组的离群值分析：一种超越外显子组分析限制的方法

• 批准号: 21K15873
• 负责人: 山田 茉未子
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15873/
• 关键词: トランスクリプトーム解析; スプライシング; キメラ遺伝子; 偽エクソン形成; RNAシーケンシング; スプライシング異常

従来のエクソーム解析ではゲノム構造異常やスプライシング異常の検出は困難で、その克服が課題であった。末梢血に発現しているトランスクリプトームに着目し、網羅的な転写産物の質的・量的検出により、これらを惹起するゲノム異常を特定することを目的とした研究である。昨年同定したSpliceAIの有効なカットオフ値＝0.7というデータを活かして、本年度は①RNA解析でPTEN遺伝子のdeep intronバリアントを検出した。患者はタンパク漏出性胃腸症・難治性腹水を伴う患者でありCowden症候群と診断した。この研究は診断のつかない新生児・乳児に対して適切な診断を付けることで適切な管理に結びつけるためのものであり、本結果も患者の医療管理に有益な情報となった。②WDR45遺伝子の深部イントロン変異によって生じている脳の鉄沈着を伴う神経変性疾患（Neurodegeneration with brain iron accumulation: NBIA)について、RNA解析を行った結果、偽エクソン形成を伴う、異常なトランスクリプトが生成されていた。偽エクソン形成を正常なスプライシングへ誘導する手法として、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)が知られており、本症例に対する検討を行った。本患者の変異に対して作成した、特異的なASOを変異を導入した神経細胞に導入した結果、治療効果の期待されるASOを同定することができた。

To solve the problem, we must solve the problem of structural anomaly. The purpose of this research is to detect the qualitative and quantitative characteristics of the collected data products found in peripheral blood and to identify the abnormalities that cause them. Last year, SpliceAI was determined to have a value of 0.7. This year, PTEN gene was analyzed and its deep intron was detected. The patient was diagnosed with leaking gastrointestinal disease and refractory ascites. The results of this study provide useful information for diagnosis and management of newborn infants and breast cancer. (2) WDR45 gene deep gene mutation, abnormal gene mutation, abnormal gene mutation and neurodegeneration with brain iron accumulation (NBIA). The method of inducing pseudo-virus formation is to detect the presence of pseudo-virus and to investigate the response in this case. The patient's different preparation, specific ASO different introduction, treatment results, ASO different introduction, treatment results.

项目成果

RNA解析・全ゲノム解析の医療実装による未診断疾患の解決を目指して

通过RNA分析和全基因组分析的医学实施来解决未诊断的疾病

• 发表时间: 2021
• 作者: Suzuki Toshihiko;Sato Yoshiaki;Yamamoto Hidenori;Kato Taichi;Kitase Yuma;Ueda Kazuto;Mimatsu Haruka;Sugiyama Yuichiro;Onoda Atsuto;Saito Shigeki;Takahashi Yoshiyuki;Nakayama Takayuki;Hayakawa Masahiro;山田茉未子
• 通讯作者: 山田茉未子

トランスクリプトームおよび全ゲノム解析を用いた キメラ遺伝子形成による 先天性遺伝性疾患発症機序の解明

利用转录组和全基因组分析通过嵌合基因形成阐明先天性遗传病的发病机制

• 发表时间: 2021
• 作者: Kataoka S;Kawashima N;Okuno Y;Muramatsu H;Miwata S;Narita K;Hamada M;Murakami N;Taniguchi R;Ichikawa D;Kitazawa H;Suzuki K;Nishikawa E;Narita A;Nishio N;Yamamoto H;Fukasawa Y;Kato T;Yamamoto H;Natsume J;Kojima S;Nishio I;Taketani T;山田茉未子
• 通讯作者: 山田茉未子

Genome Analysis in Sick Neonates and Infants: High-yield Phenotypes and Contribution of Small Copy Number Variations

• DOI: 10.1016/j.jpeds.2022.01.033
• 发表时间: 2022-05-06
• 期刊: JOURNAL OF PEDIATRICS
• 影响因子: 5.1
• 作者: Suzuki, Hisato;Nozaki, Masatoshi;Takenouchi, Toshiki
• 通讯作者: Takenouchi, Toshiki