Development of non-invasive biomarker to detect colorectal cancer using urinary long non-coding RNA

尿中long noncoding RNA(lncRNA)をパネル化することによる大腸癌診断バイオマーカーの樹立を目指して研究を進めている。前回の報告のように、尿検体を用いた網羅的解析がうまくいかなかったため、組織検体（FFPE）を用いたRNAシークエンスの結果から、lncRNA候補をピックアップし、PCRにて尿検体においても検出可能であることの確認を行った。しかしながら、なかなかうまく検出できる因子がなく、多数の因子を試すこととなり、予定より時間を要した。それでもいくつか尿中で検出可能なlncRNAを抽出し、トレーニングコホートでの定量PCRを行った。それらの因子もPCRでの抽出がやや不安定であり、トレーニングコホート全体で検証すると、検出がうまくいかない、あるいは健常者と大腸癌症例を比較し有意な差が得られない等の理由にて、検体を無駄に消費するリスクがあったため、トレーニングコホートの一部を（40例ほど）ディスカバリーコホートとして、そこでの大腸癌症例と健常者間での発現の差を検証した。その結果、発現の差がありそうな3因子を現在トレーニングコホート全体を用いて定量PCRを進めている状況である。ただ、これらの因子がバイオマーカーとして有用でないと判明したときに備え、更なる因子を網羅的解析の結果から抽出し、プライマーを設計、そのPCRでの検出の安定性の検証も並行して行っている。今後トレーニングコホートでバイオマーカーが樹立できれば、バリデーションコホートにおいても検証していく予定である。

尿中long noncoding RNA(lncRNA)をパネル化することによる大腸癌診断バイオマーカーの樹立を目指して研究を進めている。前回の報告のように、尿検体を用いた網羅的解析がうまくいかなかったため、組織検体（FFPE）を用いたRNAシークエンスの結果から、lncRNA候補をピックアップし、PCRにて尿検体においても検出可能であることの確認を行った。しかしながら、なかなかうまく検出できる因子がなく、多数の因子を試すこととなり、予定より時間を要した。それでもいくつか尿中で検出可能なlncRNAを抽出し、トレーニングコホートでの定量PCRを行った。それらの因子もPCRでの抽出がやや不安定であり、トレーニングコホート全体で検証すると、検出がうまくいかない、あるいは健常者と大腸癌症例を比較し有意な差が得られない等の理由にて、検体を無駄に消費するリスクがあったため、トレーニングコホートの一部を（40例ほど）ディスカバリーコホートとして、そこでの大腸癌症例と健常者間での発現の差を検証した。その結果、発現の差がありそうな3因子を現在トレーニングコホート全体を用いて定量PCRを進めている状況である。ただ、これらの因子がバイオマーカーとして有用でないと判明したときに備え、更なる因子を網羅的解析の結果から抽出し、プライマーを設計、そのPCRでの検出の安定性の検証も並行して行っている。今後トレーニングコホートでバイオマーカーが樹立できれば、バリデーションコホートにおいても検証していく予定である。