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シアノバクテリア時計タンパク質振動子の出力分子機構の理論的解明

蓝藻时钟蛋白振荡器输出分子机制的理论阐明

基本信息

批准号：
22K14652
负责人：
甲田信一
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Institute for Molecular Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度は二つの安定状態をつなぐ最小エネルギー経路を計算的に求める高効率なアルゴリズムを開発した。以下、その概要である。一般に自然科学における状態変化では、系はエネルギー的に安定な状態から不安定な状態を経て別の安定状態に移り変わる。その時系は極力エネルギーが低い状態を経由しようとする。これは我々が歩いて山を越える時にできるだけ標高の低い峠を通るようなものである。したがって極力エネルギーの低い状態を経る最小エネルギー経路を知ることは重要である。例えば本研究課題で着目しているシアノバクテリアの時計タンパク質KaiBは安定な二つの異なる折り畳み構造を持つが、そのふたつの安定状態がどのような経路で結ばれているかは未だよく理解されていない。さて計算的に最小エネルギー経路を求める手法はこれまで様々考案されてきたが、より計算量が少ないほうが望ましい。現在広く用いられている手法は系に働く力を修正し、その修正された力が経路上のすべての点でゼロになる経路を探すが、そのゼロ点探索はやや効率が悪い。そこで本研究では最小エネルギー経路探索を等価な最小化問題に書き換え、さらに先端的な最小化問題ソルバを適用した。結果としては、計算の安定性の向上（計算に失敗するケースが減少）および計算効率の顕著な上昇を果たした。この成果については学会（理論化学討論会）にて発表を行った。詳細は近日中に専門誌に投稿する。また今後は、今回開発した手法を用いてKaiBの構造変化などを詳しく調べる予定である。

This year, the minimum production rate of the stable state is calculated, and the high efficiency of the stable state is realized. The following is a summary of the following. In general, natural science is characterized by a state of transition, a state of stability, a state of instability, and a state of transition. The time is right. "I'm not going to be able to do that." The most important thing is to keep your mind on things. For example, this research topic is aimed at solving the problem of time delay, quality and stability. The calculation of the minimum life cycle is based on the calculation of the minimum life cycle. Now, the method used is to correct the force, to correct the force, to explore the path, and to improve the efficiency. This study is aimed at finding the best way to minimize the problem and applying it to the best minimization problem. The results show that the stability of the calculation is improved (calculation failure is reduced) and the calculation efficiency is improved. The results of this study were published in the Institute of Theoretical Chemistry. Details of the recent entry. In the future, the development method of KaiB will be used to adjust the structure in detail.