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淡水魚類の遺伝的撹乱実態の解明:環境DNAによる地域集団の多種同時検出技術の開発

淡水魚類の遺伝的撹乱実態の解明:環境DNAによる地域集団の多種同時検出技術の開発
阐明淡水鱼的遗传干扰:开发利用环境 DNA 同时检测当地种群中多个物种的技术
批准号:
22K14908
负责人:
伊藤 玄
金额:
$2.91万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-04-01 至 2025-03-31

项目摘要

项目成果

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塩基配列解読時に異なる塩基が偶発的に取り込まれるエラーを除去し、正しい配列を読み取る技術の確立に向けた実験を行った。ブルーギルの組織から抽出したゲノムDNAをサンプルとして、1st PCR時に少ないサイクルでサンプルが増幅する系を確立するため、DNAポリメラーゼ、プライマー除去試薬、PCRのサイクル数、温度、時間の検討を行った。通常より多いサイクル数に設定した2nd PCR後の電気泳動において、各実験系におけるサンプルの増幅の有無を確かめた。その結果、特定の実験系において、目的の位置に増幅した電気泳動像を確認した。次に、環境DNAサンプルを用いて上記の実験系による再現を試みた。電気泳動の結果、上記の実験と同じ位置に増幅した電気泳動像が得られたが、非常に薄かった。シーケンスにおいて良好な結果を得るためには、PCR時の濃度を高める工夫が必要であると考えられた。国内外来種としてどのような魚種がどの地域に分布しているかを明らかにするため、文献調査、標本調査およびDNA分析を行った。これらの調査により、大阪府のミナミアカヒレタビラ、宮城県のヤリタナゴ、岐阜県の観賞魚メダカ類など、新たな地域における国内外来種を発見し、論文として報告した。国内外来種としての移入例が多いイチモンジタナゴを対象に、環境DNA種特異検出法による種内系統を識別可能な検出系の開発を行った。東海地方と近畿地方に分布するイチモンジタナゴの種内系統を一塩基多型(SNP)のジェノタイピングにより可能であることを示し、学会発表を行った。
期刊论文(9)
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科研奖励(0)
会议论文
Phylogeographic structure of an endemic lineage of the eight-barbel loach Lefua echigonia around the Suzuka and Yoro Mountains, central Honshu, Japan
日本本州中部铃鹿山和养老山周围八须泥鳅 Lefua echigonia 特有谱系的系统发育地理结构
DOI: 10.11358/biogeo.24.39
发表时间: 2022
期刊: Biogeography
影响因子: --
作者: [Gen Ito, Yasunori Koya]
通讯作者: Yasunori Koya
DOI: 10.11369/jji.20-24
发表时间: 2022
期刊: Japanese Journal of Ichthyology
影响因子: --
作者: [伊藤 玄, 旗 薫, 北村 淳一, 古屋 康則]
通讯作者: 古屋 康則
USGS(米国)
美国地质调查局(美国)
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
アカハライモリ渥美種族は生き残れるか?
红腹蝾螈Atsumi物种能否生存?
DOI: --
发表时间: 2022
期刊:
影响因子: --
作者: [SENSURAT-GEN, D. SEYHAN and Y. IWATSUKI, 島田知彦・田上正隆・藤谷武史・富永篤・伊藤玄・山田紗友美・出口太一・山中裕樹]
通讯作者: 島田知彦・田上正隆・藤谷武史・富永篤・伊藤玄・山田紗友美・出口太一・山中裕樹
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