Evaluation of the integrity of captive populations and captive individuals of endangered species using genomic analysis

使用基因组分析评估濒危物种圈养种群和圈养个体的完整性

• 批准号: 22K14910
• 负责人: 伊藤 英之
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kyoto City Zoo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K14910/
• 关键词: ゲノム解析; エピゲノム解析; 遺伝的多様性; 希少動物; 動物園; ゲノムワイド; エピゲノム; 個体群管理

本研究では、域外保全に求められる遺伝的管理の課題を解決するために、健全な飼育個体群の形成を目的に、①ゲノムワイド解析による分子遺伝学情報と血統登録情報と統合し、より適切な繁殖計画を立案する。また、新たな遺伝的管理の指標となりうるエピゲノムについて、②エピゲノム情報を集積し、表現型との関連性を解析し、遺伝管理及び域内保全への応用を目的としている。研究はグレビーシマウマ（Equus grevyi）とフンボルトペンギン（Spheniscus humboldti）を主な対象とするが、遺伝情報の整備についてはその他の希少動物についても実施する。主な対象種であるグレビーシマウマとフンボルトペンギンにおいて、ロングリードシーケンスとショートリードシーケンスを用いて、高精度なドラフトゲノムを作製した。また、当初計画の対象種に加えて、ヤブイヌ（Speothos venaticus）においてもドラフトゲノムを作製した。飼育個体群の遺伝的多様性の解析（2023年度以降も継続）については、グレビーシマウマ5個体、フンボルトペンギン2個体、ヤブイヌ4個体の全ゲノム配列を取得した。また、国内で遺伝情報の少ないニシゴリラ（Gorilla gorilla）、アジアゾウ（Elephas maximus）エピゲノム解析については、生育ステージの異なるフンボルトペンギン3個体において全ゲノムバイサルファイトシーケンスを実施し、加齢によるメチル率の変化について解析した。さらに、グレビーシマウマの遺伝情報を基に作成したマイクロサテライトマーカーを用いて、サバンナシマウマ（Equus quagga）において、亜種判別・雑種判別の可否について検討した。

This study で は and outside security に め ら れ る heritage 伝 management の topic を solve す る た め に, perfecting な group rearing individuals の に を purpose, (1) ゲ ノ ム ワ イ ド parsing に よ る molecular heritage 伝 login information integration と し intelligence と descent, よ り appropriate な breeding program を filing す る. ま た, new た な heritage 伝 management の index と な り う る エ ピ ゲ ノ ム に つ い て, (2) エ ピ ゲ ノ ム intelligence を し deposition, phenotype と の masato analytical し, but 伝 management and even sex を び domain security へ の 応 purpose を と し て い る. Research は グ レ ビ ー シ マ ウ マ (lexus-like Equus grevyi) と フ ン ボ ル ト ペ ン ギ ン (Spheniscus humboldti) を main な like と seaborne す る が, heritage 伝 intelligence の servicing に つ い て は そ の he の rare animals に つ い て も be applied す る. Main な like kind of seaborne で あ る グ レ ビ ー シ マ ウ マ と フ ン ボ ル ト ペ ン ギ ン に お い て, ロ ン グ リ ー ド シ ー ケ ン ス と シ ョ ー ト リ ー ド シ ー ケ ン ス を with い て, high precision な ド ラ フ ト ゲ ノ ム を cropping し た. ま た, original plan の like kind of seaborne に plus え て, ヤ ブ イ ヌ (Speothos venaticus) に お い て も ド ラ フ ト ゲ ノ ム を cropping し た. Group rearing individuals の but 伝 multiple others の parsing (2023 onwards も 継 続) に つ い て は, グ レ ビ ー シ マ ウ マ 5 individuals, フ ン ボ ル ト ペ ン ギ ン 2 individual, ヤ ブ イ ヌ 4 individual の ゲ ノ ム match column を obtain し た. ま た, domestic で heritage 伝 intelligence の less な い ニ シ ゴ リ ラ (Gorilla Gorilla), ア ジ ア ゾ ウ (Elephas Maximus) エ ピ ゲ ノ ム parsing に つ い て は, birth ス テ ー ジ の different な る フ ン ボ ル ト ペ ン ギ ン 3 individual に お い て full ゲ ノ ム バ イ サ ル フ ァ イ ト シ ー ケ ン ス を be し, plus 齢 に よ る メ チ の ル rate - the に つ い て parsing し た. さ ら に, グ レ ビ ー シ マ ウ マ の heritage 伝 intelligence を base に made し た マ イ ク ロ サ テ ラ イ ト マ ー カ ー を with い て, サ バ ン ナ シ マ ウ マ (lexus-like Equus quagga) に お い て, 亜 discriminant · 雑 species can distinguish の に つ い て beg し 検 た.

项目成果

The project for ex situ conservation of endangered wildlife, Tsushima leopard cat

濒危野生动物对马豹猫迁地保护项目

• 发表时间: 2022
• 作者: Hideyuki Ito;Mayako Fujihara;Kodzue Kinoshita;Satoshi Kusuda;Ryoma Otsuka Takehito Kaneko;Takashi Nagamine;Manabu Onuma;Yumiko Nakaya;Takaharu Kawashima;Nobuyoshi Nakajima;Miho Inoue-Murayama
• 通讯作者: Miho Inoue-Murayama

マイクロサテライトマーカーを用いたサバンナシマウマの亜種判別

利用微卫星标记确定草原斑马亚种

• 发表时间: 2022
• 作者: Ito Hideyuki;Nakajima Nobuyoshi;Onuma Manabu;Inoue-Murayama Miho;高木直子，岡部光太，河村あゆみ，福泉洋樹，松永雅之，伊藤英之;伊藤 英之，小林 宏美，Arne Ludwig，村山 美穂
• 通讯作者: 伊藤 英之，小林 宏美，Arne Ludwig，村山 美穂

アミメキリンの体重変化－京都市動物園の飼育個体の記録－

网纹长颈鹿的体重变化 - 京都市立动物园圈养个体的记录 -

• 发表时间: 2022
• 期刊: 動物園水族館水族館雑誌
• 作者: 池田麗;天野光喜;本荘雅宏;高橋宣博;鈴木研志;栗栖太;木村元彦;田代陽介;二又裕之;Ishihara Shinya;石原慎矢;Takada Hayato;高木直子，岡部光太，河村あゆみ，福泉洋樹，松永雅之，伊藤英之
• 通讯作者: 高木直子，岡部光太，河村あゆみ，福泉洋樹，松永雅之，伊藤英之

Age estimation based on blood DNA methylation levels in brown bears

• DOI: 10.1111/1755-0998.13788
• 发表时间: 2023-04-05
• 期刊: MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES
• 影响因子: 7.7
• 作者: Nakamura，Shiori;Yamazaki，Jumpei;Shimozuru，Michito
• 通讯作者: Shimozuru，Michito