Evaluation of the integrity of captive populations and captive individuals of endangered species using genomic analysis

使用基因组分析评估濒危物种圈养种群和圈养个体的完整性

• 批准号: 22K14910
• 负责人: 伊藤 英之
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Kyoto City Zoo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K14910/
• 关键词: ゲノム解析; エピゲノム解析; 遺伝的多様性; 希少動物; 動物園; ゲノムワイド; エピゲノム; 個体群管理

本研究では、域外保全に求められる遺伝的管理の課題を解決するために、健全な飼育個体群の形成を目的に、①ゲノムワイド解析による分子遺伝学情報と血統登録情報と統合し、より適切な繁殖計画を立案する。また、新たな遺伝的管理の指標となりうるエピゲノムについて、②エピゲノム情報を集積し、表現型との関連性を解析し、遺伝管理及び域内保全への応用を目的としている。研究はグレビーシマウマ（Equus grevyi）とフンボルトペンギン（Spheniscus humboldti）を主な対象とするが、遺伝情報の整備についてはその他の希少動物についても実施する。主な対象種であるグレビーシマウマとフンボルトペンギンにおいて、ロングリードシーケンスとショートリードシーケンスを用いて、高精度なドラフトゲノムを作製した。また、当初計画の対象種に加えて、ヤブイヌ（Speothos venaticus）においてもドラフトゲノムを作製した。飼育個体群の遺伝的多様性の解析（2023年度以降も継続）については、グレビーシマウマ5個体、フンボルトペンギン2個体、ヤブイヌ4個体の全ゲノム配列を取得した。また、国内で遺伝情報の少ないニシゴリラ（Gorilla gorilla）、アジアゾウ（Elephas maximus）エピゲノム解析については、生育ステージの異なるフンボルトペンギン3個体において全ゲノムバイサルファイトシーケンスを実施し、加齢によるメチル率の変化について解析した。さらに、グレビーシマウマの遺伝情報を基に作成したマイクロサテライトマーカーを用いて、サバンナシマウマ（Equus quagga）において、亜種判別・雑種判別の可否について検討した。

This study aims to solve the problem of genetic management for extraterritorial preservation, to establish a breeding program for the purpose of forming healthy breeding populations, to analyze molecular genetic information and lineage registration information, and to integrate genetic information. Indicators for the management of new genetic information, aggregation of genetic information, analysis of phenotypes, correlation, genetic management, and the use of domain preservation Research on the application of Equus grevyi and Spheniscus humboldti in the preparation of information and other rare animals The main purpose of the project is to control the development of high-precision projects. The original plan was to increase the number of species, and the number of species (Speothos venaticus). Analysis of diversity of breeding population (2023 to reduce the number of individuals), including 5 individuals, 2 individuals and 4 individuals In addition, the number of domestic transmission information is less than Gorilla gorilla, loss of it (Elephas maximus), and the number of births is different. The number of births is different. In addition, the information base of the seed identification and seed identification can be used to make the seed identification and seed identification.

项目成果

The project for ex situ conservation of endangered wildlife, Tsushima leopard cat

濒危野生动物对马豹猫迁地保护项目

• 发表时间: 2022
• 作者: Hideyuki Ito;Mayako Fujihara;Kodzue Kinoshita;Satoshi Kusuda;Ryoma Otsuka Takehito Kaneko;Takashi Nagamine;Manabu Onuma;Yumiko Nakaya;Takaharu Kawashima;Nobuyoshi Nakajima;Miho Inoue-Murayama
• 通讯作者: Miho Inoue-Murayama

マイクロサテライトマーカーを用いたサバンナシマウマの亜種判別

利用微卫星标记确定草原斑马亚种

• 发表时间: 2022
• 作者: Ito Hideyuki;Nakajima Nobuyoshi;Onuma Manabu;Inoue-Murayama Miho;高木直子，岡部光太，河村あゆみ，福泉洋樹，松永雅之，伊藤英之;伊藤 英之，小林 宏美，Arne Ludwig，村山 美穂
• 通讯作者: 伊藤 英之，小林 宏美，Arne Ludwig，村山 美穂

アミメキリンの体重変化－京都市動物園の飼育個体の記録－

网纹长颈鹿的体重变化 - 京都市立动物园圈养个体的记录 -

• 发表时间: 2022
• 期刊: 動物園水族館水族館雑誌
• 作者: 池田麗;天野光喜;本荘雅宏;高橋宣博;鈴木研志;栗栖太;木村元彦;田代陽介;二又裕之;Ishihara Shinya;石原慎矢;Takada Hayato;高木直子，岡部光太，河村あゆみ，福泉洋樹，松永雅之，伊藤英之
• 通讯作者: 高木直子，岡部光太，河村あゆみ，福泉洋樹，松永雅之，伊藤英之

Age estimation based on blood DNA methylation levels in brown bears

• DOI: 10.1111/1755-0998.13788
• 发表时间: 2023-04-05
• 期刊: MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES
• 影响因子: 7.7
• 作者: Nakamura，Shiori;Yamazaki，Jumpei;Shimozuru，Michito
• 通讯作者: Shimozuru，Michito