Evaluation of the integrity of captive populations and captive individuals of endangered species using genomic analysis

本研究では、域外保全に求められる遺伝的管理の課題を解決するために、健全な飼育個体群の形成を目的に、①ゲノムワイド解析による分子遺伝学情報と血統登録情報と統合し、より適切な繁殖計画を立案する。また、新たな遺伝的管理の指標となりうるエピゲノムについて、②エピゲノム情報を集積し、表現型との関連性を解析し、遺伝管理及び域内保全への応用を目的としている。研究はグレビーシマウマ（Equus grevyi）とフンボルトペンギン（Spheniscus humboldti）を主な対象とするが、遺伝情報の整備についてはその他の希少動物についても実施する。主な対象種であるグレビーシマウマとフンボルトペンギンにおいて、ロングリードシーケンスとショートリードシーケンスを用いて、高精度なドラフトゲノムを作製した。また、当初計画の対象種に加えて、ヤブイヌ（Speothos venaticus）においてもドラフトゲノムを作製した。飼育個体群の遺伝的多様性の解析（2023年度以降も継続）については、グレビーシマウマ5個体、フンボルトペンギン2個体、ヤブイヌ4個体の全ゲノム配列を取得した。また、国内で遺伝情報の少ないニシゴリラ（Gorilla gorilla）、アジアゾウ（Elephas maximus）エピゲノム解析については、生育ステージの異なるフンボルトペンギン3個体において全ゲノムバイサルファイトシーケンスを実施し、加齢によるメチル率の変化について解析した。さらに、グレビーシマウマの遺伝情報を基に作成したマイクロサテライトマーカーを用いて、サバンナシマウマ（Equus quagga）において、亜種判別・雑種判別の可否について検討した。

本研究では、域外保全に求められる遺伝的管理の課題を解決するために、健全な飼育個体群の形成を目的に、①ゲノムワイド解析による分子遺伝学情報と血統登録情報と統合し、より適切な繁殖計画を立案する。また、新たな遺伝的管理の指標となりうるエピゲノムについて、②エピゲノム情報を集積し、表現型との関連性を解析し、遺伝管理及び域内保全への応用を目的としている。研究はグレビーシマウマ（Equus grevyi）とフンボルトペンギン（Spheniscus humboldti）を主な対象とするが、遺伝情報の整備についてはその他の希少動物についても実施する。主な対象種であるグレビーシマウマとフンボルトペンギンにおいて、ロングリードシーケンスとショートリードシーケンスを用いて、高精度なドラフトゲノムを作製した。また、当初計画の対象種に加えて、ヤブイヌ（Speothos venaticus）においてもドラフトゲノムを作製した。飼育個体群の遺伝的多様性の解析（2023年度以降も継続）については、グレビーシマウマ5個体、フンボルトペンギン2個体、ヤブイヌ4個体の全ゲノム配列を取得した。また、国内で遺伝情報の少ないニシゴリラ（Gorilla gorilla）、アジアゾウ（Elephas maximus）エピゲノム解析については、生育ステージの異なるフンボルトペンギン3個体において全ゲノムバイサルファイトシーケンスを実施し、加齢によるメチル率の変化について解析した。さらに、グレビーシマウマの遺伝情報を基に作成したマイクロサテライトマーカーを用いて、サバンナシマウマ（Equus quagga）において、亜種判別・雑種判別の可否について検討した。