免疫チェックポイント阻害薬の新規効果予測因子としての腸内微生物叢の包括的解析

肠道微生物群的综合分析作为免疫检查点抑制剂的新型疗效预测因子

• 批准号: 22K15557
• 负责人: 米倉 慧
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Department of Clinical Research, National Hospital Organization Kyoto Medical Center
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15557/
• 关键词: 腸内微生物; 腸内細菌; 腸内真菌; 腸内ウイルス; 悪性黒色腫; 免疫チェックポイント阻害剤; 悪性腫瘍; バイオマーカー

本研究の目的は、腸内真菌を含めた包括的な腸内微生物叢プロファイルが悪性黒色腫において免疫チェックポイント阻害薬（PDー1阻害薬、CTLA-4阻害薬）の治療効果予測バイオマーカーとなるかどうかを明らかにすることを目的としている。これまでの16S rRNA遺伝子の解析にとどまらず、whole genome sequencing（WGS）を行うことで細菌以外の微生物叢も捉える方針とし、これまで十分に検討されたことのない、包括的な腸内微生物叢を明らかにする。腸内微生物叢の試料として免疫チェックポイント阻害剤治療を受けた皮膚・粘膜メラノーマ患者の糞便検体を使用した。初年度は１）解析に必要な臨床情報と糞便検体の確保、２）糞便検体からのDNA抽出、３）WGSのライブラリー作成の条件検討を行った。４）次世代シーケンサーを用いて配列を同定した。１）合計２６検体（子宮頸部、外陰部、歯肉、腸管、口腔内、気管、鼻腔、眼、皮膚）の臨床情報、糞便検体を確保した。対象症例は主にニボルマブ（PD-1阻害薬）を使用されていた。臨床情報には免疫チェックポイント阻害剤の効果判定結果も含まれる。２-３）当初検討したプロトコルでのDNA抽出・ライブラリー作成を行ったが、tapestationを用いた評価結果からはWGSには不適合と判断した。プレップに関して複数の条件検討を行い、最終的に至適条件を同定した。４）同定された至適条件下でのプロトコルを用いて粘膜メラノーマ患者の糞便検体からDNA抽出を実際に行い、ライブラリー作成後、WGSを施行した。

The purpose of this study was to predict the therapeutic effects of immune inhibitors (PD-1 inhibitor, CTLA-4 inhibitor) on intestinal microflora, including intestinal fungi, and intestinal melanoma. The analysis of these 16S rRNA genes, including the whole genome sequencing (WGS) policy, is very important for the detection of microflora other than bacteria. Intestinal microbiome sample and immune system inhibitor treatment for skin and mucosa In the first year, 1) analysis of essential clinical information and assurance of stool samples, 2) DNA extraction of stool samples, 3) preparation of WGS conditions 4) The next generation is the same. 1) A total of 26 samples (uterine neck, genitals, teeth, intestines, oral cavity, nasal cavity, eyes, skin) clinical information, fecal samples to ensure For example, if you want to use PD-I, Clinical information: The results of the evaluation of the effectiveness of the immunosuppressive agents include: 2-3 DNA extraction, tapestation, evaluation, WGS, etc. The final conditions are the same as those discussed above. 4) Under the same conditions, WGS is performed after DNA extraction from the patient's faeces is performed.