エクソーム解析・遺伝子発現解析による大腸鋸歯状病変発癌機構の包括的解明

外显子组分析和基因表达分析全面阐明结直肠锯齿状病变致癌机制

• 批准号: 22K15987
• 负责人: 大木 大輔
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15987/
• 关键词: 大腸鋸歯状腺腫（SSL）; 全エクソームシークエンス; 大腸鋸歯状腺腫; 次世代ゲノムシークエンス

研究室として先行研究として十二指腸上皮性腫瘍に対してFFPE検体よりDNAを正確に抽出する方法を確立した。様々な検体でトライアルを行った過程で、DNA抽出を行う際には、ESD検体の方がEMR検体より状態のよいDNAが抽出できることが判明した。また使用しているホルマリンの濃度の関係より2019年以降の検体の方が、より質がよいDNAが抽出できる可能性があることが判明した。続いてDNA抽出で得られた検体に対して全エクソームシークエンスを行った。研究室として解析用のハードウェア及びソフトウェアも購入したため、全エクソームシークエンス結果に対するバイオインフォマティック解析を行うことが可能となった。解析方法に関しても研究室として共有した。次にSSLに対して全エクソームシークエンスを行うにあたり、まずは症例選択を行うために当院でのデータベースを作成した。2015年～2022年に対するデータベースを作成し、SSLを1258症例、SSL with dysplasiaを 59症例、SSL-cancerを 19症例認めた。そのうち比較的新しい2019-2022年検体でESDを施行した検体に絞るとSSLを106症例SSL with dysplasia を13症例、SSL-cancerを 3症例認めた。今後この2019年～2022年のESD検体の中から症例を選択してDNA抽出⇒全エクソームシークエンスを行って解析を行っていく。

The laboratory has pioneered research on duodenal epithelial tumors and established the correct extraction method for FFPE body and DNA.様々検体でトライアルを行ったprocessで,DNA extraction を行う间には,ESD検体の方がEMR検体より Condition のよいDNAがdraw out できることが clarificationした.またUSEしているホルマリンの CONCENTRATION より 2019 の検体のFang が, より性 がよいDNA が extracted で き る possibility が あ る こ と が clarified し た.続いてDNA is extracted and the whole body is extracted. The laboratory's analytical tools include the use of のハードウェア and びソフトウェアも, and the full エクソームシークエンスRESULTSに対するバイオインフォマティックANALYSISを行うことがpossibleとなった. Analytical methods are owned by Toshiro Sekisaki Laboratory. Sub-SSL に対して全エクソームシークエンスを行うにあたり, The patient's disease is selected from the hospital's hospital's hospital. From 2015 to 2022, there are 1258 cases of SSL, 59 cases of SSL with dysplasia, and 19 cases of SSL-cancer.そのうち新しい2019-2022検体でESDをimplementationした検体に twistるとSSLを106 cases SSL with dysplasia を13 cases, SSL-cancerを3 cases recognized めた. From now on, we will select cases of ESD symptoms from 2019 to 2022.てDNA extraction ⇒ full analysis of the whole process.