エクソーム解析・遺伝子発現解析による大腸鋸歯状病変発癌機構の包括的解明

外显子组分析和基因表达分析全面阐明结直肠锯齿状病变致癌机制

• 批准号: 22K15987
• 负责人: 大木 大輔
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15987/
• 关键词: 大腸鋸歯状腺腫（SSL）; 全エクソームシークエンス; 大腸鋸歯状腺腫; 次世代ゲノムシークエンス

研究室として先行研究として十二指腸上皮性腫瘍に対してFFPE検体よりDNAを正確に抽出する方法を確立した。様々な検体でトライアルを行った過程で、DNA抽出を行う際には、ESD検体の方がEMR検体より状態のよいDNAが抽出できることが判明した。また使用しているホルマリンの濃度の関係より2019年以降の検体の方が、より質がよいDNAが抽出できる可能性があることが判明した。続いてDNA抽出で得られた検体に対して全エクソームシークエンスを行った。研究室として解析用のハードウェア及びソフトウェアも購入したため、全エクソームシークエンス結果に対するバイオインフォマティック解析を行うことが可能となった。解析方法に関しても研究室として共有した。次にSSLに対して全エクソームシークエンスを行うにあたり、まずは症例選択を行うために当院でのデータベースを作成した。2015年～2022年に対するデータベースを作成し、SSLを1258症例、SSL with dysplasiaを 59症例、SSL-cancerを 19症例認めた。そのうち比較的新しい2019-2022年検体でESDを施行した検体に絞るとSSLを106症例SSL with dysplasia を13症例、SSL-cancerを 3症例認めた。今後この2019年～2022年のESD検体の中から症例を選択してDNA抽出⇒全エクソームシークエンスを行って解析を行っていく。

The study was conducted in advance to establish a method for DNA extraction from FFPE samples in duodenal epithelial tumors. The process of DNA extraction, the procedure of EMR detection, the procedure of DNA extraction, the procedure of ESD detection, the procedure of DNA extraction In 2019, the relationship between the concentration of DNA and the quality of DNA was determined. The DNA extraction process was carried out in a variety of ways. The results of the study are as follows: Analytical methods are available in the laboratory. The next SSL session is to be completed in the next session. From 2015 to 2022, there were 1258 cases of SSL, 59 cases of SSL with dysplasia, and 19 cases of SSL-cancer. 2019-2022:106 SSL cases with dysplasia, 13 SSL-cancer cases From 2019 to 2022, we will select and analyze all kinds of ESD cases.