蛋白質のレアイベントに対する準平衡論的分子シミュレーション法の開発
蛋白质稀有事件的准平衡分子模拟方法的发展
基本信息
- 批准号:12780488
- 负责人:
- 金额:$ 1.22万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
- 财政年份:2000
- 资助国家:日本
- 起止时间:2000 至 2001
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の目的は、蛋白質の構造変化のような、現実にはミリ秒以上かかる蛋白質のレアイベントを捉えることができる分子シミユレーション法の開発である。通常の分子動力学法では、長くても数十nsの座標履歴を計算できる程度で、蛋白質の機能に関わる運勲の時間スケール(μs〜s)とは差が大きい。このような困難を克服するため、本研究では、二つの方向から研究を行った。(1)実時間のサンプリングではなく、人工的に幅広い構造空間をサンプリングするための拡張アンサンブル法の開発と(2)大量計算を効率的に行うための超並列計算機用分子シミュレーションシステムの開発である。拡張アンサンブル法として、多数の分子シミュレーションの結果を統計誤差最小になるように重ね合わせることで自由エネルギーランドスケープを得ることのできるWeighted Histogram Analysis Method(WHAM)と、分子種の違いに対応する自由エネルギー変化を精度よく求めることのできるλダイナミクス法を組み合わせた分子シミュレーションシステムを開発した。一方、分子動力学シミュレーションの並列計算では、計算対象のシステムが巨大になったときにも効率がよい空間分割法を適用し、この方法の問題点である負荷の不均一性による効率低下の問題を、CPUの負荷を実行時に判定し、通信を少なく抑えながら、次第に高速になっていく動的負荷分散法の開発により解決した。
In this study, the purpose of this study is to determine the molecular weight of protein, protein and protein in this study. In general, the molecular dynamics method is used to calculate the performance of dozens of ns seats, and the protein machine can be used to determine the temperature difference (μ s). In order to overcome the difficulties in this study, the direction of this study is to overcome the difficulties in the field of research. (1) the operation of a large number of bank accounts for calculating the cost rate and listing the calculation of the operating rate of a large number of computers and calculating the molecular weight of the machine. The results show that there is a minimum difference in statistics. The results show that there is a minimum difference in statistics. The results show that there is a minimum difference in statistics. The results show that there is a minimum difference in statistics. The results show that there is a minimum difference in statistics. The results show that there is a minimum difference in statistics. The results show that there is a significant difference between the two groups. The results show that there is a significant difference between the two groups. I don't know if I have a problem. I don't know what to do. I don't know if I have a problem with Weighted Histogram Analysis Method (WHAM). The molecular system is used to improve the accuracy of the system. The method is used to determine the accuracy of the information system. One side, molecular dynamics, computer simulations, calculation, calculation, In the second high-speed train operation, the load dispersion method is used to solve the problem.
项目成果
期刊论文数量(20)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
S.Takasaki, M.Sekijima, S.Nakamura, M.Ikeguchi, K.Shimizu: "Scheduling Policy and Mechanism of Parsley, A Parallel Programming Environment"Proceedings of 12th IASTED International Conference PDCS. 605-610 (2000)
S.Takasaki、M.Sekijima、S.Nakamura、M.Ikeguchi、K.Shimizu:“Parsley 的调度策略和机制,并行编程环境”第 12 届 IASTED 国际会议 PDCS 论文集。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
M.Sekijima, S.Takasaki, S.Nakamura, M.Ikeguchi, K.Shimizu: "A Parallel Programming Environment with Dependence-Driven Task Scheduling in Distributed-Memory Multiprocessor Systems"Proceedings of the ISCA 13th International Conference PDCS. 348-354 (2000)
M.Sekijima、S.Takasaki、S.Nakamura、M.Ikeguchi、K.Shimizu:“分布式内存多处理器系统中具有依赖驱动任务调度的并行编程环境”ISCA 第 13 届国际会议 PDCS 会议记录。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Jee, Ikegami, Hashimoto, Kawabata, Ikeguchi, Watanabe, Shirakawa: "Solution Structure of the Fibronectin Type III Domain from Bacillus circulans WL-12 Chitinase A1"Journal of Biological Chemistry. 277. 1388-1397 (2002)
Jee、Ikegami、Hashimoto、Kawabata、Ikeguchi、Watanabe、Shirakawa:“来自环状芽孢杆菌 WL-12 几丁质酶 A1 的纤连蛋白 III 型结构域的溶液结构”生物化学杂志。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
S.Nakamura, D.Kyono, M.Ikeguchi, K.Shimizu: "A New Method for Parallel Computation of Hessian Matrix of Conformational Energy Function in Internal Coordinates"Journal of Computational Chemistry. 23. 463-469 (2002)
S.Nakamura、D.Kyono、M.Ikeguchi、K.Shimizu:“内坐标构象能量函数 Hessian 矩阵并行计算的新方法”计算化学杂志。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
M.Ikeguchi,S.Nakamura,K.Shimizu: "Molecular Dynamics Study on Hydrophobic Effects in Aqueous Urea Solutions"Journal of American Chemical Society. 123. 667-681 (2001)
M.Ikeguchi、S.Nakamura、K.Shimizu:“尿素水溶液中疏水效应的分子动力学研究”美国化学会杂志。
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加藤 龍一
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