酒米ゲノムのSNP情報を利用した安価で実用的な新規CAPSマーカーセットの開発

利用清酒水稻基因组中的 SNP 信息开发新的廉价且实用的 CAPS 标记集

• 批准号: 18H00325
• 负责人: 加藤 大和
• 金额: $ 0.22万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18H00325/
• 关键词: 酒米; 胚乳; CAPSマーカー

多くの酒米の玄米はその中央部付近に白濁した領域を持ち、心白と呼ばれている。心白がある米は麹菌のはぜ込みが良く、酒造りに適していると言われている。一方で食用米であるコシヒカリなどでは心白はほとんど発現しない。胚乳心白形質のQTL解析を安価で簡便に行うため、五百万石とコシヒカリについて、東京農業大学生物資源ゲノム解析センターより公開されているゲノム情報を元に新規CAPSマーカーの作製を試みた。解析に用いる制限酵素を6種類の安価な酵素に限定し、自作のPerlスクリプトを用いて日本晴リファレンス配列に対する両品種の全SNPsからCAPS解析が可能なSNPサイトを抽出した。それらのうち両品種に共通したSNPを除外し、1055ヶ所の品種間CAPS候補サイトを得た。この中から12本の染色体をなるべく均等にカバーするように143ヶ所を選び出し、実際にPCR法によりゲノム断片を増幅し、対象の制限酵素で処理してアガロースゲル電気泳動により泳動パターンを比較したところ、84ヶ所において五百万石/コシヒカリ間で多型が存在し、遺伝子型の識別が可能であった。最も多くのCAPSサイトを同定できた染色体は1番染色体でその数は12であった。最も少ない染色体は12番染色体でその数は3であった。しかし12番染色体のCAPSマーカーはそれぞれ染色体短腕末端と長腕末端および中央部付近に位置しており、大まかなマッピングには使用可能であった。本研究で開発したイネの新規CAPSマーカーは心白関連遺伝子のみならず、大粒性や低タンパク含量など酒米の重要諸形質に関わる遺伝子座のQTL解析にも使用可能であり、酒米分子育種のための基盤となるものである。

More く の wine の xuan metres は そ の central department pay nearly に gonorrhea し を hold ち た field, shout heart white と ば れ て い る. Shinkai がある rice る Aspergillus oryzae ぜ込みが ぜ込みが ryo く, sake brewery に shiki <s:1> て ると ると yan われて る る る る る る. One party で consumed rice であるコシヒカリな で で white heart ほとん ほとん <e:1> and produced な な. Endosperm heart white character の QTL parsing を Ann 価 で simple line に う た め, five hundred mangoku と コ シ ヒ カ リ に つ い て, Tokyo university of agriculture biological resources ゲ ノ ム parsing セ ン タ ー よ り public さ れ て い る ゲ ノ ム intelligence を yuan に new rules CAPS マ ー カ ー の cropping を try み た. Parsing に with い limitations る enzyme を 6 kinds の Ann 価 に limit し な enzyme, since の Perl ス ク リ プ ト を with い て Japan fine リ フ ァ レ ン ス match column に す seaborne る struck の complete variety SNPs か ら CAPS resolution が may な SNP サ イ ト を spare し た. Common そ れ ら の う ち struck varieties に し た SNP except を し, 1055 ヶ の varieties CAPS alternate サ イ ト を た. In こ の か ら 12 の chromosome を な る べ く equal に カ バ ー す る よ う に 143 ヶ を choose び し, be interstate に PCR method に よ り ゲ ノ ム fragment を rights し picture, like the limitations の seaborne enzymes で 処 Richard し て ア ガ ロ ー ス ゲ ル electric 気 swimming に よ り swimming パ タ ー ン を compare し た と こ ろ, 84 ヶ に お い て five hundred mangoku / コ シ ヒ カ リ で The existence of が in polymorphic が and the identification of 伝 subtypes が may であった. The most <s:1> many く <s:1> CAPSサ トを トを トを are fixed with で た た た chromosome <s:1> and the number of でそ <e:1> of chromosome 1 is <e:1> 12であった. The number of the most <s:1> chromosome な and the number of the 12th chromosome でそ and <s:1> is 3であった. し か し 12 times chromosome の CAPS マ ー カ ー は そ れ ぞ れ chromosome short arm end と long end of the wrist お よ び central department pay nearly に position し て お り, big ま か な マ ッ ピ ン グ に は use may で あ っ た. This research で open 発 し た イ ネ の new rules CAPS マ ー カ ー は heart white masato even heritage 伝 son の み な ら ず low, large や タ ン パ ク content な ど rice wine の all important character に masato わ る heritage 伝 stroma の QTL parsing に も use may で あ り, wine rice molecular breeding の た め の base plate と な る も の で あ る.

项目成果

五百万石/コシヒカリ間の新規CAPSマーカー作製とその利用

Gohyakumangoku/Koshihikari 之间新的 CAPS 标记的创建及其使用

• 发表时间: 2018
• 作者: 加藤 大和