酒米ゲノムのSNP情報を利用した安価で実用的な新規CAPSマーカーセットの開発

利用清酒水稻基因组中的 SNP 信息开发新的廉价且实用的 CAPS 标记集

• 批准号: 18H00325
• 负责人: 加藤 大和
• 金额: $ 0.22万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18H00325/
• 关键词: 酒米; 胚乳; CAPSマーカー

多くの酒米の玄米はその中央部付近に白濁した領域を持ち、心白と呼ばれている。心白がある米は麹菌のはぜ込みが良く、酒造りに適していると言われている。一方で食用米であるコシヒカリなどでは心白はほとんど発現しない。胚乳心白形質のQTL解析を安価で簡便に行うため、五百万石とコシヒカリについて、東京農業大学生物資源ゲノム解析センターより公開されているゲノム情報を元に新規CAPSマーカーの作製を試みた。解析に用いる制限酵素を6種類の安価な酵素に限定し、自作のPerlスクリプトを用いて日本晴リファレンス配列に対する両品種の全SNPsからCAPS解析が可能なSNPサイトを抽出した。それらのうち両品種に共通したSNPを除外し、1055ヶ所の品種間CAPS候補サイトを得た。この中から12本の染色体をなるべく均等にカバーするように143ヶ所を選び出し、実際にPCR法によりゲノム断片を増幅し、対象の制限酵素で処理してアガロースゲル電気泳動により泳動パターンを比較したところ、84ヶ所において五百万石/コシヒカリ間で多型が存在し、遺伝子型の識別が可能であった。最も多くのCAPSサイトを同定できた染色体は1番染色体でその数は12であった。最も少ない染色体は12番染色体でその数は3であった。しかし12番染色体のCAPSマーカーはそれぞれ染色体短腕末端と長腕末端および中央部付近に位置しており、大まかなマッピングには使用可能であった。本研究で開発したイネの新規CAPSマーカーは心白関連遺伝子のみならず、大粒性や低タンパク含量など酒米の重要諸形質に関わる遺伝子座のQTL解析にも使用可能であり、酒米分子育種のための基盤となるものである。

There is a lot of wine, rice, rice and rice. The heart said that the rice fungus was good, and the wine was made into wine. On the one hand, eat rice cubes. Please tell me that your heart is clear. QTL analysis of endosperm white-shaped fish, the use of food in Beijing University of Agriculture in 5 million, and the analysis of biological resources in Beijing Agricultural University. the new rules of CAPS are used to make an attempt. Analysis of the use of Perl restriction enzymes, such as enzyme 6, self-made SNPs restriction products, self-made SNP products, full-scale SNPs products, and self-made SNP products. The quality of the products in common has been successful in the SNP waiting list, except for the CAPS products of more than 1055 products. In this paper, 12 chromosomes are used in this paper. The results show that there is a significant difference in the number of fragments selected by the international PCR method, the number of fragments, the concentration of enzymes, the concentration of enzymes, the activity of electrophoretic swimming, the number of samples, and the number of samples. You may have a problem with your child type. The most common chromosomes are CAPS chromosomes. The number of chromosomes is 12. The least number of chromosomes is 12 times and the number of chromosomes is 3 times. Chromosome 12, CAPS, long wrist, short wrist, short wrist, long wrist, short wrist, short wrist, long wrist The purpose of this study is to analyze the possibility of the use of CAPS and molecular breeding materials in rice. In this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results of this study are as follows: in this study, the results show that the

项目成果

五百万石/コシヒカリ間の新規CAPSマーカー作製とその利用

Gohyakumangoku/Koshihikari 之间新的 CAPS 标记的创建及其使用

• 发表时间: 2018
• 作者: 加藤 大和