四方向に分岐した特異な構造を有するオリゴヌクレオチドの合成とその性質

具有四个方向分支的独特结构寡核苷酸的合成和性质

• 批准号: 09780519
• 负责人: 上野 義仁
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 1998
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09780519/
• 关键词: オリゴヌクレオチド; 三本鎖核酸; インターカレーター; 交互配列; 熱的安定性; Tm; ペンタエリスリトール; 固相合成; 二本鎖核酸; 分岐型DNA; CD

熱的に安定な架橋型三本鎖核酸を形成するオリゴヌクレオチドの合成を目指し、リンカー部位にインター力レターが結合した3'-3'末端架橋型オリゴヌクレオチドの合成を行った。遺伝子上にはポリプリン、ポリピリミジン配列が交互にコードされていることがある。第三鎖が認識し得る塩基配列はポリプリン配列に限られていることから、天然の塩基から成る一本のオリゴヌクレオチドを用いて、この様なポリプリン、ポリピリミジン交互配列から成るオリゴヌクレオチドと三本鎖核酸を形成させることは出来ない。一方、近年、異なる配列から成る二種類のオリゴマーどうしをリンカーを介し、両3'末端ないしは両5'末端どうしで結合させることにより架橋型三本鎖核酸を合成し、ポリプリン、ポリピリミジン交互配列から成るDNAと三本鎖核酸を形成させる試みが行われている。そこで今回、この様なポリプリン、ポリピリミジン交互配列から成るDNA二本鎖と熱的に安定な三本鎖核酸を形成するオリゴヌクレオチドの合成を目指し、架橋部位にインター力レターを持つ3'-3'末端架橋型オリゴヌクレオチドを設計、合成した。ペンタエリスルトールから数工程の反応で得られるCPG樹脂を用いて、DNA自動合成機でオリゴヌクレオチドlおよび2を合成した。合成したオリゴヌクレオチドの三本鎖核酸形成能を熱変成法により検討した。その結果、未架橋のオリゴヌクレオチドを用いた場合には、Tmが観察されなかったに対し、架橋した1では9.4℃、また、アンスラキノンを直接導入した2では23.5℃とオリゴヌクレオチドを架橋すること、また、オリゴヌクレオチドにインターカレターを直接結合させることにより三本鎖核酸の熱的安定性が大きく上昇することがわかった。

The synthesis of stable bridging triplex nucleic acids is indicated by the position of the triplex nucleic acid and the position of the triplex nucleic acid in the 3'-3' terminal region. In addition to the above, it is also possible to arrange and exchange information. The third lock is recognized by the fact that the base alignment is limited to the formation of a natural base, the use of a natural base, the formation of a three-lock nucleic acid, and the formation of a three-lock nucleic acid. In recent years, two types of DNA have been synthesized, including DNA and triple-locked nucleic acids, and the synthesis of bridged triple-locked nucleic acids has been studied. For example, the synthesis of DNA double and thermal triple lock nucleic acids, and the synthesis of DNA double and thermal triple lock nucleic acids. The DNA synthesis of CPG resin was carried out by DNA automatic synthesis machine. The synthesis of triple-chain nucleic acid by thermal synthesis The result is that when the bridge is not used, the bridge is directly introduced into the bridge at 9.4℃, and the bridge is directly introduced into the bridge at 23.5℃. The thermal stability of the triplex nucleic acid is greatly increased.

项目成果

Y.Ueno, I.Nakagawa, A.Matsuda: "Chemical Ligation of Oligodeoxynucleotides Having A Mercapto Group at The 5-Positions of 2′-Deoxyuridines via A Disulfide Bond." Nucleosides & Nucleotides. (in press). (1998)

Y.Ueno、I.Nakakawa、A.Matsuda：“通过二硫键在 2-脱氧尿苷的 5 位上具有巯基的寡脱氧核苷酸的化学连接”（出版中）。

Ueno,Y.;Mikawa,M.;Matsuda,A.: "Synthesis and Properties of Oligodloxynucleotides Containing 5-[N-[2-[N,N-Bis(2-aminoethyl)amino]ethyl]-carbamoyl]-2′-deoxyuridine and 5-[N-[3-[N,N,-Bis(3-aminopropyl)amino]propyl]carbamoyl]-2′-deoxyuridine." Bioconjugate Ch

Ueno，Y.；Mikawa，M.；Matsuda，A.：“含有 5-[N-[2-[N,N-双（2-氨基乙基）氨基]乙基]-氨基甲酰基]-2 的寡聚核苷酸的合成和性质-脱氧尿苷和 5-[N-[3-[N,N,-双(3-氨基丙基)氨基]丙基]氨基甲酰基]-2-脱氧尿苷。” 生物结合物 Ch

Ueno,Y.;Mikawa,M.;Matsuda,A.: "Thermal and Nuclease Stabilities of G-Quadruplexes Consisting of Oligodexynucleotides Containing 5-[N-[2-[N,N-Bis(2-aminoethyl)amino]ethyl]carbamoyl]-2′-deoxyuridine and 5-[N-[3-[N,N-Bis(3-aminopropy)amino]propyl]carbamoyl]-

Ueno，Y.；Mikawa，M.；Matsuda，A.：“包含 5-[N-[2-[N,N-双（2-氨基乙基）氨基]乙基”的 G-四链体的热稳定性和核酸酶稳定性]氨基甲酰基]-2-脱氧尿苷和 5-[N-[3-[N,N-双(3-氨基丙基)氨基]丙基]氨基甲酰基]-

Y.Ueno et al.: "Synthesis of Branched Oligodeoxynucleotides with Pentaerythritol at the Branch Point and Their Thermal Stabilization of Triplex Formation" J.Org.Chem.in press (1999)

Y.Ueno 等人：“在分支点用季戊四醇合成支链寡脱氧核苷酸及其三链体形成的热稳定性”J.Org.Chem.in press (1999)

Ueno,Y.;Kumagai,I.;Haginoya,N.;Matsuda,A.: "Effects of 5-(N-Aminohexyl)carbamoyl-2′-deoxyuridine on Endonuclease Stability and The Ability of Oligodeoxynucleotide to Activate RNase H." Nucleic Acids Res.25. 3777-3782 (1997)

Ueno, Y.；Kumagai, N.；Matsuda, A.：“5-(N-氨基己基)氨基甲酰基-2-脱氧尿苷对核酸内切酶稳定性和寡脱氧核苷酸激活 RNase H 的能力的影响。”核酸研究25。3777-3782 (1997)