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単コロニーからのDNA増幅法を用いた湖沼微細藻類の遺伝子交流の解析

使用单菌落 DNA 扩增分析湖泊微藻的遗传交换

基本信息

批准号：
14654158
负责人：
鈴木祥弘
金额：
$ 1.79万
依托单位：
Kanagawa University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2004
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14654158/
关键词：
微細藻類遺伝子交流個体群 rDNA its1 its2 Bacillariophyceae 18s rDNA PCR gene flow its 1 its II

项目摘要

陸上に点在する湖沼の多くは、他の湖沼との水路などによる接続を持たない。それにも関わらず、多くの湖沼では共通の種を含む類似した生物群集が出現することが多い。類似した生物群集は湖沼の微細藻類群集の間には何らかの交流が存在することを強く示唆していると考えられる。本研究では特定の種個体群の遺伝子構成を湖沼ごとに調べ、個体群による差違を解析することで、湖沼間の遺伝子交流の有無・頻度や地理的距離と交流の関係を明らかにすることを試みている。このためには数細胞からなる微細藻類各個体のDNA塩基配列を決定することが必要である。先ず、同定が容易で様々な湖沼に出現する珪藻種Asterionella formosaを実験対象に選び、rDNA周辺領域の解析を行った。培養細胞を用いてrDNA周辺領域の中でも変異が大きく個体群識別に有用なits1およびits2領域の増幅に必要な塩基配列を決定した。さらに各個体からのDNA塩基配列の決定法を検討した。次に、特に滋賀県琵琶湖、長野県諏訪湖、神奈川県震生湖など広い範囲の様々な湖,Asterionella formosaのブルームを確認し、採取した各個体からDNA抽出した。これを鋳型とし、決定した塩基配列に基づいて設計したprimerを用いて、PCRを行った。時期と採集場所により、DNA増幅の成功率は大きく変動したが、複数の湖沼で100個体以上のits1およびits2領域の増幅に成功した。現在その塩基配列を解析中である。また、本研究で用いた「単コロニーからのDNA増幅法」をまとめ、Polar Bioscience誌に発表した。

The upper point is the lakes and marshes, and the waterways and waterways. The data is similar to that of the biological cluster, which is similar to that of the biological cluster. The category is like a biological cluster, a lake, a lake, a microalgae cluster, a biological cluster, a microalgae cluster, a microalgal cluster, a microalgae cluster, a microalgal cluster, a microalg In this study, specific groups of individuals are organized into lake and marsh communities, individual groups of biogas, and lakes and marshes to communicate with each other. In terms of the number of cells, the number of cells and the number of cells. First, with the same definition, it is easy to find a selection of Asterionella formosa species in the lake and marsh, and analyze the data in the field of rDNA. In the field of rDNA, it is useful to identify the population of large individuals in the field of its1. In the field of its2, it is necessary to make a decision. For each individual, the DNA base is assigned to determine the accuracy of the method. In the following areas: Biwa Lake, Nagano Lake, Kanagawa Lake, Kanagawa Lake, Asterionella formosa Lake, please confirm and extract the DNA from each body. To determine the number of users on the basis of basic information, to set up the basic database, to design the primer model, to use the PCR filter, and to determine the number of users. The success rate of DNA bazaar and DNA bazaar has been greatly increased, and more than 100 bodies of lakes and marshes have been successfully tested in the its2 field. At present, we are in the process of analyzing the base configuration. In this study, we used the method of "DNA" and "Polar Bioscience" to show the accuracy of the table.