权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

新規SINE配列,Auファミリーを利用した植物系統分類の試み

尝试使用新的 SINE 序列 Au 家族进行植物系统发育分类

基本信息

批准号：
16657027
负责人：
河原太八
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

昨年に引き続き,Auの植物界における分布について詳しく調査し,以下のような結果を得た。シダ・裸子植物(8科8種)には,見いだせない。古草本類・"Magnoliid complex"(4科5種)ではAsimina triloba(ポーポー)に存在する。単子葉類(5科13種,うちイネ科8種)では5種に存在し,真正双子葉類(7科11種)では4種に存在する。この結果から,Au SINEは様々な植物に存在し,現在知られている中で植物界に最も広く分布するSINEであることが確認された。またA.trilobaで見つかったので,単子葉類と真性双子葉類の分岐以前に成立し,垂直に伝達され,イネなどのゲノムから失われた一方で,コムギなどの一部の種で増殖したと考えられた。またマメ科のMedicago truncatula(タルウマゴヤシ),Lotus japonicus(ミヤコグサ),Glycine max(ダイズ)の3種で,ダイズのSINE配列が他の二つの種の配列と異なっていたので,それぞれの種に含まれるSINEファミリーを対象に数多くの配列を読み,系統樹を作成した。その結果,MedicagoとLotusの配列は相同性が高いが,Glycineの配列はこれらとの相同性が低いことがわかった。これはダイズの配列の一部に欠失があるためで,ダイズのAu SINEはすべて欠失をもち,逆にMedicagoとLotusには欠失タイプは存在しなかった。このことはマメ科の分化の途中で,ダイズに至る系列で欠失が生じたことを示し,SINE配列がマメ科の系統解析に非常に有効であることが確認できた。次にSINE配列が遺伝子に及ぼす影響を知るため,Arabidopsis thaliana(シロイヌナズナ)で解析を行った。シロイヌナズナにはAuは存在しないが,4種のATSINEが存在する。結果は,A.thalianaのゲノム中でSINE配列とオーバーラップのある遺伝子が48個見つかり,そのうち11遺伝子でタンパクをコードする配列にSINE配列が含まれていた。これらの遺伝子ではSINEの挿入によって,遺伝子の構造が変化したといえる。またSINEとオーバーラップのある遺伝子は,その発現量が低いものが多く,SINEの挿入は遺伝子にとって有害なことが多いと考えられた。以上のような結果から,Auファミリーは植物の系統分類に有効に利用できるものと結論した。

Last year, the distribution of Au in the plant kingdom was investigated in detail, and the following results were obtained. There are 8 species of naked plants belonging to 8 families. Ancient Herbs·Magnoliid complex (4 families, 5 species) Asimina triloba ($>$>) There are 5 species of monocotyledons (13 species in 5 families, 8 species in 7 families) and 4 species of true dicotyledonous (11 species in 7 families). As a result, Au Sine has been confirmed to exist in the plant kingdom. A. triloba is a species of dicotyledonous plants. It is a species of dicotyledonous plants. It is a species of dicotyledonous plants. It is a species of dicotyledonous plants. The three species of Medicago truncatula, Lotus japonica and Glycine max were identified, and the SINE of each species was assigned to two different species. The SINE of each species was assigned to three different species, and the phylogenetic tree was constructed. As a result, Medicago and Lotus have high identity, Glycine has low identity. A part of the arrangement is missing, and the Au Sine is missing, and the Lotus is missing. On the way to the division of science and technology, SINE allocation is very important to the analysis of science and technology. The second SINE is arranged in a row, and the influence is known, and the Arabidopsis thaliana is analyzed. There are four kinds of ATSINE. The results showed that A. thaliana had 48 SINE sequences in the list, and 11 SINE sequences in the list included SINE sequences in the list. The structure of the gene has changed. SINE The above results show that there is a systematic classification of plants.