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核染色による絶対寄生性土壌病害菌の発芽検定法の確立と発芽誘引シグナルの探索

利用核染色建立专性寄生土壤病原体发芽测定方法并寻找发芽诱导信号

基本信息

批准号：
17658031
负责人：
江澤辰広
金额：
$ 2.24万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

絶対寄生性の土壌病害菌であるアブラナ科根こぶ病菌のレース識別は、従来、検定植物への接種試験により行われていた。これを根こぶ病菌のレース識別を分子マーカーを用いて簡便に行う方法を確立するために、大、小サブユニットリボソームRNA遺伝子の塩基配列、IGS領域および本遺伝子中に発見されたイントロンの解析を行った。1.IGS領域の解析:名古屋大学より分離されたNGY03株のIGS領域には14bpのパリンドローム配列の中心に反復配列が挿入されたものが、987-1248nt領域に5反復存在した。これら反復配列は、本菌のグループ分けの指標となる可能性が示唆された。2.イントロンの解析:大、小サブユニットで発見された4つのイントロンの二次構造予測を行ったところ、Group-Iイントロンに特徴的であるstem-loop構造が見つかった。また、系統解析から、S516_NGYイントロンはGroup-Iイントロンのうちのsubgroup IEに、Pbr.S943_NGY、Pbr.S1506_NGYおよびPbr.1094_Hagiはsubgroup IC1に属することが示された。NGY03株を含む世界各地で分離された7種類の根こぶ病菌のPbr.S1506イントロンの塩基配列の比較により、米国産のArkansas(U19881)のものは、P5ドメインの配列の一部が欠損していることがわかった。さらに、NGY03とArkansas株のその領域の二次構造は異なっていることが推定された。萩市(Hagi)および広島市(Hiroshima)から分離された株で見つかったPbr.L1094イントロンは、HagiとHiroshima間でその長さおよび塩基配列が異なっていた。NGY03株のエクソンおよび各イントロンの塩基配列は、クローン間で相同性が高かったのに対し、HagiおよびHiroshima株で見つかったPbr.S1904イントロンではクローン間で相同性が低く、この領域は地理的隔離株の識別に利用できる可能性が示唆された。一方で、Group-Iイントロンに特徴的なモチーフ配列(P,Q,R,S)は、すべての分離株の間で保存性が高かった。

The identification of parasitic soil disease organisms and the identification of plant pathogens are discussed in detail. This is a simple and effective method for molecular identification of pathogens. It is used to determine the nucleotide sequence of RNA genes, the IGS domain, and the molecular analysis of RNA genes in large, small, and medium-sized viruses. 1. Analysis of IGS domain: Nagoya University isolated NGY03 strain in IGS domain, 14bp in the center of the array, repeated array, 987-1248nt domain, 5 repeated existence. The possibility of repeated alignment and the index of the strain is indicated. 2. Analysis of the structure: large and small structures are found in the secondary structure prediction of the four groups. System Analysis, S516_NGY, Pbr.S943_NGY, Pbr.S1506_NGY, Pbr.1094_Hagi subgroup IC1 NGY03 strain contains 7 kinds of root pathogens isolated from different parts of the world. Comparison of the nucleotide sequence of Pbr. S1506, Arkansas(U19881) and some of P5, the nucleotide sequence of Pbr. S1506, Arkansas(U19881) is deficient. The secondary structure of the Arkansas strain is different from that of NGY03. HAGI CITY HAGI CITY Hiroshima CITY HAGI CITY NGY03 strain has high identity among the base pairs of each species, Hagi strain has low identity among the species, and the possibility of using the isolated species of each species is shown. A high degree of preservation was achieved among isolates of the group with characteristic alignment (P,Q,R,S).