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マイクロサテライトマーカーを用いた、時計遺伝子多型の網羅的探索法の開発

基于微卫星标记的时钟基因多态性综合检索方法的建立

基本信息

批准号：
17659348
负责人：
海老沢尚
金额：
$ 2.18万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

我々は、これまでに様々な時計遺伝子の全エクソン領域を解析し、睡眠覚醒リズム障害に関与しうる多型を複数報告してきた。しかし体内時計異常の分子基盤を包括的に検討するには、プロモーター領域やイントロン領域、時計関連遺伝子を含めた解析が必要である。この研究は、各時計遺伝子内及び周辺領域にマイクロサテライトマーカーを設定し、時計遺伝子に対象を絞った包括的な関連解析を簡便に施行できる方法を確立することを目的としている。まず、データベースに登録されている塩基配列より、時計遺伝子及び時計関連遺伝子(Per1/2/3,Bmall, Clock, Cry1/2,CK1ε,CK1δ,Rev-erbA, Melanopsin, Dec1/2)領域内または近傍に位置するマイクロサテライトを選出した。選定基準として、2塩基繰り返しの場合は12回以上繰り返すもの、3塩基繰り返しの場合は8回以上繰り返すもの、4-6塩基繰り返しの場合は5回以上繰り返すものを選定した。1塩基繰り返し(同一塩基の連続)は解析上、各アリルの分離が困難であるため選定対象から外した。日本人16名のゲノムDNAを対象に、各マイクロサテライトをPCR法により増幅し、多型性の有無を確認した。合計61個のマイクロサテライトを選定して多型性の有無を確認した結果、対象とした時計遺伝子領域内及び近傍に合計37個(マーカー間の平均距離約20kb)のマイクロサテライトマーカーを設定することができた。今後、確立したマーカーセットを使用し、睡眠相後退症候群(DSPS)、睡眠相前進症候群(ASPS)、非24時間睡眠相症候群(non-24)に代表される睡眠覚醒リズム障害患者群と健常被験者群を対象に関連解析を行ない、リズム障害に関与する遺伝子多型を包括的にスクリーニングしていく予定である。

We do not need to pay attention to the full range of domain analysis, sleep wake-up failure, and multiplicative reports of sleep wakefulness and polymorphisms. The molecular basis of time analysis in vivo contains the necessary information for the analysis of the molecular basis, including the field, and the time frame. In the field of research, in-house and in the field, the data analysis method is used to make sure that the purpose of the system is to make sure that the system is used for the purpose of monitoring. In the field of Per1/2/3,Bmall, Clock, Cry1/2,CK1 ε, CK1 δ, Rev-erbA, Melanopsin, Dec1/2, the location of the nearest neighbor is selected. Select a benchmark, a 2-base cycle, a return cycle of more than 12 cycles, a 3-base cycle of more than 8 cycles, and a 4-6 base cycle of more than 5 cycles. 1 on the basis of the analysis of the basic data (the same base link), each system is separated from each other and selected as the external link. There are 16 Japanese people who read DNA images, PCR method, polymorphisms and polymorphisms. A total of 61 customers selected polymorphisms, including the results of confirmation tests, the results of statistical statistics, and a total of 37 in the sub-field and nearby areas (the average distance of each customer is about 20kb). From now on, make sure that the patients with sleep wakefulness disorder, sleep recession syndrome (DSPS), sleep phase progression syndrome (ASPS), non-24-hour sleep phase syndrome (non-24) represent the healthy patients with sleep wakefulness disorder. There are two types of polymorphisms, which are the predetermined ones.