挿入配列の土壌環境での動態の解明と新規遺伝子獲得への応用

阐明土壤环境中插入序列的动态及其在获取新基因中的应用

• 批准号: 19658030
• 负责人: 永田 裕二
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19658030/
• 关键词: 細菌; 環境; 遺伝子; 微生物; 遺伝子伝播

環境細菌は、変動しやすい様々な環境に適応し生存するために、複雑な遺伝子発現調節機構に加えて、水平伝播による遺伝子の外部からの獲得やゲノム構造の再編成など、よりダイナミックな遺伝子構造の変化を伴う環境適応機構を有していると考えられる。本研究では、難分解性環境汚染物質分解酵素遺伝子の周辺領域に高頻度で検出される可動性のISに注目することにより、(1) これらISの自然環境での分布と動態の把握、(2) 自然環境での機能的遺伝子カセット創出のメカニズムの解明、(3) ISを利用した新規遺伝子取得方法の確立を達成目標とする。前年度までに、有機塩素系農薬gamma-HCH汚染土壌から直接抽出したDNAを鋳型とし、PCRで増幅した2コピーのIS6100で挟まれた領域に高頻度でgamma-HCH分解に関与するlin遺伝子群が存在することを明らかにし、その成果を国際学術誌に発表した。さらに、(i) IS6100は、gamma-HCH汚染土壌由来DNAからはPCRで検出されるが、各種非汚染土壌からは検出されないこと、(ii) PCRでIS6100が検出されない非汚染土壌をgamma-HCHで人工的に汚染させた場合に、IS6100が検出されるようになること、(iii) 同非汚染土壌を各種芳香族化合物で人工的に汚染させた場合には、IS6100が検出されるようにはならないこと、を確認し、土壌環境微生物中で、gamma-HCH汚染特異的にIS6100の増幅が認められることを明らかにした。また、(i) 汚染化土壌中で、2コピーのIS6100で挟まれた領域の塩基配列が汚染化後の日数によって変化し、IS6100が汚染化により動的挙動を示していること、(ii) 汚染化土壌には既知のlin遺伝子群を有さない微弱なgamma-HCH分解菌が出現しているらしいこと、が明らかとなった。

Environmental hygiene, environmental protection, environmental protection, In this study, the decomposition of environmental contaminants, enzymes, enzymes, (3) IS has made use of the method of obtaining the new specification to ensure that the target is achieved. In the previous year, the agricultural gamma-HCH dyed soil samples of the previous year were directly extracted from the agricultural products of the previous year, such as DNA, PCR, IS6100, and the subgroups of gamma-HCH decomposition and lin in the field, there were significant differences between the two subgroups. The origin of IS6100, (I) DNA, gamma-HCH, PCR, PCR, (ii), (I), (I), (I), (iii) in combination with the artificial dyeing of various aromatic compounds in non-dyed soil, IS6100 produced the IS6100 in the environmental microorganisms of the soil, the IS6100 of the microorganisms in the soil, and the IS6100 of the environmental microorganisms. The number of days after dyeing, the number of days, the number

项目成果

Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of y-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA

基于插入序列的盒式 PCR：从土壤 DNA 中独立培养地分离 γ-六氯环己烷降解基因

• 发表时间: 2008
• 期刊: Appl. Microbiol. Biotechnol 79
• 作者: G. Fuchu;et.al.
• 通讯作者: et.al.

比較ゲノムソフトウエアGenomeMatcherとその付属機能

比较基因组软件GenomeMatcher及其附属功能

• 发表时间: 2009
• 作者: 大坪嘉行;ら
• 通讯作者: ら

Pseudoalteromonas atlantica AR06株の産生するアルギン酸リアーゼAlyAの解析

大西洋假交替单胞菌 AR06 菌株产生的藻酸裂解酶 AlyA 的分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 松嶋良次;ら
• 通讯作者: ら

スロット部の改変により1,2,3-trichloropropane分解活性を強化した変異型ハロアルカン脱ハロゲン酵素DhaAの解析

槽部分修饰增强1,2,3-三氯丙烷降解活性的突变卤代烷脱卤酶DhaA分析

• 发表时间: 2008
• 作者: M. Pavlova;ら
• 通讯作者: ら

Haloalkane Dehalogenases Possess Two Different Structural Bases for Their Enantioselectivity

卤代烷脱卤酶具有两种不同的对映选择性结构基础

• 发表时间: 2007
• 作者: Z. Prokop;ら
• 通讯作者: ら