消化器癌における染色体不安定性検出DNAアレイの開発

开发用于检测胃肠癌染色体不稳定性的DNA阵列

• 批准号: 14657133
• 负责人: 吉田 幸成
• 金额: $ 1.98万
• 依托单位: Sapporo Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14657133/
• 关键词: 消化器癌; chromosomal instability (CIN); CINアレイ; SNPs; RDA法

近年、発癌において広範な遺伝子欠失や増幅が加速度的に積み重なる染色体不安定性(chromosomal instability-CIN)が報告されている。本研究では、切除癌組織および生検癌組織を対象にCINを検出するためのCIN検出用DNAアレイフィルターを作成し、CINを有する細胞株において簡易に検出可能かどうか明らかにすることを目的とした。まず、染色体上のすべての領域をカバーするように1000種類程度の一塩基置換(single nucleotide polymorphisms-SNPs)を選定し、DNAアレイフィルターを作成した。SNPsは、JSNP(htt://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/)に登録されているもののうち原則としてアリル頻度50%に近いものをマーカーとして用いた。DNAアレイとしては、オリゴヌクレオチドを用いて基板などの工夫とプレハイブリダイゼーションを併用することによりバックグラウンドを低下させ、一塩基置換を検出可能なものを開発し、同法を用いてSNPsの検出を行なった(CINアレイ)。つぎに、染色体不安定性(CIN)を示す胃癌・膵癌・大腸癌細胞株を用いてそれぞれ15継代、30継代した細胞亜株をそれぞれ数クローン作成し、作成したCINアレイを用いて、各染色体の欠失、増幅を定量化し、簡易なCINの検出系であることを確認した。また、胃癌・膵癌・大腸癌の腫瘍組織をSCIDマウス皮下に移植した腫瘍を用いて、CINの検出とこれらの腫瘍にはミスマッチ修復遺伝子の異常に基づくマイクロサテライト不安定性もDNAメチル化がゲノムワイドにおこるCIMP(CpG island methylator phenotype)の性質のいずれも陰性であることを確認した。さらに、胃癌・膵癌・大腸癌の切除材料を用いて、CINアレイを用いてCINの形質を示すものにつき細胞株の樹立を行ない、樹立された細胞株を用いて15継代、30継代した細胞亜株をそれぞれ数クローン作成し、CINとしての形質をもつことを確認した。CIN陽性切除組織を用いて、原因遺伝子単離を目的に、癌組織および非癌組織を用いた発現アレイ解析、およびすでに確立した遺伝子単離法であるRepresentational difference analysis (RDA)法を用いた解析を試みた。

In recent years, chromosomal instability-CIN has been reported in the development of cancer due to the lack of genetic diversity and the accumulation of acceleration. The aim of this study is to detect the presence of CIN in the absence of cancerous tissue. A selection of 1000 kinds of single nucleotide polymerisms-SNPs in the domain of chromosome and DNA is made SNPs and JSNPs (htt://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/) are registered at 50% of the time. DNA is a natural, natural Chromosome instability (CIN) was identified in gastric cancer, colorectal cancer and colorectal cancer cell lines at 15 and 30 generations. In addition, it was confirmed that the tumor tissue of gastric cancer, breast cancer and colorectal cancer was used in SCID, subcutaneous transplantation, tumor detection, CIN detection, tumor detection, tumor repair, abnormal DNA DNA transformation, CpG island methylator phenotype (CIMP) properties. In addition, the use of excision materials for gastric cancer, colorectal cancer and colorectal cancer, the use of CIN, the use of CIN, the establishment of cell lines, the establishment of cell lines, the use of 15 generations, 30 generations, the number of cell lines, the use of CIN, the use of CIN, the identification of CIN, the use of CIN. CIN positive tissues were detected by the middle analysis method, the cause analysis method, and the representative difference analysis (RDA) method.

项目成果

Toyota M, Yoshida Y. et al.: "Epigenetic inactivation of CHFR in human tumors"Proc. Natl. Acad. Sci. USA.. (in press). (2003)

Toyota M、Yoshida Y. 等：“人类肿瘤中 CHFR 的表观遗传失活”Proc。

Yamamoto H, Yoshida Y. et al.: "Differential involvement of the hypermethylator phenotype in hereditary and sporadic colorectal cancers with high-frequency microsatellite instability"Genes Chromosomes Cancer. 33. 322-325 (2002)

Yamamoto H、Yoshida Y. 等人：“高甲基化表型在具有高频微卫星不稳定性的遗传性和散发性结直肠癌中的不同参与”基因染色体癌症。

Sasaki Y, Yoshida Y. et al.: "Increased expression of t-fimbrin gene after DNA damage in cho cells and inactivation of t-fimbrin by CpG methylation in human colorectal cancer cells"Int J Cancer. 97. 211-216 (2002)

Sasaki Y、Yoshida Y. 等人：“cho 细胞中 DNA 损伤后 t-fimbrin 基因的表达增加，以及人结直肠癌细胞中 CpG 甲基化导致 t-fimbrin 失活”Int J Cancer。

Takekawa M, Yoshida Y, et al.: "Smad-dependent GADD45β expression mediates delayed activation of p38 MAP kinase by TGF-β"EMBO J. 23. 6743-6782 (2002)

Takekawa M、Yoshida Y 等人：“Smad 依赖性 GADD45β 表达介导 TGF-β 延迟激活 p38 MAP 激酶”EMBO J. 23. 6743-6782 (2002)

Kikuchi T, Yoshida Y et al.: "Inactivation of p57KIP2 by regional promoter hypermethylation and histone deacetylation in human tumors"Oncogene. 21. 2741-2749 (2002)

Kikuchi T、Yoshida Y 等人：“人类肿瘤中区域启动子高甲基化和组蛋白脱乙酰化导致 p57KIP2 失活”癌基因。